KĐTM Thủ Thiêm hiện có 3 vấn đề chính mà TP.HCM phải tập trung giải quyết: Diện tích 4,3 ha ngoài ranh; vấn đề '5 khu phố thuộc 3 phường'; khiếu nại của một số hộ dân liên quan đến chính sách bồi thường trước đó.