Cùng bị truy tố về tội Tham ô tài sản có 6 bị can khác gồm: Cựu Trung tướng, cựu Chính ủy Cảnh sát biển Hoàng Văn Đồng; cựu Thiếu tướng, cựu Phó Chính ủy Cảnh sát biển Doãn Bảo Quyết; cựu Thiếu tướng, cựu Tham mưu trưởng Cảnh sát biển Phạm Kim Hậu; cựu Thiếu tướng, cựu Phó Tư lệnh Cảnh sát biển Bùi Trung Dũng; cựu Đại tá, cựu Phó Tư lệnh Cảnh sát biển Nguyễn Văn Hưng và cựu Thượng tá, cựu Phó trưởng Phòng Tài chính Cảnh sát biển Bùi Văn Hòe.
Theo cáo trạng, đầu tháng 6/2020, Thiếu tướng Phạm Kim Hậu làm đơn gửi cơ quan chức năng, kèm theo 2 băng ghi âm thể hiện việc tiêu cực, tham nhũng của bản thân và một số người là lãnh đạo Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển. Đầu năm 2022, vụ án được khởi tố.
Quá trình điều tra làm rõ, năm 2019, Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển phân bổ 150 tỷ đồng ngân sách Nhà nước cho Cục Kỹ thuật để mua sắm vật tư, thiết bị. Khi đó, Trung tướng Nguyễn Văn Sơn gặp và yêu cầu Đại tá Nguyễn Văn Hưng (Cục trưởng Cục Kỹ thuật) phải rút ra 50 tỷ đồng để chuyển lại cho Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển sử dụng.
Ông Hưng nói Cục Kỹ thuật chưa bao giờ thực hiện việc này, rút ra 50 tỉ đồng là rất lớn, khó thực hiện, phải thống nhất trong thủ trưởng Bộ Tư lệnh thì cục mới làm.
Cựu Trung tướng, cựu Tư lệnh Cảnh sát biển Nguyễn Văn Sơn
Đầu tháng 4/2019, tại phòng ăn của thủ trưởng Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển, ông Sơn trao đổi với bốn cấp dưới gồm trung tướng Đồng cùng ba thiếu tướng Quyết, Hậu, Dũng về kế hoạch "rút ruột" 50 tỉ đồng. Tất cả đồng ý và không có ý kiến gì khác, cáo trạng nêu.
Sau đó, Trung tướng Nguyễn Văn Sơn tạo điều kiện cho Cục Kỹ thuật bằng cách chỉ đạo phân bổ thêm 29 tỷ đồng, khiến ngân sách cho Cục Kỹ thuật tăng lên thành 179 tỷ đồng.
Tiếp đó, ngày 4/5/2019, sau khi ký quyết định giao dự toán ngân sách cho Cục Kỹ thuật 179 tỉ đồng, ông Sơn tiếp tục yêu cầu ông Hưng rút lại 50 tỉ đồng để chuyển về Bộ Tư lệnh. Ông Hưng sau đó trao đổi và yêu cầu sáu Trưởng phòng nghiệp vụ thuộc Cục Kỹ thuật khi thực hiện chi tiêu nguồn ngân sách phải rút lại tổng số tiền 50 tỉ đồng để ông Hưng chuyển lại cho thủ trưởng Bộ Tư lệnh sử dụng vào việc chung.
Khi bị phản ứng là khó, Đại tá Nguyễn Văn Hưng yêu cầu cấp dưới: “Phải xác định việc “rút” lại 50 tỷ đồng là nhiệm vụ Thủ trưởng giao và phải hoàn thành”.
Từ mệnh lệnh này, sau đó, mỗi Trưởng phòng dưới quyền Đại tá Nguyễn Văn Hưng được giao chỉ tiêu phải “rút ruột” từ 50 triệu đồng đến 25 tỷ đồng để đủ mức 50 tỷ đồng mà Trung tướng, Tư lệnh Cảnh sát biển Nguyễn Văn Sơn yêu cầu.
Các Trưởng phòng nghiệp vụ của Cục Kỹ thuật đã phải phân chia nguồn ngân sách thành 29 gói thầu, trong đó có 9 gói giá trị dưới 10 tỷ đồng để Tư lệnh Cảnh sát biển Nguyễn Văn Sơn phê duyệt và không phải báo cáo Bộ Quốc phòng. Các Trưởng phòng Cục Kỹ thuật liên quan đã “đặt vấn đề” với các nhà thầu để nâng giá, nhằm “hỗ trợ đơn vị có nguồn quỹ vốn sử dụng vào mục đích phúc lợi”. Từ đây, 24 hợp đồng được Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển ký với 16 doanh nghiệp, giúp “rút ruột” ngân sách 50 tỷ đồng.
Các doanh nghiệp cùng Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển nghiệm thu và bàn giao vật tư, thiết bị về kho tổng hợp của Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển và chuyển tiền thanh toán dứt điểm cho các nhà thầu.
Từ đầu tháng 12/2019 đến đầu tháng 1/2020, theo đúng thỏa thuận, các nhà thầu đã chuyển lại trực tiếp bằng tiền mặt cho 6 Trưởng phòng của Cục Kỹ thuật. Sáu người này sau đó nộp lại toàn bộ tiền cho ông Hưng để chuyển cho tướng Sơn.
Việc giao nhận tiền đều được thực hiện tại phòng làm việc của ông Hưng và ông Sơn. Sau khi nhận 50 tỉ đồng, tướng Sơn chia cho mình và bốn ông Đồng, Hậu, Quyết và Dũng.
Đến ngày 19/6/2020, ông Hậu làm đơn gửi cơ quan chức năng, kèm theo hai file ghi âm phản ánh về tiêu cực, tham nhũng của bản thân và các đồng phạm. Sự việc sau đó được đoàn kiểm tra của Bộ Quốc phòng, Ủy ban Kiểm tra Quân ủy Trung ương và đoàn kiểm tra của Ủy ban Kiểm tra Trung ương kiểm tra.
Khi hành vi tham ô tài sản bị phát hiện, tất cả các bị can đều nộp lại số tiền chiếm hưởng bất hợp pháp. Quá trình điều tra vụ án này, cơ quan tố tụng xác định, đối với 6 Trưởng phòng thuộc Cục Kỹ thuật, Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển “có mối quan hệ lệ thuộc”, thực hiện mệnh lệnh cấp trên, không có động cơ vụ lợi và không biết số tiền 50 tỷ đồng được sử dụng như thế nào nên không xử lý hình sự.
Trong vụ án, ông Sơn bị xác định có vai trò "chủ mưu, khởi xướng", do đó phải chịu trách nhiệm chính. Các bị can Đồng, Hậu, Quyết, Dũng là người cùng chủ mưu, chịu trách nhiệm sau bị can Sơn. Hai bị can Hưng và Hòe là cấp dưới, có mối quan hệ lệ thuộc, không được hưởng lợi ích vật chất, chịu trách nhiệm với vai trò thực hành, giúp sức.