Theo đó, Công an TPHCM khởi tố vụ án "vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí” xảy ra tại IPC trong việc bán nền đất thuộc dự án khu định cư An Phú Tây, huyện Bình Chánh, TPHCM gây thất thoát, thiệt hại 127 tỷ đồng.
Đồng thời, Công an TPHCM cũng khởi tố vụ án "lạm dụng chức vụ, quyền hạn chiếm đoạt tài sản" xảy ra tại Công ty TNHH Sepzone Linh Trung, liên quan đến việc Tề Trí Dũng (nguyên Tổng giám đốc IPC, Chủ tịch HĐQT Công ty CP phát triển Nam Sài Gòn - Sadeco, công ty con của IPC) và các cá nhân đại diện vốn IPC nhận số tiền tương đương 70.000 USD thù lao, tiền thưởng do Công ty Sepzone Linh Trung (công ty con của IPC) chi trả cho thành viên HĐTV.
Bước đầu, công an xác định tháng 4-2001, UBND TPHCM có quyết định chuyển giao chủ đầu tư dự án khu định cư An Phú Tây từ Công ty cổ phần đầu tư và xây dựng Bình Chánh sang Công ty CP phát triển Nam Sài Gòn (hay còn gọi là Sadeco).
Cuối tháng 9-2006, Ban quản lý đầu tư và xây dựng khu đô thị mới Nam TP có văn bản giao phần diện tích phục vụ tái định cư tại dự án khu định cư An Phú Tây cho Công ty IPC. Đồng thời đề nghị IPC thương thảo với Sadeco chuyển nhượng thêm phần đất của Sadeco. Sau đó, IPC đã thỏa thuận góp vốn với Sadeco để nhận lại 187 nền đất với Sadeco.
Năm 2016, Tề Trí Dũng ký 4 hợp đồng chuyển nhượng 99 nền đất với giá 7 triệu đồng/m2. Hai năm sau, Trần Đăng Linh (Phó tổng giám đốc IPC) ký 2 hợp đồng chuyển nhượng 50 nền đất cho 4 khách hàng cá nhân với đơn giá từ 8,2 đến 8,8 triệu đồng/m2. Số nền đất này được bán với giá hơn 186 tỷ đồng.
Tuy nhiên, căn cứ vào chứng thư thẩm định giá, IPC đề xuất bán sỉ cho khách hàng với giá là 7 triệu đồng/m2, áp dụng đồng giá cho tất cả các loại nền, vị trí, diện tích. Thời điểm này, Sadeco thông báo giá chuyển nhượng các dự án khu định cư An Phú Tây với giá từ 8,1 - 14,8 triệu đồng/m2. Giá chuyển nhượng của IPC thấp hơn so với giá chuyển nhượng của Sadeco.
Từ đó, công an xác định, mặc dù có chứng thư thẩm định giá nhưng Tề Trí Dũng không lấy giá của chứng thư định giá giá trị cao hơn mà lấy giá trung bình của hai chứng thư dẫn đến làm giá bán cho khách hàng, không đảm bảo hiệu quả kinh tế, gây thiệt hại cho Nhà nước hơn 59 tỷ đồng.
Ngày 1-2-2021, Hội đồng định giá tài sản cấp TP có kết luận định giá tài sản, xác định giá trị thị trường quyền sử dụng đất ở của 149 nền đất thuộc khu định cư An Phú Tây đã bán cho khách hàng (tại thời điểm IPC ký hợp đồng chuyển nhượng) là hơn 313 tỷ đồng, cao hơn 127 tỷ đồng so với giá IPC chuyển nhượng cho các khách hàng.