Tại hội nghị, đại diện Công ty Điều Intersnack nêu vướng mắc trong xuất nhập khẩu điều nguyên liệu và bán thành phẩm tại thị trường nội địa đã gây thiệt hại nghiêm trọng cho DN. Cụ thể, công ty nhập khẩu hàng ngàn tấn hạt điều thô từ châu Phi để làm nguyên liệu sản xuất hàng xuất khẩu. Trong đó, phần nhân điều không đáp ứng yêu cầu của khách hàng nên không xuất được, DN muốn đem tiêu thụ ở thị trường nội địa. Tuy nhiên, vì nguyên liệu nhập khẩu không nằm trong danh mục 46 nước được phép nhập khẩu và tiêu thụ tại Việt Nam nên bị lực lượng chức năng ngăn chặn. "Chúng tôi phải chạy tới chạy lui để xin hướng dẫn. Hải quan yêu cầu tiêu hủy nhưng cơ quan thuế thì không cho vì cho rằng lượng hàng quá lớn. Vì thế, DN phải tốn nhiều chi phí lưu container, lưu kho… Trong khi điều này là loại điều nhân sạch lên tới mấy ngàn tấn và không dùng hóa chất bảo quản, nếu để lâu sẽ tan thành bột hết" - đại diện DN này phản ánh.

Các DN khác cũng đặt nhiều câu hỏi vướng mắc về thủ tục hải quan liên quan đến lĩnh vực giám sát quản lý, kiểm tra chuyên ngành, thủ tục, cách tính thuế liên quan đến hạt điều nguyên liệu nhập khẩu được gia công đóng gói xuất khẩu; các vướng mắc liên quan đến nhập khẩu nguyên liệu điều gia công, sản xuất xuất khẩu; nhập máy biến tần thuế suất 0% nhưng phụ tùng thì 15%...

Ông Nguyễn Hữu Nghiệp, Phó Cục trưởng Cục Hải quan TP HCM, cho biết đơn vị nhận được nhiều câu hỏi của DN xuất nhập khẩu hạt điều nhân và điều thành phẩm vì thời gian qua DN nhập hạt điều từ Campuchia, Ấn Độ về để sản xuất và xuất khẩu rất nhiều. Đã có một số vụ án liên quan xuất khống hàng để hưởng lợi thuế GTGT nên Tổng cục Hải quan đã có chỉ đạo kiểm tra kỹ sau thông quan. Trong quá trình xử lý vướng mắc, Hải quan TP nhận thấy có nhiều DN không đọc kỹ các thông tư hướng dẫn dẫn đến vi phạm.

Tại hội nghị, có DN phản ánh hệ thống hải quan bị lỗi về tính thuế, khiến một hồ sơ có 7 tờ khai thủ tục bị tính tới 7 lần thuế. Khi DN phát hiện thì cơ quan hải quan nói sẽ hoàn thuế sau nhưng từ mấy tháng qua DN vẫn chưa được hoàn. Cán bộ thuế lại nói không có lỗi nào là "lỗi hệ thống". Do đó, DN đề nghị phía Hải quan TP sớm sửa lỗi hệ thống và giải quyết hoàn thuế cho DN vì con số đến vài tỉ đồng. Trước phản ánh này, ông Nguyễn Hữu Nghiệp đã chỉ đạo Hải quan cảng Cát Lái kiểm tra ngay và hỗ trợ sớm hoàn thuế cho DN.