Theo cáo trạng, năm 2004, Trung tâm đăng kiểm số 48-01S tỉnh Đắk Nông (trụ sở tại thành phố Gia Nghĩa) được thành lập và là đơn vị trực thuộc Sở Giao thông Vận tải tỉnh Đắk Nông quản lý. Sau đó, Trung tâm đăng kiểm số 48-01S chuyển đổi thành Công ty TNHH MTV đăng kiểm xe cơ giới Đắk Nông vào năm 2010.
Đến năm 2017, công ty được cổ phần hóa và đổi tên là Công ty cổ phần đăng kiểm xe cơ giới Đắk Nông - Mã số 48-01D (Công ty đăng kiểm 48-01D). Trong đó, Phan Thanh Hoàng là Đăng kiểm viên bậc cao, giữ chức vụ Phó Giám đốc công ty từ năm 2020.
Quá trình công tác tại Công ty đăng kiểm 48-01D, Hoàng quen biết với Phạm Văn Lịch là đăng kiểm viên công tác tại Trung tâm đăng kiểm xe cơ giới số 47-04D tại TP Buôn Ma Thuột, tỉnh Đắk Lắk.
Hoàng biết Lịch có thành lập Công ty TNHH thiết kế cải tạo xe cơ giới Gia Phạm (Công ty Gia Phạm, trụ sở tại tỉnh Đắk Lắk) do Lịch làm Phó Giám đốc và điều hành các hoạt động của công ty. Lịch nói với Hoàng có khách hàng làm xe cải tạo thì giới thiệu cho Lịch, chi phí Công ty Gia Phạm lập hồ sơ từ 3,8 triệu đồng đến 4 triệu đồng/hồ sơ.
Đến năm 2021, một số chủ xe cơ giới đã liên hệ với Hoàng để được hướng dẫn làm thủ tục cải tạo xe cơ giới và đăng kiểm xe sau khi cải tạo. Mặc dù, Hoàng biết các chủ xe nêu trên không đưa xe đến các cơ sở có đủ điều kiện để thi công cải tạo xe cơ giới nhưng Hoàng vẫn đồng ý nhận làm hồ sơ cải tạo và nghiệm thu, cấp giấy chứng nhận xe cơ giới cải tạo tại Công ty đăng kiểm 48-01D cho chủ xe với giá tiền từ 5,5 triệu đồng đến 7 triệu đồng/xe. Tuy nhiên, thay vì làm đúng quy định về điều kiện cải tạo xe cơ giới thì Hoàng liên hệ với Lịch để lập khống hồ sơ thiết kế, hồ sơ thi công tại Công ty Gia Phạm để hợp thức hồ sơ đăng kiểm cho xe cải tạo.
Tiếp đó, các chủ xe đưa xe đến Công ty đăng kiểm 48-01D gặp Hoàng. Tại đây, Hoàng nộp giấy tờ xe, hồ sơ cải tạo và đóng phí nghiệm thu cấp giấy chứng nhận cải tạo, phí kiểm định lưu hành (trường hợp xe đã đến hạn kiểm định) thay cho chủ xe tại bộ phận văn phòng Công ty, hướng dẫn chủ xe điều khiển xe vào dây chuyền kiểm định để Hoàng kiểm tra, nghiệm thu xe cải tạo.
Với phương thức thủ đoạn như trên, từ năm 2021-2022, Hoàng đã nhận số tiền gần 53 triệu đồng của 13 chủ xe để làm hồ sơ thiết kế, hồ sơ thi công và nghiệm thu cấp giấy chứng nhận xe cải tạo trái quy định đối với 18 xe cải tạo đăng kiểm tại Công ty đăng kiểm 48-01D.
Trong đó, Hoàng chuyển cho Lịch 35,8 triệu đồng để Lịch hợp thức hồ sơ thiết kế, hồ sơ thi công xe cải tạo và đóng hơn 6 triệu đồng phí kiểm định cho chủ xe. Riêng, Hoàng hưởng lợi số tiền gần 11 triệu đồng.
Đối với hành vi Phạm Văn Lịch và cá nhân có liên quan của Công ty Gia Phạm, Công an tỉnh Đắk Nông tách hành vi của các cá nhân có liên quan trong việc lập hồ sơ thiết kế, thi công đối với các xe cải tạo và chuyển các thông tin, tài liệu trong vụ án cho Công an tỉnh Đắk Lắk để điều tra, xử lý theo quy định.