Lần điều tra bổ sung này, Cơ quan CSĐT Bộ Công an đã đề nghị truy tố thêm 7 người thuộc Cục Hải quan TPHCM, nâng tổng số bị can lên 67 với 9 tội danh bị cáo buộc: "Buôn lậu; Vận chuyển trái phép hàng hóa tiền tệ qua biên giới; Lừa đảo chiếm đoạt tài sản; Nhận hối lộ; Sản xuất, buôn bán hàng giả; Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng; Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng...".
Trong đó, 18 người nguyên là lãnh đạo, cán bộ của Cục thuế TPHCM như: bà Nguyễn Thị Bích Hạnh - cựu Cục phó; Phạm Minh Tuấn - cựu Trưởng phòng Kê khai kế toán thuế; Cao Văn Tỵ - nguyên Trưởng phòng Thanh tra kiểm tra thuế số 5; Nguyễn Xuân Thắng - nguyên Trưởng phòng Kiểm tra nội bộ; Đào Thị Nga - cán bộ Chi cục Thuế quận 1; Nguyễn Phương Nam, cán bộ Chi cục thuế quận 3; Ngô Huỳnh Luỹ, cán bộ Chi cục thuế quận 5...
Chủ mưu vụ án được xác định là Trịnh Tiến Dũng song đã bỏ trốn. Bộ Công an tách vụ án hình sự, tạm đình chỉ điều tra bị can này, khi nào bắt được sẽ xử lý. Kết quả điều tra xác định, từ năm 2016 đến 2020, Dũng thành lập hàng trăm doanh nghiệp ở Việt Nam và nước ngoài để xuất nhập khẩu hàng hóa linh kiện điện tử.
Các mặt hàng nhập khẩu là Chip, Ram, SD Card, Mini PC... đều là hàng giả, đã qua sử dụng nhưng được nâng khống giá gấp nhiều lần. Việc này nhằm lợi dụng chính sách Nhà nước khuyến khích doanh nghiệp xuất khẩu linh kiện điện tử có thuế suất 0%.
Nhóm của Dũng sau đó ký hợp đồng và xuất hóa đơn giá trị gia tăng thể hiện bán linh kiện điện tử cho Thuduc House thông qua trung gian là Công ty CP Thuduc House Wood Trading. Doanh nghiệp này sẽ ký giả các hợp đồng xuất khẩu cho những công ty của Dũng ở nước ngoài rồi xin hoàn thuế. Từ tháng 2/2018 đến tháng 8/2019, Thuduc House Wood Trading mua hàng từ hai công ty do Dũng chỉ đạo rồi bán lại cho Thuduc House. Hàng hoá sau đó được mua bán lòng vòng qua các công ty "ma" của Dũng.
Cơ quan điều tra xác định, để hợp thức hoá hồ sơ đầu vào, Thuduc House đã lập, ký 334 hợp đồng mua bán linh kiện điện tử trong nước với nhiều công ty với giá trị hơn 4.000 tỷ đồng, trong đó có 10% tiền thuế giá trị gia tăng (365 tỷ đồng).
Thuduc House lập 17 bộ hồ sơ gửi Cục Thuế TPHCM đề nghị hoàn thuế GTGT hơn 365 tỷ đồng. Tổng giám đốc Thuduc House Nguyễn Vũ Bảo Hoàng cùng Nguyễn Ngọc Trường Chinh - Phó Tổng Giám đốc ký cam kết "số liệu kê khai là đúng" và "chịu trách nhiệm trước pháp luật về số liệu kê khai".
Kết quả điều tra đủ căn cứ xác định, Thuduc House được hưởng lợi gần 19 tỷ đồng (tương đương 0,6% trên tổng trị giá tiền hàng mua vào), Thuduc Wood Trading hưởng lợi hơn 3,6 tỷ đồng.
Để xảy ra các sai phạm trên, Cơ quan CSĐT Bộ Công an xác định có sự buông lỏng của các công chức hải quan tại Chi cục Hải quan cửa khẩu Cảng Sài Gòn khu vực 1 (thuộc Cục hải quan TPHCM). Các công chức này đã không thực hiện đúng nhiệm vụ được giao nên không phát hiện 4 lô hàng trị giá hơn 8,2 tỷ đồng khai báo không trùng khớp với hàng hoá thực tế.
Theo kết luận điều tra bổ sung, năm 2016-2019, trong giai đoạn làm Cục trưởng Cục Thuế TPHCM, ông Trần Ngọc Tâm đã giải quyết hoàn thuế GTGT trái quy định cho Thuduc House 17 lần với tổng số 365 tỷ đồng.
Tại 17 lần, Cục phó Nguyễn Thị Bích Hạnh ký quyết định 16 lần. CQĐT xác định, ông Tâm không trực tiếp phụ trách, cũng không nhận được báo cáo về dấu hiệu sai phạm để có ý kiến chỉ đạo nên không có căn cứ xem xét trách nhiệm hình sự.
Kết quả điều tra đến nay không có tài liệu thể hiện việc lãnh đạo Cục Thuế, các phòng chuyên môn liên quan trình xin ý kiến và ý kiến chỉ đạo của ông Trần Ngọc Tâm về các vấn đề liên quan đến việc giải quyết hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng cho Thuduc House.
Tuy nhiên, CQĐT đề nghị Thành ủy TPHCM kiểm điểm làm rõ trách nhiệm của ông Tâm giai đoạn từ 1/2016- 7/2019, với tư cách là người đứng đầu để 15 cán bộ Cục thuế TPHCM bị khởi tố và đề nghị truy tố hình sự.