Tự chủ tài chính được xem là cơ chế mở để các bệnh viện công chủ động đầu tư cơ sở vật chất, máy móc thiết bị, nâng cao chất lượng khám chữa bệnh, nhưng cũng là bài toán khó đối với nhiều bệnh viện trong việc “cân đong” các khoản thu - chi.