Trước đó, Báo CAND đã phản ánh, một phần khu di tích này bỗng dưng bị san ủi, hình thành con đường đất. Sau đó, sự cố này được xác định là do phía chủ đầu tư công trình đường du lịch ven biển xuống bờ biển Mũi Si gây ra. Do đó, Sở VH-TT&DL tỉnh Quảng Trị phát văn bản đề nghị UBND huyện Vĩnh Linh tạm dừng thi công công trình này, đồng thời yêu cầu phải sớm xử lý sự việc, bảo vệ di tích.
Sau khi thảo luận, bàn bạc, UBND huyện Vĩnh Linh đã đưa ra phương án thi công điều chỉnh lại tuyến đường kể trên ra khỏi khu vực bảo vệ của di tích, đồng thời sửa chữa, phục hồi hoàn trả mặt bằng cho di tích. UBND huyện Vĩnh Linh cũng đề nghị Sở Văn hóa - Thể thao và Du lịch tỉnh này chỉ đạo các đơn vị liên quan hỗ trợ về chuyên môn để công tác sửa chữa, phục hồi kể trên được đảm bảo.
Được biết, Địa đạo Mũi Si là 1 trong 8 điểm di tích thành phần thuộc Di tích quốc gia đặc biệt “Địa đạo Vịnh Mốc và hệ thống làng hầm Vĩnh Linh”, được Thủ tướng Chính phủ xếp hạng theo Quyết định số 2408/QĐ-TTg ngày 31/12/2014; được phân cấp cho UBND huyện Vĩnh Linh quản lý theo Quyết định số 2196/QĐ-UB ngày 16/7/2004.
Di tích quốc gia đặc biệt Địa đạo Mũi Si có diện tích khoanh vùng bảo vệ là 26.204m², trong đó diện tích khu vực 1 là 9.820 m², diện tích khu vực 2 là 16.384m².