Nội dung vụ án thể hiện, dự án đường cao tốc TPHCM - Trung Lương (giai đoạn I) có nguồn vốn ngân sách Nhà nước, với tổng mức đầu tư hơn 9.884 tỷ đồng, do Bộ GTVT làm chủ đầu tư. Dự án hoàn thành và thông xe kỹ thuật từ ngày 3/2/2010, chính thức khai thác và thu phí từ ngày 25/2/2010.
Xuất phát từ chủ trương thu hồi vốn cho Nhà nước, Thủ tướng Chính phủ đã chỉ đạo Ngân hàng TMCP Đầu tư và Phát triển Việt Nam (BIDV) liên danh với các nhà đầu tư thành lập Công ty CP Phát triển đường cao tốc BIDV (BEDC) với đề án mua quyền thu phí của dự án và đầu tư xây dựng tiếp đường cao tốc Trung Lương - Mỹ Thuận - Cần Thơ theo hình thức BOT. Tuy nhiên cuối năm 2011, BIDV thay mặt tổ hợp các nhà đầu tư có công văn trả lại quyền thu phí đường cao tốc về cho Bộ GTVT lựa chọn đơn vị khác làm chủ đầu tư vì không thu xếp được nguồn vốn.
Ngày 8/11/2011, sau 3 tháng nhận chức Bộ trưởng Bộ GTVT, ông Đinh La Thăng có công văn gửi Thủ tướng với nội dung Bộ GTVT sẽ tiếp nhận đề án quyền thu phí đường cao tốc TPHCM - Trung Lương. Đến tháng 2/2012, ông Thăng gọi điện cho Dương Tuấn Minh (Tổng Giám đốc Tổng Công ty Cửu Long) là đơn vị thuộc Bộ GTVT được giao tiếp nhận đề án chuyển giao quyền thu phí, để giới thiệu Đinh Ngọc Hệ tiếp xúc và tham gia mua quyền thu phí đường cao tốc nêu trên.
Ông Thăng phân công cho ông Nguyễn Hồng Trường (lúc đó là Thứ trưởng Bộ GTVT) chủ trì, chỉ đạo Tổng Công ty Cửu Long cùng các đơn vị liên quan thuộc Bộ GTVT xây dựng đề án bán quyền thu phí. Sau đó ông Nguyễn Hồng Trường cùng nhiều cán bộ cấp dưới cố ý làm trái nhiều Nghị định, Thông tư để bán đấu giá quyền thu phí đường cao tốc cho Công ty của Đinh Ngọc Hệ.
Cáo trạng xác định Đinh Ngọc Hệ lợi dụng mối quan hệ đã xây dựng hồ sơ gian dối tham gia mua đấu giá quyền thu phí. Sau khi trúng đấu giá quyền thu phí, Hệ tiếp tục thực hiện các hành vi gian dối. Hệ đã chỉ đạo nhân viên bằng mọi cách che giấu doanh thu thực tế để chiếm đoạt. Lúc đầu bằng hình thức thủ công, do không đạt yêu cầu nên Hệ chỉ đạo phải dùng công nghệ cao để chiếm đoạt được nhiều hơn nên đã 2 lần yêu cầu mua phần mềm của Công ty Xuân Phi để can thiệp trái phép vào phần mềm quản lý của Bộ GTVT. Càng về sau mức độ càng tinh vi hơn, số tiền chiếm đoạt càng nhiều hơn.
Trong quá trình thực hiện hợp đồng, lợi dụng mối quan hệ với Đinh La Thăng, Hệ chây ỳ không nộp tiền theo đúng tiến độ quy định, theo hợp đồng mua quyển thu phí. Đến tháng 10/2014, Công ty Yên Khánh của Đinh Ngọc Hệ phải nộp đủ số tiền hơn 2.004 tỷ đồng, nhưng phải đến tháng 3/2017 mới nộp đủ tiền. Bằng các thủ đoạn gian dối, từ ngày 1/1/2014 đến 31/12/2018, Đinh Ngọc Hệ và các đồng phạm đã che giấu, chiếm đoạt được hơn 725,3 tỷ đồng.
Bản án sơ thẩm tuyên phạt ông Đinh La Thăng phải chịu 10 năm tù, tổng hợp bản án trước, bị cáo phải chấp hành chung là 30 năm tù. Cựu thứ trưởng GTVT Nguyễn Hồng Trường 4 năm 6 tháng tù. Các bị cáo đồng phạm của ông Thăng, ông Trường lãnh án từ hai đến bốn năm tù. Bị cáo Đinh Ngọc Hệ (tức “Út trọc”, cựu phó tổng giám đốc Tổng công ty Thái Sơn Bộ Quốc Phòng) bị phạt tù chung thân về tội lừa đảo, 13 năm tù về tội lợi dụng chức vụ, quyền hạn gây ảnh hưởng đối với người khác để trục lợi. Tổng hợp với các bản trước, bị cáo này phải chấp hành chung là tù chung thân. Các đồng phạm tội lừa đảo bị tuyên phạt từ 2 năm án treo đến 10 năm tù. Về trách nhiệm dân sự, bị cáo Hệ phải bồi thường toàn bộ hơn 725 tỉ đồng
Sau phiên sơ thẩm, Đinh Ngọc Hệ kháng cáo yêu cầu TAND Cấp cao tuyên những người đứng tên cổ phần của mình trong các công ty (như toà sơ thẩm đã xác định) phải trả lại để bị cáo xử lý tài sản, khắc phục hậu quả. Ngoài ra, ông Hệ cũng xin giảm nhẹ hình phạt, thay đổi tội danh, cho rằng mình chỉ phạm tội trốn thuế chứ không phải lừa đảo chiếm đoạt tài sản.
Tòa án Cấp cao tại TPHCM mở phiên phúc thẩm. Quá trình xét xử, HĐXX cho rằng, phiên tòa này nhiều luật sư, người liên quan vắng mặt nhưng không làm ảnh hưởng tới quá trình xét xử. Hồ sơ vụ án có đủ căn cứ xác định bị cáo Hệ đã lập khống các hồ sơ của Công ty Yên Khánh để tham gia đấu thầu, chiếm đoạt quyền thu phí Cao tốc TP HCM – Trung Lương. Sau khi giành được quyền thu phí, bị cáo chỉ đạo cấp dưới dùng thủ đoạn gian dối thay đổi phần mềm để chiếm đoạt 725 tỷ đồng tiền thu phí. Khi bị cơ quan chức năng phát hiện, Hệ đã yêu cầu cấp dưới tiêu hủy tài liệu.
"Dù bị cáo Hệ không thừa nhận hành vi lừa đảo và cho rằng mình không biết việc cấp dưới làm giả hồ sơ, điều chỉnh số tiền thu phí, nhưng HĐXX nhận thấy, bị cáo có động cơ chiếm đoạt tài sản ngay từ đầu nên đã nhờ ông Đinh La Thăng tác động cho công ty của mình tham gia đấu giá quyền thu phí", tòa nhận định.
HĐXX cũng cho rằng, cao tốc TPHCM – Trung Lương vẫn thuộc quyền sở hữu của Nhà nước, nên số tiền 725 tỷ đồng phải nộp về Bộ Giao thông Vận tải. Do đó, không có cơ sở xác định bị cáo Hệ phạm tội trốn thuế. Ngoài ra, Hệ còn tác động lên lãnh đạo Công ty Licogi 13 để được mua căn biệt thự với giá rẻ, sau đó sang tên cho vợ hưởng lợi 3,4 tỷ đồng.
Tòa cũng bác yêu cầu của Hệ về việc buộc những người đứng tên cổ phần của bị cáo trong các công ty phải trả lại, vì không có căn cứ.
Trong vụ án này, Vũ Thị Hoan (36 tuổi, Giám đốc Công ty Yên Khánh, cháu ruột Hệ) và hàng loạt cấp dưới đã giúp sức tích cực cho bị cáo Hệ thực hiện hành vi lừa đảo chiếm đoạt tài sản. Tòa sơ thẩm đã xem xét đánh giá vai trò của từng bị cáo để tuyên phạt mức án dưới khung hình phạt.
Tại phiên phúc thẩm, các bị cáo không đưa ra được các tình tiết mới nên không có căn cứ chấp nhận kháng cáo. Theo đó, tòa phúc thẩm giữ nguyên phán quyết của cấp sơ thẩm đối với các bị cáo và người liên quan khác.