Mặc dù EVFTA có ưu đãi với những quy định về kiểm dịch động thực vật (SPS) linh hoạt cho Việt Nam, nhưng đa số nông sản của nước ta như thủy sản, rau quả... vẫn vấp phải những hạn chế do thiếu tính đồng nhất trong từng lô hàng xuất vào EU.