Dự thảo của Bộ Tài chính cho biết, qua 15 năm thực hiện, Luật Thuế giá trị gia tăng (VAT) đã đạt được các kết quả quan trọng song cũng bộc lộ một số tồn tại, hạn chế. 

Thứ nhất, số lượng nhóm hàng hóa, dịch vụ thuộc đối tượng không chịu thuế còn nhiều (26 nhóm) và không được khấu trừ thuế VAT đầu vào làm tăng chi phí sản xuất của doanh nghiệp và làm tăng giá bán ra, ảnh hưởng đến các doanh nghiệp trong chuỗi cung ứng. 

Thứ 2, việc áp dụng các mức thuế suất hiện nay gồm 3 mức 0%, 5% và 10% đối với các nhóm mặt hàng còn chưa phù hợp. Đối tượng chịu thuế VAT thuế suất 5% còn nhiều (14 nhóm hàng hóa, dịch vụ) chưa phù hợp với định hướng cải cách hệ thống thuế, tiến tới áp dụng 1 mức thuế suất phổ thông. Việc xác định thuế suất đối với một số hàng hóa dựa vào mục đích sử dụng nên gây vướng mắc cho cả cơ quan thuế và người nộp thuế.

Thứ 3, đối với doanh thu bán hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế VAT có mức từ 100 triệu đồng trở xuống/năm cần phải nghiên cứu điều chỉnh cho phù hợp mức biến động của giá và một số yếu tố khác cho phù hợp bối cảnh kinh tế - xã hội.

Thứ 4, quy định về giá tính thuế VAT đối với hoạt động kinh doanh bất động sản còn có cách hiểu khác nhau giữa người nộp thuế và cơ quan thuế. Đồng thời, quy định về khấu trừ thuế VAT đầu vào cần phải chặt chẽ hơn nữa để góp phần ngăn chặn gian lận trong khấu trừ, hoàn thuế VAT, chống thất thu ngân sách.

Thứ 5, cần phải nghiên cứu bổ sung quy định hoàn thuế VAT đối với doanh nghiệp sản xuất cung ứng hàng hóa, dịch vụ chịu thuế VAT 5% mà đầu vào chủ yếu áp dụng thuế suất 10%; nghiên cứu sửa đổi quy định về hoàn thuế đối với dự án đầu tư để xử lý bất cập phát sinh trong thực tế và tạo điều kiện cho doanh nghiệp đầu tư, đổi mới công nghệ thông qua đó tăng năng suất lao động, tăng khả năng cạnh tranh của doanh nghiệp.

Bộ Tài chính cho rằng cần thiết phải ban hành Luật Thuế VAT sửa đổi nhằm hoàn thiện quy định về chính sách thuế VAT để bao quát toàn bộ các nguồn thu, mở rộng cơ sở thu; bảo đảm tính minh bạch, dễ hiểu, dễ thực hiện để góp phần nâng cao năng lực và hiệu quả của hoạt động quản lý thuế trong phòng, chống trốn thuế, thất thu và nợ thuế; đảm bảo thu đúng thu đủ vào NSNN, đảm bảo ổn định nguồn thu NSNN. 

Về cơ bản, các quy định vẫn được kế thừa từ luật hiện hành nhưng có chỉnh lý, bổ sung cho phù hợp với nội dung chính sách. Dự thảo giữ nguyên 5 điều gồm các điều 1, 2, 3, 6, 9 là các điều về phạm vi điều chỉnh, đối tượng chịu thuế, căn cứ tính thuế, phương pháp tính thuế, thuế VAT.

Ngoài ra, dự thảo một điều của Luật thuế VAT hiện hành quy định về hóa đơn, chứng từ (Điều 14).

Một số nội dung được sửa đổi, bổ sung như người nộp thuế, đối tượng không chịu thuế, giá tính thuế, thuế suất, phương pháp khấu trừ thuế, phương pháp tính trực tiếp trên VAT, khấu trừ thuế VAT đầu vào, các trường hợp hoàn thuế, hiệu lực thi hành, tổ chức thực hiện. 

Quy định về thời điểm xác định thuế VAT cũng được bổ sung.