Tuy nhiên, đại diện VPF đã bác bỏ nên dẫn đến việc một số đội bóng bất phục đã gửi công văn đòi quyền lợi chính đáng cho mình.
Có sáu CLB gửi đơn lên VFF và VPF đề nghị tổ chức đại hội bất thường VPF, chỉ sau chín tháng trong nhiệm kỳ, gồm HA Gia Lai, B. Bình Dương, Hải Phòng, Quảng Nam, SL Nghệ An và Nam Định.
Bầu Đức của đội HA Gia Lai cho biết sau 20 năm làm bóng đá, ông rất thấu hiểu về các vấn đề tài chính và chuyên môn để làm sao cho cuộc chơi tốt hơn. Chính ông đã nhiều lần đơn độc đòi Chủ tịch VPF Trần Anh Tú từ chức, còn bây giờ có nhiều CLB khác đồng thuận khiến ông không bị mang tiếng thù hằn cá nhân nữa.
Tổng giám đốc Công ty cổ phần CLB B. Bình Dương - ông Lê Hồng Cường bày tỏ VPF điều hành hoạt động chưa có hiệu quả, lãnh đạo không tuân thủ các ý kiến của các cổ đông đóng góp, dẫn tới thiệt hại rất lớn về mặt hình ảnh của giải đấu cũng như kết quả hoạt động của VPF nói riêng và các CLB nói chung. Vì vậy, B. Bình Dương yêu cầu tổ chức đại hội cổ đông bất thường VPF nhằm chấn chỉnh, kiện toàn những hạn chế và thiếu sót mà ban lãnh đạo VPF hiện tại đã vướng mắc...
Giám đốc điều hành CLB Hải Phòng - ông Lê Xuân Hải thẳng thắn: “Xem xét lại cách điều hành của Chủ tịch HĐQT Trần Anh Tú và Tổng giám đốc VPF Nguyễn Minh Ngọc. Bầu lại các thành viên chủ chốt, lựa chọn người phù hợp để điều hành, quản lý VPF vì sự phát triển của bóng đá Việt Nam”.
Theo quy chế VPF, ở Điều 30 khẳng định đại hội cổ đông bất thường sẽ triệu tập theo quyết định của HĐQT trong trường hợp: 1. Xét thấy yêu cầu cần thiết vì lợi ích công ty; 2. Số thành viên HĐQT bị giảm quá 1/3 so với quy định tại điều lệ; 3. Theo yêu cầu của cổ đông hoặc nhóm cổ đông sở hữu trên 10% tổng số cổ phần phổ thông hoặc ban kiểm soát trong trường hợp HĐQT vi phạm nghiêm trọng nghĩa vụ của người quản lý hoặc HĐQT ra quyết định vượt quá thẩm quyền được giao.