Theo cáo trạng, năm 2019, Phương được phân công xác minh nguồn tin tội phạm đến khi khởi tố, điều tra vụ án Đào Anh Tuấn phạm tội “làm giả con dấu, tài liệu của cơ quan, tổ chức” xảy ra tại P.Phú Hữu (Q.9).
Trong quá trình điều tra vụ án, Phương dùng thủ đoạn cắt, dán chữ ký photo của ông Quách Thắng, Phó thủ trưởng Cơ quan CSĐT Công an Q.9, để làm giả 2 văn bản của CQĐT, gồm: quyết định truy nã số 1 ngày 15.1.2021; sử dụng máy tính soạn thảo lệnh tạm giam số 200 ngày 4.6.2021 để tạm giam Đào Anh Tuấn từ ngày 5.6.2021 đến ngày 3.8.2021 rồi dùng thủ đoạn gian dối để trình ông Quách Thắng ký, ban hành.
Ngoài ra, bị can Đoàn Thanh Phương còn làm giả 5 văn bản của Viện KSND Q.9. Cụ thể, Phương dùng cục tẩy (gôm) và lưỡi dao lam cạo, tẩy xóa các thông tin của một vụ án khác để làm giả quyết định phê chuẩn quyết định khởi tố bị can, lệnh tạm giam đối với Đào Anh Tuấn; làm giả quyết định gia hạn tạm giam Đào Anh Tuấn, phê chuẩn lệnh tạm giam và quyết định gia hạn tạm giam, thời điểm năm 2021 của Viện KSND TP.Thủ Đức đối với Đào Anh Tuấn.
Theo điều tra, Phương giả mạo 7 văn bản tố tụng trên là do bị can phát hiện hồ sơ vụ án Đào Anh Tuấn không được chuyển sang Viện KSND Q.9 kiểm sát điều tra theo quy định. Hơn nữa, năm 2021, khi Viện KSND Q.9 sáp nhập vào Q.2, Q.Thủ Đức thành Viện KSND TP.Thủ Đức, thì các vi phạm này không thể khắc phục được nên Phương đã làm giả các lệnh, quyết định liên quan để che giấu hành vi vi phạm, trốn tránh trách nhiệm cá nhân. Đoàn Thanh Phương bị truy tố theo khoản 3, khung hình phạt từ 7 - 10 năm tù, với hành vi làm giả giấy tờ với số lượng từ 6 - 10 giấy tờ.
Đối với vụ án của Đào Anh Tuấn, sau khi Viện KSND TP.Thủ Đức phát hiện hành vi vi phạm của Đoàn Thanh Phương, ngày 19.9.2021, Viện KSND TP.Thủ Đức ra quyết định trả tự do cho người bị tạm giam là Đào Anh Tuấn do việc tạm giam không có căn cứ và trái pháp luật. Đến ngày 17.8.2022, Cơ quan CSĐT Công an TP.Thủ Đức đã ra quyết định khởi tố vụ án, khởi tố bị can, lệnh bắt tạm giam Đào Anh Tuấn về tội “làm giả con dấu, tài liệu của cơ quan, tổ chức”. Các lệnh, quyết định này đã được Viện KSND TP.Thủ Đức phê chuẩn ngày 19.8.2022.