Thanh tra tỉnh Quảng Ngãi kết luận: Từ năm 2018 đến thời điểm thanh tra, Sở TN&MT đã tiếp nhận, thẩm định và trình UBND tỉnh cấp 40 giấy phép KTKS. Qua thanh tra 17/40 hồ sơ thì có 2 giấy phép khai thác đất đồi làm vật liệu san lấp được cấp khi DN không có ngành nghề đăng ký kinh doanh này. Có 16/17 DN thành lập trên một năm nhưng trong hồ sơ không có văn bản chứng minh vốn chủ sở hữu.
Sở TN&MT không thực hiện đúng quy định về thẩm định hồ sơ mà căn cứ trên kết quả kiểm tra tọa độ, kiểm tra thực địa diện tích khu vực đề nghị thăm dò khoáng sản trước đó để thẩm định và trình cấp giấy phép cho 17/17 hồ sơ. Có 14 mỏ đã quá 6 tháng kể từ ngày đóng cửa mà chủ đầu tư chưa nộp đề án đóng cửa mỏ cho Sở TNMT như: Công ty TNHH XL và TM Xuân Phát, Công ty CP Phát Đạt, Công ty Hà Mỹ Á, Công ty Thành Phát, Công ty Sơn Hà, Công ty Bảo Châu, Công ty Phước Thịnh, Công ty Minh Mẫn, Công ty Thạch An, Công ty Bách Bằng, Công ty Thiên Phước, Công ty Phương Hồng, Công ty Việt Nhật...
Có 8 DN được Sở TNMT tham mưu trình UBND tỉnh cấp 8 giấy phép trong các năm 2017 - 2019 theo hình thức chỉ định mà không thông qua đấu giá quyền KTKS trong khi các DN này không đảm bảo đúng điều kiện: Công ty Chiêu Kỳ, Công ty Hân Nga, Công ty 706, Công ty An Lộc Phát, Công ty Việt Đức, Công ty Toàn Thịnh, Công ty Trần Gia Hân...
Sở TNMT không phát hiện kịp thời để xử lý vi phạm hành chính khi để cho nhiều DN khai thác vượt công suất được phép như: Công ty Lũng Lô 251, Công ty Phát Đạt, Công ty Hà Mỹ Á... Sở TN&MT tham mưu UBND tỉnh cấp 5 giấy phép khai thác cát theo hình thức chỉ định, nhưng chưa tham mưu UBND tỉnh khoanh định khu vực không đấu giá quyền KTKS. Công ty Bình Minh Miền Trung khai thác cát san lấp phục vụ thi công Dự án nâng cấp, mở rộng Nhà máy lọc dầu Dung Quất. (Công trình này không đủ điều kiện theo điểm đ khoản 1 Điều 22 Nghị định158/2016/NĐ-CP, nhưng được cấp phép không qua đấu giá quyền khai thác).
Sở TN&MT chưa tham mưu UBND tỉnh ban hành kế hoạch đấu giá quyền khai thác đất đồi làm vật liệu san lấp. Việc Sở TN&MT lồng ghép cho thuê đất trong giấy phép khai thác khoáng sản là không có trong quy định của pháp luật về khoáng sản và pháp luật về đất đai.
Thanh tra cũng phát hiện hàng loạt sai phạm của các DN như khai thác vượt mốc giới bàn giao, khai thác vượt công suất, chưa đảm bảo yêu cầu về bảo vệ môi trường, kê khai thiếu khối lượng khai thác thực tế dẫn đến thiếu thuế tài nguyên và phí bảo vệ môi trường.
Từ kết luận của Thanh tra tỉnh, Chủ tịch UBND tỉnh Quảng Ngãi chỉ đạo Giám đốc Sở Nội vụ tiếp nhận hồ sơ kiểm điểm của tập thể lãnh đạo các Sở TN&MT, Sở Tài chính và xem xét tham mưu cho Chủ tịch UBND tỉnh xử lý nếu qua kiểm điểm trách nhiệm các Sở có đề xuất hình thức xử lý kỷ luật lãnh đạo, nguyên lãnh đạo Sở; yêu cầu Cục trưởng Cục Thuế tỉnh chịu trách nhiệm tính toán xác định để thu và truy thu các loại thuế, phí liên quan; xử lý vi phạm các hành vi vi phạm của các DN.