Đối với những kiến nghị trọng vụ án này, HĐXX đã có một số kiến nghị như sau:
1) Kiến nghị Cơ quan điều tra tiếp tục điều tra, truy hồi dòng tiền nhằm xác định nghĩa vụ hoàn trả tài sản (nếu có) đối với Nguyễn Phương Hồng, Nguyễn Tiến Thành và Nguyễn Ngọc Dương.
2) Kiến nghị cơ quan quản lý Nhà nước có giải pháp cũng như ban hành các quy định hướng dẫn chi tiết các hoạt động hợp nhất, sáp nhập, tái cơ cấu, thanh tra và giám sát đối với các tổ chức tín dụng để khắc phục, phòng ngừa vi phạm, tội phạm.
3) Kiến nghị Chính phủ, các bộ, ngành có liên quan có quy định kiểm soát việc thành lập, quản lý doanh nghiệp để tránh bị các đối tượng xấu lợi dụng thực hiện hành vi phạm tội nhưng vẫn khuyến khích, tạo động lực để phát triển kinh tế như chủ trương của Chính phủ đề ra.
4) Kiến nghị các cơ quan chức năng có biện pháp quản lý chặt chẽ hơn, tăng cường hơn nữa vai trò quản lý Nhà nước trong lĩnh vực trong công tác kiểm toán. Bên cạnh đó HĐXX cũng đề nghị Cục C03- Bộ Công an, Viện kiểm sát Nhân dân tối cao trong quá trình điều tra vụ án giai đoạn 2 tiếp tục làm rõ vai trò, trách nhiệm của các công ty kiểm toán tại ngân hàng SCB, các kiểm toán viên có liên quan nếu đủ căn cứ thì đề nghị xem xét xử lý theo đúng quy định.
5) Kiến nghị cơ quan điều tra xác minh làm rõ dòng tiền 108.878 tỷ đồng và 14.757.677 USD để có cơ sở thu hồi khắc phục hậu quả. Đồng thời, làm rõ các sai phạm có liên quan (nếu có) để xử lý theo quy định của pháp luật.
6) Kiến nghị các cơ quan có thẩm quyền có quy định chi tiết các điều kiện về tài sản đảm bảo tại tổ chức tín dụng để đảm bảo các khoản vay có khả năng thu hồi.
7) Kiến nghị cơ quan điều tra tiếp tục điều tra các phương án, dự án chưa được xử lý trong vụ án này mà bị cáo Trương Mỹ Lan (hoặc cá cá nhân, tổ chức cho Trương Mỹ Lan sử dụng) hợp tác, giao kết, giao dịch để xác định đúng bản chất các giao dịch trên nhằm xác định tài sản và hành vi sai phạm của các cá nhân, tổ chức có liên quan (nếu có) để có căn cứ xem xét, thu hồi khi giải quyết vụ án trong giai đoạn 2 theo quy định.
8/ HĐXX đề nghị Cục C03 - Bộ Công an, Viện kiểm sát Nhân dân tối cao trong quá trình điều tra vụ án giai đoạn 2 tiếp tục xác minh làm rõ đối với tài sản của 05 bị cáo truy nã có liên quan đến hành vi phạm tội của bi cáo Trương Mỹ Lan để có căn cứ xem xét giải quyết trong giai đoạn 2 của vụ án.
