Trước đó, tại kết luận điều tra vụ án "lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ; Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng" xảy ra tại Bộ Y tế, Công ty Cổ phần dược phẩm Cửu Long và các đơn vị liên quan, C03 cho rằng trong hồ sơ vụ án có một số văn bản thuộc tài liệu bí mật Nhà nước nên đã đề nghị Văn phòng Chính phủ, Bộ Y tế, Bộ Tài chính thực hiện nhưng chưa có kết quả. Còn ông Nguyễn Việt Hùng, vào ngày 19-5-2022 đã bị TAND TP.Hà Nội tuyên phạt 3 năm tù trong vụ án buôn bán thuốc giả nhãn mác Heath 2000 Canada xảy ra tại Công ty VN Pharma.
Đối với cựu Thứ trưởng Bộ Y tế Cao Minh Quang (ảnh), Cơ quan điều tra xác định đã không thực hiện đầy đủ trách nhiệm được giao, không phát hiện việc công ty Dược Cửu Long được giảm giá mua nguyên liệu số tiền 3.848.000USD để thu hồi về Bộ Y tế, gây thiệt hại tài sản Nhà nước. Còn tại vụ án buôn bán thuốc giả tại Công ty VN Pharma, ông Quang bị Viện KSND Tối cao kết luận có sai phạm khi quyết định cấp số đăng ký đối với 7 thuốc giả nhãn mác Heath 2000 Canada, ký ban hành Công văn 2970 có nội dung trái quy định của pháp luật "thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng", cần tiếp tục điều tra theo pháp luật.
Theo kết luận điều tra được ban hành trước đó, năm 2005, dịch cúm A (H5N1) diễn biến phức tạp nên Bộ Y tế đặt mục tiêu đến 30-6-2006 sẽ dự trữ đủ 30 triệu viên Oseltamivir. Bộ Y tế sau đó được Chính phủ giao nhiệm vụ mua, dự trữ thuốc và phối hợp cùng Bộ Tài chính thẩm định, phê duyệt giá thuốc sản xuất trong nước để mua theo kế hoạch. Khi triển khai, Bộ Y tế thành lập Hội đồng thẩm định cơ sở và lựa chọn Công ty Dược Cửu Long tham gia sản xuất thuốc Oseltamivir.
Cơ quan liên ngành sau nhiều lần thẩm định đã thống nhất giá mỗi viên Oseltamivir là 27.765 đồng. Đầu năm 2006, dịch H5N1 được khống chế nên Bộ Y tế điều chỉnh giảm số lượng thuốc Oseltamivir dự trữ. Trong đó, hợp đồng mua với Công ty Dược Cửu Long giảm từ 13 triệu xuống 5 triệu viên. Mỗi viên giá 27.765 đồng.
Từ tháng 2 đến tháng 4-2006, Công ty Dược Cửu Long đã nhập 520kg nguyên liệu Oseltamivir với giá 9,1 triệu USD của Công ty Mambo (Singapore). Doanh nghiệp này đã thanh toán 5,25 triệu USD cho bên bán, còn lại 3,84 triệu USD được trả chậm 6 tháng kể từ ngày nhận hàng. Nguyên liệu nhập về, Công ty Dược Cửu Long sản xuất được 2,5 triệu viên, còn lại lưu trữ dưới dạng nguyên liệu 257kg. Do giá nguyên liệu giảm, ông Lương Văn Hóa - Tổng giám đốc Công ty Dược Cửu Long đã chỉ đạo cấp dưới đề nghị Công ty Mambo được bớt 3,84 triệu USD (tương đương hơn 61 tỷ đồng).
Việc này ông Hóa không báo cáo Bộ Y tế, bỏ số tiền ngoài sổ sách. Còn Bộ Y tế căn cứ vào hồ sơ nhập hàng đã nhiều lần thanh toán cho Công ty Dược Cửu Long với tổng số hơn 143 tỷ đồng. Năm 2007, để thanh quyết toán kinh phí phòng chống dịch, bà Phạm Thị Minh Nga, cựu Kế toán trưởng Ban quản lý kế hoạch phòng chống dịch cúm A (Bộ Y tế) đã trình ông Nguyễn Nam Liên, cựu Vụ phó Kế hoạch Tài chính Bộ Y tế và ông Dương Huy Liệu, cựu Vụ trưởng Kế hoạch Tài chính Bộ Y tế ký biên bản thanh lý hợp đồng với Dược Cửu Long.
Qua kết luận điều tra, 3 người trên đã không rà soát, không phát hiện Công ty Dược Cửu Long được giảm giá 3,84 triệu USD. Đến năm 2018, Bộ Y tế thành lập ban chỉ đạo giải quyết các vấn đề liên quan thuốc cúm do Thứ trưởng Cao Minh Quang làm trưởng ban, nhưng ông Quang đã không chỉ đạo kiểm tra, làm rõ khoản tiền 3,84 triệu USD mà Công ty Dược Cửu Long nợ nhà cung cấp trước khi báo cáo Chính phủ.