Theo kết luận điều tra, qua công tác nắm tình hình, Phòng Cảnh sát điều tra tội phạm về tham nhũng, kinh tế, buôn lậu Công an TPHCM phát hiện đường dây mua bán hóa đơn với quy mô lớn, doanh số hóa đơn xuất khống lên đến gần hàng chục nghìn tỷ đồng, do Hoàng Đặng Ngọc Mỹ Trang là đối tượng cầm đầu; Hoàng Ngọc Phượng Trân, Ngô Thị Bích Thủy là các đối tượng giúp sức. Việc in, phát hành, mua bán trái phép hóa đơn xảy ra tại TPHCM và các tỉnh, thành trên toàn quốc.
Ngày 09/3/2023, sau khi nắm rõ hoạt động của đường dây này, Phòng Cảnh sát điều tra tội phạm về tham nhũng, kinh tế, buôn lậu Công an TP.Hồ Chí Minh đã đồng loạt triển khai nhiều mũi tiến công kiểm tra, bắt giữ đối các đối tượng, đồng thời tiến hành khám xét 9 địa điểm trên địa bàn TPHCM, Bình Dương và Đồng Nai.
Quá trình khám xét, công an thu giữ 70 con dấu doanh nghiệp, nhiều ổ cứng máy vi tính, điện thoại di động, một số lượng lớn hóa đơn, chứng từ ghi khống nội dung, trị giá. Tại cơ quan công an, các đối tượng khai nhận từ năm 2018 đến khi bị bắt đã sử dụng thông tin CMND của người thân và CMND, CCCD mua ở các tiệm cầm đồ để thành lập nhiều “công ty ma” tại TPHCM, Đồng Nai, sau đó tìm khách hàng trên mạng Internet, liên hệ qua ứng dụng Zalo để chào bán hóa đơn GTGT ghi khống nội dung, với mức giá thỏa thuận là 1,5% đến 2% trên trị giá hóa đơn chưa thuế.
Quá trình điều tra, cơ quan công an xác định, thủ đoạn của Trang và các đối tượng là tổ chức thuê người (hoặc sử dụng CMND/CCCD giả) đứng tên thành lập hàng loạt công ty “ma” khắp các quận, huyện tại TPHCM, Đồng Nai, kêu gọi người thân hoặc người có quan hệ thân thiết tham gia vào đường dây mua bán hoá đơn trên và phân công nhiệm vụ, vai trò cho từng người rất chặt chẽ và cụ thể. Qua đó tạo ra các mắt xích công ty F1, F2, F3… để xuất khống hoá đơn cho các doanh nghiệp, thu lợi bất chính hàng trăm tỷ đồng và gây thiệt hại đến ngân sách nhà nước với số tiền rất lớn.
Cụ thể, kết quả điều tra, xác định, từ 04/2017 đến tháng 3/2023, Hoàng Đặng Ngọc Mỹ Trang và đồng phạm đã thành lập, sử dụng 41 pháp nhân mua, bán trái phép 34.292 hóa đơn GTGT cho 3.273 doanh nghiệp, đơn vị khác nhau trên 52 tỉnh/thành trên cả nước với tổng trị giá chưa thuế là 3.956.652.943.225 đồng, thuế GTGT là 380.463.390.761 đồng, tổng giá trị là 4.336.857.988.186 đồng.
Vào các ngày tháng 3/2023 và tháng 6/2023, Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an TPHCM đã khởi tố 12 bị can, trong đó có 03 bị can Hoàng Đặng Ngọc Mỹ Trang, Hoàng Ngọc Phượng Trân, Ngô Thị Bích Thủy về tội danh “In, phát hành, mua bán trái phép hóa đơn” và 09 bị can Nguyễn Bảo Khánh, Mai Thị Luyện, Nguyễn Thị Lệ Hằng, Nguyễn Thị Ninh, Nguyễn Thị Thu Hiếu, Phan Thị Thùy Trang, Đỗ Thị Cát Trinh, Phan Tiến Dũng, Trần Duy Hiếu về tội danh “Mua bán trái phép hóa đơn”. Trong đó, Đỗ Thị Cát Trinh nguyên là cán bộ thuế Tân Bình.
Mở rộng điều tra, liên quan đến đến doanh nghiệp sử dụng hóa đơn bất hợp pháp, ngày 20/9/2023, Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an TPHCM đã ra quyết định khởi tố bị can đối với 10 bị can tại TPHCM, Tây Ninh, Đồng Nai, gồm: 08 bị can Huỳnh Văn Hồng, Võ Thị Minh Nguyệt, Nguyễn Bá Hòa, Nguyễn Quốc Thắng, Nguyễn Hạnh Chi, Nguyễn Thị Minh Thủy, Trần Mỹ Linh về tội “Trốn thuế” quy định tại Điều 200, Bộ luật Hình sự; 04 bị can Lê Trọng Đông, Lê Thị Tuyến và Phạm Thị Thu Ngọc về tội “Mua bán trái phép hóa đơn” quy định tại Điều 203 Bộ luật Hình sự.