Đồng thời, Cơ quan Cảnh sát điều tra đề nghị Viện Kiểm sát nhân dân tối cao truy tố Phan Văn Anh Vũ (Chủ tịch Hội đồng quản trị Công ty Cổ phần Xây dựng Bắc Nam 79) về tội "đưa hối lộ"; đề nghị truy tố bị can Hồ Hữu Hòa (37 tuổi, quê ở Nghệ An, làm nghề phong thủy) về tội "môi giới hối lộ"; đề nghị truy tố bị can Nguyễn Duy Linh về tội "nhận hối lộ".
Theo kết luận, giữa năm 2017, Phan Văn Anh Vũ bị Cơ quan An ninh điều tra (Bộ Công an) điều tra về những sai phạm trong vụ án cố ý làm lộ bí mật nhà nước và những hành vi vi phạm pháp luật khác liên quan đến việc mua bán, chuyển nhượng nhà, đất công sản tại Đà Nẵng và một số địa phương.
Do lo sợ bị pháp luật xử lý, Phan Văn Anh Vũ nhờ Hồ Hữu Hòa tiếp cận với ông Nguyễn Duy Linh để nhờ giúp đỡ, tìm hiểu thông tin.
Cơ quan điều tra cho rằng Phan Văn Anh Vũ đã nhờ lái xe của mình chuyển 5 tỉ đồng cho Hòa và 4 lần đưa quà cho Hoàng Nam Trung (giúp việc của Nguyễn Duy Linh) để chuyển cho Nguyễn Duy Linh. Ngoài ra, bị can còn trực tiếp đưa 500.000 USD để Hòa chuyển cho Linh.
Theo cơ quan công an, trong quá trình điều tra Phan Văn Anh Vũ thay đổi lời khai, cho rằng không đưa tiền mà chỉ đưa cigar, nấm linh chi Hàn Quốc. Tuy nhiên, cơ quan điều tra đủ căn cứ xác định hành vi của bị can Phan Văn Anh Vũ đủ yếu tố cấu thành tội "đưa hối lộ". Còn bị can Hồ Hữu Hòa đủ cấu thành về tội "môi giới hối lộ".
Bị can Nguyễn Duy Linh thiếu thành khẩn
Theo kết luận điều tra, bị can Nguyễn Duy Linh là cán bộ cấp cao trong ngành công an, được đào tạo cơ bản và có trình độ hiểu biết pháp luật.
Nguyễn Duy Linh biết Phan Văn Anh Vũ đang bị Cơ quan An ninh điều tra triệu tập làm việc, các phương tiện truyền thông liên tục đăng tin về sai phạm liên quan đến Phan Văn Anh Vũ và Nguyễn Duy Linh được tham dự cuộc họp của lãnh đạo Tổng cục Tình báo để cho ý kiến xử lý ban đầu đối với những sai phạm của Phan Văn Anh Vũ.
Khi Nguyễn Hữu Hòa đặt vấn đề cho Vũ giao tiếp trực tiếp qua điện thoại với Linh, bị can Linh đã đồng ý, sau đó nhiều lần nói chuyện điện thoại với Vũ.
Theo kết luận điều tra, khi nói chuyện điện thoại, bị can Linh nói với Vũ: "Tao đã đọc hồ sơ của mày rồi, lúc nào ra Hà Nội gặp nhau tao sẽ nói chuyện sau". Bị cáo Linh còn khuyên Vũ: "Đi du lịch qua màn ảnh nhỏ một thời gian, càng xa càng tốt, cố gắng qua châu Âu…". Sau khi nói chuyện với Vũ xong, bị can Linh nói với Hòa: "Vũ nó có ý định ủng hộ tôi về tài chính để lo công việc", "Cậu về nói với nó sớm".
Ngày 16/8/2017, bị can Phan Văn Anh Vũ giao 5 tỉ đồng cho lái xe để đưa cho Hồ Hữu Hòa. Tiếp đó, Hòa đưa tiền cho một người khác rồi giao cho Hoàng Nam Trung để vào phòng làm việc của ông Nguyễn Duy Linh.
Đến ngày 28 và 29/8/2017, bị can Linh tiếp tục nhắn tin nhờ bị can Hồ Hữu Hòa đôn đốc Phan Văn Anh Vũ gửi đồ vật, tài sản để lo công việc. Sau đó Vũ đã 4 lần chuyển các túi quà, hộp quà và thông qua Hoàng Nam Trung gửi đến cho Nguyễn Duy Linh.
Tại cơ quan điều tra, trước ngày 14/10/2020, bị can Linh không thừa nhận quen biết, liên lạc cũng như nhận quà, tiền từ Phan Văn Anh Vũ.
Sau khi cơ quan điều tra sử dụng chứng cứ thu thập được để chứng minh thì bị can Linh mới thừa nhận thông qua Hồ Hữu Hòa nói chuyện điện thoại với Vũ nhưng chỉ để "chia sẻ, động viên Vũ". Tuy nhiên, bị can Linh thừa nhận đã chỉ đạo Hoàng Nam Trung đi nhận quà của Phan Văn Anh Vũ là rượu, cigar nhưng không biết giá trị và nhãn hiệu gì.
Theo kết luận của cơ quan công an, trong quá trình điều tra, bị can Linh luôn có hành vi che giấu những hành vi của mình cũng như đồng phạm, khai báo quanh co thiếu trung thực.
"Từ khi bị bắt tạm giam, bị can Nguyễn Duy Linh vẫn chưa thành khẩn khai báo về những hành vi vi phạm pháp luật của mình cũng như đồng phạm", kết luận nêu.
Cơ quan điều tra kết luận hành vi của Nguyễn Duy Linh đủ yếu tố cấu thành tội "Nhận hối lộ" được quy định tại khoản 4, Điều 354 -Bộ luật Hình sự năm 2015.
Do Nguyễn Duy Linh không thành khẩn khai báo nên theo Cơ quan An ninh điều tra, bị can Linh cần phải xử lý bằng một bản án nghiêm khắc mới có tác dụng răn đe, giáo dục, phòng ngừa chung.
Tuy nhiên, trong quá trình công tác bị can có nhiều thành tích, đóng góp cho công tác bảo vệ an ninh, trật tự, được tặng thưởng nhiều huân huy chương nên cần được xem xét cân nhắc khi lượng hình.