Theo Sở Giao thông vận tải TP.HCM, năm 2022 thu phí hạ tầng cảng biển thấp hơn số phí dự kiến thu khi xây dựng đề án. Theo dự toán, thu phí theo đề án là 3.036 tỉ đồng, tuy nhiên số thu phí thực tế là 1.862 tỉ đồng. 

Sở dĩ thu đạt ít hơn là do trong năm 2022 TP.HCM chỉ tổ chức thu phí 9 tháng (từ ngày 1-4-2022 đến ngày 31-12-2022). Nếu tính thời điểm thu tính đến ngày 30-6-2023, tổng số tiền thu phí hạ tầng cảng biển là hơn 2.800 tỉ đồng.

Ngoài ra mức thu thấp hơn dự kiến còn do từ ngày 1-8-2022, mức thu phí đối với hàng hóa mở tờ khai hàng hóa xuất nhập khẩu ngoài TP.HCM được điều chỉnh bằng mức thu phí hàng hóa xuất nhập khẩu mở tờ khai tại TP.HCM, đồng thời thực hiện miễn giảm phí đối với hàng hóa vận chuyển qua Campuchia.

Theo quy định, đơn vị thu phí hạ tầng cảng biển được trích lại tối đa không quá 1,5%. Dự toán được trích để lại cho Sở Giao thông vận tải TP.HCM là hơn 27 tỉ đồng, tương ứng tỉ lệ 1,46% trên tổng số phí thu năm 2022.

Trong khi đó, quá trình thu phí đã phát sinh các khoản chi phí tăng trong năm 2023 như chi phí về hạ tầng công nghệ thông tin, chi phí tăng cường an ninh thông tin, bổ sung các tính năng nâng cao năng lực xử lý hệ thống… và tăng chi phí cho các doanh nghiệp phục vụ công tác thu phí, tăng mức lương cơ sở.

Nhằm đảm bảo chi phí hoạt động thu phí cho năm 2023, Sở Giao thông vận tải TP.HCM đề xuất UBND TP.HCM trình HĐND TP.HCM sửa đổi, bổ sung quy định, nâng tỉ lệ trích lại từ năm 2023 lên 2,3% trên tổng phí thu được.