Quá trình công tác của ông Trần Duy Đông:

- 1/2002 - 6/2002: Cán bộ quản lý dự án tại Công ty phát triển công nghệ FPT.

- 7/2002 - 1/2007: Chuyên viên, Vụ Quản lý Khu công nghiệp - Khu chế xuất (nay là Vụ quản lý các Khu kinh tế), Bộ Kế hoạch và Đầu tư; học Thạc sĩ chính sách công tại Nhật Bản từ 7/2004 - 7/2006.

- 2/2007 - 3/2007: Hàm Phó trưởng phòng - Phòng Thư ký tổng hợp, Văn phòng Bộ, Bộ Kế hoạch và Đầu tư.

- 4/2007-10/2009: Hàm Trưởng phòng - Phòng Thư ký tổng hợp, Văn phòng Bộ, Bộ Kế hoạch và Đầu tư.

- 10/2009 - 6/2014: Phó Vụ trưởng, Phó Bí thư Chi Bộ, Vụ quản lý các Khu kinh tế, Bộ Kế hoạch và Đầu tư.

- 6/2014 - 10/2018: Vụ trưởng, Bí thư Chi Bộ, Vụ quản lý các Khu kinh tế, Bộ Kế hoạch và Đầu tư.

- 9/2015 đến nay: Ủy viên ban chấp hành Đảng bộ cơ quan Bộ Kế hoạch và Đầu tư.

- 11/2018 đến nay: Vụ trưởng Vụ Kinh tế địa phương và Lãnh thổ, Bộ Kế hoạch và Đầu tư.

- 1/2020 đến nay: Ủy viên Ban Thường vụ Đảng bộ cơ quan Bộ Kế hoạch và Đầu tư.

- 5/2020 đến nay: Kiêm nhiệm Phó Chủ tịch Hội đồng quản lý trong Trung tâm đổi mới sáng tạo quốc gia, Bộ Kế hoạch và Đầu tư.

- 6/2020 đến nay: Bí thư Chi bộ Vụ Kinh tế địa phương và Lãnh thổ, Bộ Kế hoạch và Đầu tư.

- 9/2020 đến nay: Phó Bí thư Đảng ủy cơ quan Bộ Kế hoạch và Đầu tư.

- Từ 2/10/2020: Thứ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư.