Ông Dương Tuấn Minh (nguyên tổng giám đốc công ty đầu tư phát triển và quản lý dự án hạ tầng giao thông Cửu Long – gọi tắt là công ty Cửu Long) bị cáo buộc về tội vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí với vai trò đồng phạm với Đinh La Thăng (sinh năm 1960, nguyên Bộ trưởng Bộ Giao thông Vận tải).

Theo hồ sơ vụ án, công ty Cửu Long là đơn vị trực thuộc Bộ Giao thông Vận tải. Bộ Giao thông Vận tải là chủ sở hữu tài sản quyền thu phí cao tốc TPHCM - Trung Lương. Công ty Cửu Long được Bộ Giao thông Vận tải giao thay mặt Bộ ký hợp đồng với công ty Yên Khánh (công ty của Út “trọc”).

Sau khi giành được quyền thu phí tuyến đường cao tốc TPHCM – Trung Lương thì Út “trọc” sử dụng hành vi gian dối, thay đổi phần mềm nhằm mục đích giảm doanh thu trên sổ sách, qua đó, chiếm đoạt tài sản của Nhà nước.

Cơ quan điều tra xác định, Dương Tuấn Minh được giao thực hiện các công việc chuyển giao quyền thu phí TPHCM - Trung Lương ngay từ giai đoạn lập đề án đến khi bán đấu giá, điều hành buổi đấu giá, ký kết và quản lý hợp đồng bán đấu giá. Dương Tuấn Minh đã thực hiện trái các quy định của pháp luật về bán đấu giá quyền thu phí.

Với vai trò là người đứng đầu công ty Cửu Long, bị can Dương Tuấn Minh khai  công ty Cửu Long được Bộ Giao thông vận tải giao đề án bán quyền thu phí cao tốc TPHCM – Trung Lương trình Bộ Giao thông Vận tải phê duyệt, công ty đã 6 lần trình đề án, trong đó Dương Tuấn Minh với vai trò là giám đốc đã ký 5 tờ trình đề án.

Cuối tháng 2/2012, ông Đinh La Thăng gọi điện thoại cho Minh giới thiệu Đinh Ngọc Hệ (tức Út "trọc"). Tiếp đó, Út "trọc" đến làm việc với Minh tại trụ sở công ty Cửu Long đặt yêu cầu tham gia một số dự án do công ty Cửu Long quản lý.

Sau khi đề án được thông qua, Minh được giao làm ủy viên hội đồng bán đấu giá quyền thu phí cao tốc TPHCM - Trung Lương. Quá trình chuẩn bị, tổ chức đấu giá, quản lý hợp đồng bán đấu giá có các vi phạm để công ty Yên Khánh không có năng lực tài chính, không đủ tư cách tham gia đấu giá trúng đấu giá.

Sau đó, công ty Yên Khánh liên tục vi phạm nghĩa vụ thanh toán nhưng không bị chấm dứt hợp đồng thanh toán trước hạn  hợp đồng, sử dụng phần mềm trái phép can thiệp vào phần mềm của Bộ Giao thông Vận tải, chiếm đoạt tiền thu phí, gây thiệt tài sản Nhà nước.

Bị can Minh thừa nhận bản thân có một phần trách nhiệm. Tuy nhiên, có một phần trách nhiệm của Bộ Giao thông Vận tải khi đã không yêu cầu chấm dứt hợp đồng  trước thời hạn khi công ty Yên Khánh vi phạm nghĩa vụ thanh toán.

Thực tế, ngày 13/2/2014, Minh ký văn bản gửi Bộ Giao thông Vận tải về việc công ty Yên Khánh mới thanh toán được một nửa số tiền phải thanh toán đợt đầu tiền trúng đấu giá mua quyền thu phí và xin ý kiến chỉ đạo của Bộ Giao thông Vận tải. 

Tuy nhiên, sau đó vài ngày, ông Đinh La Thăng đã gặp và mắng Minh tại trụ sở Bộ Giao thông Vận tải "Anh làm việc quan liêu lắm, 800 tỷ chứ không phải nhỏ, nhà đầu tư người ta cũng có khó khăn nên để họ từ từ đóng".

Từ đó, Minh không ký văn bản báo cáo mà giao cho cấp dưới ký báo cáo. Đến ngày 19/6/2015, công ty Cửu Long mới có văn bản đề nghị chấm dứt hợp đồng. Sở dĩ công ty Cửu Long không đề nghị sớm chấm dứt hợp đồng vì Út "trọc" có mối quan hệ thân thiết với ông Đinh La Thăng và bị ông Thăng mắng vì yêu cầu thanh toán đúng hợp đồng.

Quá trình điều tra, Dương Tuấn Minh đã thành khẩn khai nhận hành vi phạm tội, hợp tác với cơ quan điều tra, bị can có nhiều thành tích được tặng nhiều bằng khen. Do đó, quá trình truy tố, xét xử, cơ quan điều tra đề nghị xem xét các tình tiết giảm nhẹ khi lượng khung hình phạt đối với bị can.

Xuân Duy