Theo Sở Giao thông vận tải TP.HCM, hướng tuyến đường sắt đoạn qua TP.HCM được đề xuất trong báo cáo nghiên cứu tiền khả thi cơ bản phù hợp với quy hoạch chung xây dựng TP.HCM đến năm 2025 (được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt tại quyết định số 24/QĐ-TTg ngày 6-1-2010).
Sở Giao thông vận tải TP.HCM thống nhất với phương án tuyến đi đường sắt song song (phía bên phải theo hướng TP.HCM đi tỉnh Đồng Nai) của cao tốc TP.HCM - Long Thành - Dầu Giây.
Việc nghiên cứu, xác định cơ cấu tuyến đi trên cao hay ở mặt đất được sở này đề nghị tư vấn lập báo cáo nghiên cứu tiền khả thi, trong đó sẽ cập nhật các nút giao thông lớn, quan trọng. Việc này giúp thuận lợi trong việc xây dựng đường sắt ở các giai đoạn tiếp theo.
Còn về vị trí và quy mô nhà ga, trạm bảo dưỡng kỹ thuật,… Sở Giao thông vận tải TP.HCM thống nhất vị trí ga Thủ Thiêm là ga đầu mối đường sắt. Ga này sẽ đón, trả khách thuộc tàu khách Bắc - Nam và là đầu mối trung chuyển khách từ đường sắt sang các phương tiện giao thông công cộng khác.
Sở Giao thông vận tải TP.HCM cho biết thêm Bộ Giao thông vận tải đã có thông báo số 124/TB-BGTVT về tình hình làm một số dự án giao thông trọng điểm ở TP.
Việc quy hoạch chi tiết 1/500 khu vực ga đầu mối Thủ Thiêm sẽ do Bộ Giao thông vận tải chủ trì nghiên cứu chi tiết khu vực ga đầu mối Thủ Thiêm để có cơ sở quản lý quy hoạch, thống nhất triển khai các dự án đầu tư với TP.
Vì vậy Sở Giao thông vận tải TP đề nghị Bộ Giao thông vận tải chỉ đạo các đơn vị liên quan sớm hoàn thành nội dung đã được thống nhất trên. Theo đó, tổ chức lập quy hoạch nhà ga Thủ Thiêm như một trong những ga đường sắt trung tâm của TP.HCM cho cả đường sắt tốc độ cao trên trục Bắc - Nam và đường sắt Thủ Thiêm - Long Thành (trong đó có tổ chức kết nối đồng bộ với tuyến đường sắt đô thị số 2 TP.HCM giai đoạn 2, tuyến Bến Thành - Thủ Thiêm).
Sở này cũng đề nghị Bộ Giao thông vận tải yêu cầu các tư vấn phối hợp xây dựng rõ các tiêu chí của từng phương án vị trí depot (trong đó có depot cho tuyến đường sắt tốc độ cao trên trục Bắc - Nam quy hoạch ở phường Long Trường, TP.HCM), để có căn cứ tốt nhất và đề xuất chính thức trong báo cáo nghiên cứu tiền khả thi.
Ga Sài Gòn cũng được định hướng là ga đầu mối đường sắt
Trước đó liên danh tư vấn Cục Đường sắt (TEDI SOUTH - CCTDI) đã có trình báo cáo đầu kỳ về quy hoạch đường sắt đầu mối khu vực TP.HCM gửi Cục Đường sắt Việt Nam lấy ý kiến.
Theo phương án đề xuất, tư vấn chọn phương án mở rộng ga Sài Gòn và làm tuyến đường sắt xuyên tâm đi Bình Triệu - Sài Gòn - Tân Kiên. Đồng thời, định hướng ga Sài Gòn là đầu mối giao thông quan trọng, trung chuyển khách đến và đi từ đường sắt sang các loại hình giao thông khác.
Ga Sài Gòn được định hướng sẽ trở thành đầu mối trung chuyển hành khách của nhiều loại hình: buýt, taxi, đường sắt liên vùng, nội đô...