Để phát triển hệ thống đường sắt tại TP.HCM, có một số vấn đề về bài toán nguồn vốn cần giải quyết. Thứ nhất, phải xác định ngân sách nhà nước không thể đủ nguồn lực để đầu tư cho đường sắt. Cần xây dựng hệ thống luật PPP hoàn chỉnh với các chính sách, cơ chế khuyến khích, tạo thuận lợi để các thành phần khác cùng tham gia góp sức xây dựng hạ tầng nói chung cũng như đường sắt nói riêng. Thứ hai, hầu hết tuyến đường sắt liên vùng đều đi qua nhiều địa phương nên muốn làm nhanh cần sự đồng lòng, liên kết cao giữa các tỉnh, thành. Cần có ban chỉ đạo tầm các bộ, T.Ư với vai trò “nhạc trưởng” định hướng, kết nối để việc liên kết thuận lợi và nhanh chóng.