Cụ thể, về ga Thủ Thiêm, Sở GTVT TP thống nhất vị trí ga này với tính chất giao thông “Là ga đầu mối đường sắt xây dựng mới khổ 1.435 mm và có nhiệm vụ đón, trả hành khách lên, xuống, đón, phát tàu khách Bắc - Nam".
Đồng thời, ga Thủ Thiêm cũng là đầu mối trung chuyển khách từ đường sắt sang các phương tiện giao thông công cộng khác (tại quảng trường ga Thủ Thiêm bố trí ga metro, bến xe buýt, taxi, bãi đỗ phương tiện cá nhân phục vụ việc thu gom và phân tán khách đi, đến ga).
Ngoài ra, Sở GTVT TP cũng đề nghị Bộ GTVT quan tâm, chỉ đạo các bộ phận chức năng liên quan sớm hoàn thành nội dung đã được thống nhất, tổ chức lập quy hoạch nhà ga Thủ Thiêm như một trong những ga đường sắt trung tâm của TP cho cả đường sắt tốc độ cao trên trục Bắc - Nam và đường sắt Thủ Thiêm - Long Thành.
Ga cũng sẽ được tổ chức kết nối đồng bộ và hiệu quả với tuyến đường sắt đô thị số 2 TP.HCM - giai đoạn 2 (đoạn Bến Thành - Thủ Thiêm).
"Theo báo cáo đầu kỳ Quy hoạch của liên danh tư vấn đề xuất thì ga Sài Gòn là ga trung tâm của tuyến đường sắt quốc gia Bắc - Nam, còn ga Thủ Thiêm được Sở GTVT TP đề nghị lần này là ga trung tâm của tuyến đường sắt tốc độ cao Bắc Nam"- ông Phan Công Bằng, Phó Giám đốc Sở GTVT TP nói.
Ông Bằng giải thích thêm, về bản chất 2 nhà ga trung tâm này hoàn toàn khác nhau. Một ga là ga trung tâm của tuyến đường sắt quốc gia thông thường, một ga là ga trung tâm của tuyến đường sắt quốc gia tốc độ cao.
Cũng trong văn bản của Sở GTVT TP gửi Bộ GTVT, Sở cũng thống nhất phương án bố trí tuyến Đường sắt tốc độ cao trên trục Bắc - Nam, đoạn qua địa bàn TP.HCM đi “song song” về phía Nam của đường bộ cao tốc TP.HCM - Long Thành - Dầu Giây (phía bên phải đường bộ cao tốc theo hướng TP.HCM đi Đồng Nai).
Về đề-pô (nơi tập kết tàu để bảo dưỡng, sửa chữa, thực hiện các tác nghiệp kỹ thuật khác), theo ý kiến của Tư vấn thẩm tra báo cáo nghiên cứu tiền khả thi thì có thể chuyển vị trí đề-pô (khu vực phường Long Trường, TP.HCM), dự kiến chuyển sang Long Thành (tỉnh Đồng Nai). Sở GTVT TP.HCM nhận thấy phương án này là có cơ sở để xem xét.
Ngoài ra, theo Báo cáo đầu kỳ Quy hoạch các tuyến, ga đường sắt khu vực đầu mối TP.HCM, dự kiến sẽ bổ sung đoạn tuyến chạy tàu khách nối ga Thủ Thiêm - ga Tân Kiên (đường sắt TP.HCM - Cần Thơ), phương án tuyến phần lớn đi theo Đại lộ Nguyễn Văn Linh.
"Nếu được Bộ GTVT chấp thuận bổ sung phương án này trong kết nối các đầu mối hành khách, kiến nghị Bộ giao tư vấn bổ sung phần thuyết minh liên quan cho dự án đường sắt tốc độ cao, cũng như xét đến định hướng này khi lập quy hoạch chi tiết ga Thủ Thiêm", văn bản Sở GTVT TP.HCM nêu rõ.