Theo đó, từ năm 2012 - 2022, bị cáo Trương Mỹ Lan đã thâu tóm, nắm giữ trên thực tế số lượng cổ phần gần như tuyệt đối của Ngân hàng TMCP Sài Gòn (SCB). Qua đó, bị cáo trở thành cổ đông có "quyền lực" chỉ đạo, điều hành, thực chất là thao túng toàn bộ hoạt động của SCB, phục vụ cho các mục đích khác nhau của mình.
Trương Mỹ Lan cùng nhiều đồng phạm đã thực hiện một chuỗi hành vi gồm: tuyển chọn, bố trí nhân sự thân tín của mình vào các vị trí chủ chốt tại Ngân hàng SCB; thành lập một số đơn vị thuộc SCB chuyên trách cho vay, giải ngân theo yêu cầu của Trương Mỹ Lan. Bị cáo thành lập, sử dụng hàng ngàn công ty "ma", thuê nhiều cá nhân; câu kết với các cá nhân đứng đầu nhiều doanh nghiệp liên quan để thực hiện tội phạm.
Bị cáo Trương Mỹ Lan thông đồng với nhiều công ty thẩm định giá để nâng khống giá trị tài sản bảo đảm; tạo lập số lượng rất lớn hồ sơ vay vốn khống để rút tiền từ SCB; lập phương án rút tiền, "cắt đứt" dòng tiền sau giải ngân; bán nợ xấu, bán các khoản cấp tín dụng trả chậm để giảm dư nợ tín dụng, giảm nợ xấu, để che giấu sai phạm. Bị cáo còn mua chuộc, tác động người có chức vụ, quyền hạn trong cơ quan Nhà nước làm trái công vụ.
Từ đó, Trương Mỹ Lan và 84 đồng phạm bị cáo buộc với những vị trí, vai trò khác nhau, thực hiện nhiều tội phạm xâm phạm về sở hữu, xâm phạm hoạt động của ngân hàng, hoạt động đúng đắn của cơ quan Nhà nước, trong đó nhiều tội phạm được thực hiện dưới dạng đồng phạm có tổ chức, thủ đoạn tinh vi, xảo quyệt, gây hậu quả đặc biệt nghiêm trọng, chiếm đoạt và gây thiệt hại số tiền đặc biệt lớn.
Từ tháng 1.2012 - 12.2017, Trương Mỹ Lan đã chỉ đạo lập khống 368 hồ sơ vay vốn để rút tiền của SCB sử dụng vào các mục đích khác nhau. Đến tháng 10.2022 còn dư nợ hơn 132.000 tỉ đồng, không có khả năng thu hồi. Bị cáo đã gây hậu quả thiệt hại cho SCB hơn 64.600 tỉ đồng.
Từ tháng 2.2018 - 10.2022, Trương Mỹ Lan đã chỉ đạo lập khống 916 hồ sơ vay vốn, chiếm đoạt của SCB số tiền 304.000 tỉ đồng, gây thiệt hại hơn 129.000 tỉ đồng.
Trong vụ án, duy nhất mình Trương Mỹ Lan có 2 tư cách vừa là bị cáo, vừa là bị hại. Đối với vai trò bị hại, bị cáo Lan bị Nguyễn Cao Trí (54 tuổi, Chủ tịch HĐQT Công ty Văn Lang và Công ty Capella) chiếm đoạt 1.000 tỉ đồng.
Trương Mỹ Lan cũng là bị cáo duy nhất bị Viện kiểm sát đề nghị mức án tử hình.