Viện kiểm sát nhân dân tối cao đã ban hành cáo trạng truy tố các bị can Đinh La Thăng, cựu Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải; Nguyễn Hồng Trường, cựu Thứ trưởng Bộ GTVT; Đinh Ngọc Hệ cùng 17 bị can khác trong vụ án liên quan việc đấu thầu và thu phí tuyến cao tốc TP.HCM - Trung Lương.
Ngoài ra, trong cáo trạng cũng đề nghị xử lý hành chính nhiều lãnh đạo cấp cục, vụ của các Bộ, ngành.
Đối với trách nhiệm của Bộ trưởng Nguyễn Văn Thể, cáo trạng nêu, tại thời điểm 2013 đến tháng 10/2015 là thứ trưởng Bộ Giao thông vận tải được phân công quản lý Nhà nước đối với Tổng Công ty Cửu Long nhưng không được giao phụ trách thực hiện quản lý đối với đề án chuyển giao quyền thu phí đường cao tốc TP.HCM - Trung Lương.
Từ tháng 6 đến tháng 10/2015, bị can Đinh La Thăng mới giao cho ông Nguyễn Văn Thể chỉ đạo, đôn đốc Công ty Yên Khánh thực hiện hợp đồng mua bán quyền thu phí.
Quá trình triển khai thực hiện bán quyền thu phí đường cao tốc, Tổng Công ty Cửu Long đều báo cáo xin ý kiến Bộ Giao thông vận tải, vì vậy khi Công ty Yên Khánh vi phạm nghĩa vụ thanh toán, Tổng Công ty Cửu Long đã có nhiều văn bản báo cáo để xin ý kiến giải quyết của Bộ Giao thông vận tải.
Đến ngày 19/6, do Công ty Yên Khánh vẫn không thực hiện cam kết nên bị can Dương Thị Trâm Anh, phó Tổng giám đốc Tổng Công ty Cửu Long đã ký văn bản gửi Bộ Giao thông vận tải kiến nghị xem xét chấm dứt hợp đồng.
Từ báo cáo trên, bị can Nguyễn Chí Thành đã soạn thảo tờ trình để ông Nguyễn Văn Thể ký gửi ông Đinh La Thăng.
Tờ trình nêu rõ đã đủ cơ sở xem xét chấm dứt hợp đồng chuyển giao quyền thu phí đối với Công ty Yên Khánh và đề nghị Bộ trưởng có ý kiến chỉ đạo.
Ngày 23/6/2015, ông Đinh La Thăng có bút phê vào tờ trình chỉ đạo: "Đề nghị anh Thể chỉ đạo giải quyết theo đúng hợp đồng của hai bên đã ký và đúng quy định của pháp luật. Tuy nhiên cũng cần làm rõ trách nhiệm của nhà đầu tư và các cơ quan nhà nước, Tổng công ty Cửu Long".
Sau khi có bút phê chỉ đạo từ ông Thăng, ông Thể đã yêu cầu Tổng Công ty Cửu Long; Vụ Tài chính, Vụ Pháp chế Bộ Giao thông vận tải đôn đốc Công ty Yên Khánh nộp tiền theo cam kết nhưng đơn vị này không thực hiện.
Tiếp đó, ông Thể ký tiếp 2 văn bản ngày 31/8/2015 và ngày 8/10/2015 yêu cầu Tổng Công ty Cửu Long làm việc với Công ty Yên Khánh để yêu cầu nộp đủ số tiền mua quyền thu phí theo đúng quy định.
Tháng 10/2015, ông Thể được điều động nhiệm vụ tới tại tỉnh Sóc Trăng. Sau khi ông Thể chuyển công tác, Công ty Yên Khánh vẫn chây ỳ, không thanh toán đúng cam kết.
Theo cáo trạng, việc Bộ Giao thông vận tải không quyết định đình chỉ quyền thu phí khi Công ty Yên Khánh vi phạm nghĩa vụ thanh toán là làm trái quy định.
Khi Tổng Công ty Cửu Long báo cáo việc Công ty Yên Khánh vi phạm hợp đồng, Bộ Giao thông vận tải không thực hiện đúng quyền hạn của chủ sở hữu nhà nước trong việc chỉ đạo Tổng Công ty Cửu Long thông báo chấm dứt hợp đồng là trái quy định pháp luật.
Cáo trạng nêu, liên quan đến nội dung sai phạm trong việc quản lý hợp đồng bán quyền thu phí, tài liệu điều tra đã xác định trách nhiệm chính thuộc về các bị can Đinh La Thăng, Nguyễn Hồng Trường xuyên suốt từ khi lập đề án, tổ chức bán đấu giá đến thực hiện chuyển giao quyền thu phí.
"Việc không chỉ đạo chấm dứt hợp đồng đối với Công ty Yên Khánh có một phần trách nhiệm của ông Nguyễn Văn Thể nhưng không phải là nguyên nhân dẫn đến hậu quả thiệt hại trong vụ án.
Do vậy, không đủ cơ sở để xem xét trách nhiệm hình sự đối với ông Nguyễn Văn Thể", cáo trạng nêu.