Trong bản kết luận điều tra vụ án "chuyến bay giải cứu" của Bộ Công an, Cơ quan An ninh điều tra đã chỉ ra hành vi Nhận hối lộ và Môi giới hối lộ, xảy ra tại Bộ Y tế.

Theo đó, trong Tổ công tác 5 Bộ, Cục Y tế dự phòng (Bộ Y tế) được giao nhiệm vụ tiếp nhận, đề xuất, xem xét, cho ý kiến về việc phê duyệt hoặc không phê duyệt kế hoạch tổ chức các chuyến bay theo đề xuất của Bộ Ngoại giao. 

Cụ thể, Bộ Y tế sẽ xem xét số lượng, tần suất tổ chức các chuyến bay; danh sách doanh nghiệp và số lượng chuyến bay dự kiến được phép thực hiện có phù hợp với tình hình dịch bệnh hay không; khả năng cách ly y tế tại địa phương. Ngoài ra, đơn vị này còn chấp thuận cho các khách lẻ được về nước theo đề nghị của cá nhân, doanh nghiệp.

Để thực hiện những nhiệm vụ trên, Bộ Y tế phân công ông Đỗ Xuân Tuyên, Thứ trưởng, Phó trưởng Ban Chỉ đạo, thành viên Tổ 5 Bộ khi nhận được văn bản của Bộ Ngoại  giao, Văn phòng Chính phủ hoặc cơ quan chức năng, sẽ chuyển Cục Y tế dự phòng tham mưu, đề xuất.

Tại Cục Y tế dự phòng, Phòng Kiểm soát bệnh truyền nhiễm giao chuyên viên nghiên cứu, đề xuất. Sau đó, Phòng này sẽ báo cáo lại Cục Y tế dự phòng duyệt  dự thảo văn bản trả lời Bộ Ngoại giao, Văn phòng Chính phủ và các đơn vị thông qua bị can Phạm Trung Kiên (thư ký ông Đỗ Xuân Tuyên), để trình ông Tuyên xem xét, duyệt ký.

Tuy nhiên, kết luận điều tra chỉ ra, bị can Trung Kiên trong quá trình thực hiện nhiệm vụ đã tiếp xúc, yêu cầu và thỏa thuận với các đại diện doanh nghiệp tham gia chuyến bay và các cá nhân liên quan. Cụ thể ông này yêu cầu chi 50-200 triệu đồng/chuyến bay, hoặc chi 500.000-2 triệu đồng/khách đối với chuyến bay combo, 7-15 triệu đồng/khách đối với khách lẻ.

Ngoài ra, Bộ Công an còn xác định, Kiên còn cùng bị can Vũ Anh Tuấn (nguyên cán bộ Cục Quản lý xuất nhập cảnh, Bộ Công an) yêu cầu, gợi ý để doanh nghiệp liên hệ, chi tiền cho Kiên.

Bằng những thủ đoạn trên, Kiên đã hơn 180 lần nhận hối lộ, tổng số tiền hơn 42,5 tỷ đồng. Cựu thư ký của ông Đỗ Xuân Tuyên bị Bộ Công an đề nghị truy tố tội Nhận hối lộ.

Tại Bộ Y tế, một bị can khác bị truy tố tội Môi giới hối lộ là Bùi Huy Hoàng, nguyên chuyên viên Phòng Kiểm soát bệnh truyền nhiễm (Cục Y tế dự phòng).

Theo điều tra của Bộ Công an, Hoàng không được phân  công nhiệm vụ liên quan đến thẩm quyền của Bộ Y tế trong Tổ 5 bộ. Đến tháng 6/2021, bị can Võ Thị Hồng (Giám đốc Công ty TNHH TMDV hàng không Minh Ngọc) gửi hồ sơ đến Cục Lãnh sự, xin cấp phép tổ chức chuyến bay, nhưng không được phê duyệt.

Sau đó, vì có mối quan hệ quen biết với Hoàng, Hồng đã đặt vấn đề, nhờ liên hệ với bị can Vũ Sỹ Cường (nguyên cán bộ Cục Quản lý xuất nhập cảnh, Bộ Công an) để xin được cấp phép.

Cường khi đó đưa ra mức "phí" 5 triệu đồng/khách để xin chấp thuận chuyến bay tại Bộ Ngoại giao, Bộ Công an, Bộ Quốc phòng, Bộ Giao thông Vận tải; còn Bộ Y tế Hoàng phải tự lo.

Ngoài ra, Hoàng đã liên hệ với Lê Thị Phượng, Phó phòng Văn xã UBND tỉnh Hải Dương, để nhờ Phượng xin chủ trương chấp thuận cách ly y tế cho công dân về nước trên các chuyến bay do công ty của Hồng thực hiện.

Sau đó, Hoàng và Hồng đã thống nhất việc "bôi trơn" 6 triệu đồng/khách để xin cấp phép chuyến bay và 2 triệu đồng/khách để xin chủ trương cách ly y tế.

Theo thỏa thuận, Hoàng nhận hơn 3,3 tỷ đồng từ Hồng. Trong đó Hoàng đưa 1,95 tỷ đồng cho Cường, 100 triệu đồng cho Phạm Trung Kiên, 650 triệu đồng cho Phượng, còn lại Hoàng hưởng hơn 670 triệu đồng.