Trong vụ án "chuyến bay giải cứu", thời gian đầu, Văn phòng Chính phủ được giao nhiệm vụ tham mưu cho lãnh đạo Chính phủ trong việc phê duyệt kế hoạch chuyến bay do Bộ Ngoại giao và các cơ quan, tổ chức để xuất. 

Quy trình tại Văn phòng Chính phủ được thực hiện theo các bước: Cơ quan, tổ chức, doanh nghiệp có nhu cầu tổ chức chuyến bay gửi hồ sơ đến Vụ Hành chính, Vụ Hành chính chuyển hồ sơ đến Vụ Quan hệ Quốc tế tập hợp đề xuất, lãnh đạo Vụ Quan hệ Quốc tế phân công, giao cho các chuyên viên tập hợp, đề xuất.

Một số trường hợp, lãnh đạo Vụ Quan hệ Quốc tế sẽ xin ý kiến Vụ Khoa giáo văn xã và Vụ Công nghiệp, sau đó báo cáo lãnh đạo Văn phòng Chính phủ để xét duyệt phương án giải quyết, trình lãnh đạo Chính phủ.

Khi trình lên lãnh đạo Chính phủ, người nhận hồ sơ, tài liệu là bị can Nguyễn Quang Linh, trợ lý Phó Thủ tướng Chính phủ.

Theo kết luận điều tra, từ tháng 1 đến tháng 10/2021, ông Linh đã được một số cá nhân đại diện doanh nghiệp tiếp cận, móc nối, đặt vấn đề để được xem xét, giải quyết các thủ tục liên quan đến cấp phép chuyến bay theo thẩm quyền của vị cựu trợ lý.

Cụ thể, tháng 12/2020, Công ty Lữ Hành Việt bị cơ quan chức năng từ chối cấp phép tổ chức các chuyến bay combo đưa công dân Việt Nam ở nước ngoài hồi hương. Đến đầu năm 2021, Nguyễn Tiến Mạnh (PGĐ công ty) bàn bạc với Hoàng Anh Kiếm (TGĐ công ty) tìm hiểu, liên hệ tìm cách xin cấp phép.

Cuối tháng 1/2021, thông qua một cá nhân, Kiếm được gặp ông Linh tại phòng làm việc của vị cựu trợ lý. Tại đây, lãnh đạo doanh nghiệp trình bày mong muốn được giúp đỡ, tác động để Công ty Lữ Hành Việt được tổ chức chuyến bay. Tuy nhiên, thời điểm đó, các chuyến bay đang bị giãn, hoãn nên ông Linh trả lời khi nào có chủ trương nối lại chuyến bay sẽ báo Kiếm.

Giữa tháng 3/2021, Chính phủ mở lại các chuyến bay giải cứu. Ông Linh chủ động liên lạc với Kiếm, cho biết sẽ giải quyết cho Lữ Hành Việt tổ chức 2 chuyến bay để đánh giá năng lực công ty, chi phí là 10.000 USD/chuyến.

Sau khi doanh nghiệp nộp hồ sơ, ông Linh chuyển cho bị can Nguyễn Tiến Thân (chuyên viên Vụ Quan hệ Quốc tế) tham mưu, đề xuất lãnh đạo Chính phủ phê duyệt. Thời gian sau đó, Lữ Hành Việt tiếp tục được phê duyệt tổ chức 18 chuyến bay combo.

Quá trình điều tra của Bộ Công an xác định, việc giúp doanh nghiệp của Kiếm đã đem về cho cựu trợ lý Phó Thủ tướng Chính phủ 180.000 USD (tương đương hơn 4,1 tỷ đồng), tương ứng 10.000 USD/chuyến. Việc đưa tiền hối lộ diễn ra trong 4 lần, từ giữa tháng 3 đến đầu tháng 4/2021.

Ngoài ra, kết luận điều tra cũng thể hiện, đầu tháng 4/2021, ông Linh cũng nhận 100 triệu đồng từ lãnh đạo Công ty ATA và Công ty Investco sau khi 2 doanh nghiệp này được Văn phòng Chính phủ phê duyệt 10 chuyến bay.

Đến tháng 10/2021, khi Văn phòng Chính phủ không còn là đơn vị xét duyệt chuyến bay, Kiếm đã mời ông Linh và 2 bị can khác ăn trưa tại nhà hàng ở quận Ba Đình, Hà Nội. Trước khi ra về, Kiếm đưa cho ông Linh phong bì có 50 triệu đồng.

Trong kết luận điều tra, lời khai của ông Linh và Kiếm có mâu thuẫn về số tiền hối lộ, khi vị cựu trợ lý nói chỉ nhận 180.000 USD, còn lãnh đạo doanh nghiệp cho rằng đã đưa 320.000 USD. Với tình tiết này, Cơ quan An ninh điều tra đã xác minh nhưng không làm rõ được nên không có đủ căn cứ xem xét trách nhiệm của ông Linh về số tiền chênh lệch.

Tương tự, Bộ Công an cũng không đủ căn cứ kết luận chiếc phong bì 50 triệu đồng Kiếm đưa cho ông Linh vào tháng 10/2021 là hành vi phạm tội, do thời điểm này Văn phòng Chính phủ đã không còn chức năng cấp phép các chuyến bay.

Như vậy, cơ quan điều tra cho rằng, cựu trợ lý Phó Thủ tướng đã nhận hối lộ hơn 4,26 tỷ đồng của 2 đại diện doanh nghiệp.