Đây là vụ án thứ 3 ông Nguyễn Đức Chung kháng cáo. Trong lần kháng cáo này, ông Chung đề nghị tòa phúc thẩm xem xét lại bản án sơ thẩm; các bị cáo Nguyễn Thị Kim Tuyến và Phạm Thị Thu Hường (cả 2 là cựu cán bộ Sở KH-ĐT Hà Nội) cũng có đơn đề nghị tòa xem xét giảm nhẹ hình phạt. Bản án sơ thẩm tuyên 2 bị cáo Tuyến và Hường cùng 3 năm 6 tháng tù.
Trước khi phiên tòa phúc thẩm diễn ra, ông Nguyễn Đức Chung đã gửi đơn giải trình viết tay dài gần 60 trang. Trong đó, ông Chung cho rằng bản thân không phạm tội "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ" như bản án sơ thẩm quy kết.
Ông Chung cho rằng, từ cuối năm 2015, ông đã yêu cầu tất cả đơn vị dừng các dự án về công nghệ thông tin để rà soát, xây dựng hệ thống dùng chung. Tháng 2-2016, UBND TP Hà Nội giao Sở KH-ĐT bổ sung 2 nội dung vào kế hoạch đấu thầu và hồ sơ mời thầu gói thầu số hóa. Ông Chung cho rằng việc làm này đúng quy định.
Đến chiều 15-5-2016, Sở KH-ĐT vẫn chưa thực hiện chỉ đạo trên, nên ông yêu cầu Giám đốc Sở KH-ĐT khi đó là Nguyễn Văn Tứ phải thực hiện đình chỉ mời thầu. Song, ông Chung phủ nhận cáo buộc chỉ đạo dừng thầu để tạo điều kiện cho Công ty Nhật Cường tham gia gói thầu.
Đối với nội dung bản án nêu ông Chung đã bút phê đồng ý đề xuất cho Công ty Nhật Cường thực hiện thí điểm số hóa hồ sơ doanh nghiệp, cựu Chủ tịch UBND TP Hà Nội cho rằng, việc làm này đúng nguyên tắc, đúng quy định. Trong bản giải trình, ông Chung tiếp tục kêu oan và kiến nghị tòa phúc thẩm xem xét lại toàn bộ phán quyết sơ thẩm.
Trước đó, bản án sơ thẩm tuyên ông Nguyễn Đức Chung 3 năm tù về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”, theo Điều 281 Bộ luật Hình sự 1999.
Theo cáo trạng, từ năm 2016 đến cuối năm 2018, Sở KH-ĐT TP Hà Nội làm chủ đầu tư thực hiện 2 gói thầu "Số hóa hồ sơ đăng ký kinh doanh trên địa bàn TP Hà Nội" năm 2016, 2017, tương ứng với 2 hợp đồng kinh tế được ký kết với liên danh Nhật Cường - Đông Kinh. Quá trình thực hiện, Nguyễn Văn Tứ, Nguyễn Tiến Học, Phạm Thị Kim Tuyến và Phạm Thị Thu Hường đã thực hiện hành vi can thiệp trái pháp luật vào hoạt động đấu thầu.
Theo đó, các bị cáo đã thực hiện ý kiến chỉ đạo của Chủ tịch UBND TP Hà Nội dừng thầu gói thầu số hóa năm 2016 trái quy định của Luật Đấu thầu; đưa thêm yêu cầu cập nhật công nghệ số hóa đã được thực hiện trong quá trình thí điểm (mặc dù kết quả thí điểm không đạt yêu cầu), đồng thời đưa thêm yêu cầu phải cập nhật hệ thống dữ liệu dùng chung thành phố trong khi thành phố chưa có hệ thống dùng chung để sửa đổi hồ sơ mời thầu; lập hồ sơ mời thầu không đúng quy định nhằm tạo lợi thế cho Liên danh Nhật Cường - Đông Kinh tham gia, trúng thầu gói thầu số hóa năm 2016; sử dụng hồ sơ mời thầu gói thầu năm 2016 mà Liên danh Nhật Cường - Đông Kinh đã trúng thầu và đang thực hiện hợp đồng để tiếp tục tổ chức đấu thầu, tạo lợi thế cho Liên danh Nhật Cường - Đông Kinh tiếp tục trúng thầu gói thầu số hóa năm 2017; bỏ hạng mục công việc hiệu đính theo dự toán đơn giá đã được phê duyệt vào hồ sơ mời thầu và hợp đồng kinh tế nhưng khi thanh lý, quyết toán hợp đồng vẫn áp theo đơn giá đã được phê duyệt…
Hành vi vi phạm trên của các bị cáo đã làm sai lệch kết quả lựa chọn nhà thầu, dẫn đến hiệu quả, mục đích, yêu cầu gói thầu không đạt được, gây thiệt hại của Nhà nước hơn 26 tỷ đồng.
Hành vi của ông Nguyễn Đức Chung xâm phạm đến hoạt động đúng đắn của cơ quan Nhà nước, làm ảnh hưởng đến uy tín, hình ảnh của cơ quan công quyền thuộc UBND TP Hà Nội.