Theo tìm hiểu, giá trị hợp đồng BT khu đất Trường Chính trị Khánh Hòa chỉ khoảng 123 tỷ đồng, trên thực tế chỉ quyết toán 114,8 tỷ đồng. Điều kỳ lạ, dù hoán đổi khu đất vàng tại trung tâm thành phố, nhưng tiền không đủ xây lại trường và ký túc xá mới cho Trường Chính trị, tại vị trí ngoại ô trung tâm gần chục Ki-lô-mét. Tại Văn bản số 3834 ngày 15-6-2011, Bộ KH-ĐT cho rằng, thực hiện theo hình thức BT là phù hợp nhưng không thống nhất về việc chỉ định nhà đầu tư.

Theo quy định, việc chỉ định nhà đầu tư chỉ được áp dụng khi chỉ có một nhà đầu tư đăng ký thực hiện dự án; nhà đầu tư đề xuất mà không có nhà đầu tư khác tham gia; dự án thực hiện đáp ứng nhu cầu cấp bách về việc sử dụng công trình kết cấu hạ tầng do Thủ tướng Chính phủ quyết định. "Danh mục dự án của UBND tỉnh Khánh Hòa không thuộc một trong các trường hợp được áp dụng chỉ định nhà đầu tư. Đề nghị UBND tỉnh Khánh Hòa tổ chức đấu thầu lựa chọn nhà đầu tư theo quy định hiện hành", văn bản của Bộ KH-ĐT nói rõ.

Lật lại hồ sơ dự án này, ngày 25-5-2011, UBND tỉnh Khánh Hòa có Văn bản số 2539 trình Thủ tướng Chính phủ về việc thực hiện một số dự án trên địa bàn theo hình thức BT, trong đó có dự án Trường Chính trị tỉnh Khánh Hòa và theo hình thức chỉ định nhà đầu tư. Chính phủ đã có công văn yêu cầu Bộ Kế hoạch và Đầu tư (KH-ĐT) tham mưu Chính phủ trả lời những nội dung nói trên.