Theo kháng nghị, quá trình điều tra, xét xử vụ án và bản án hình sự sơ thẩm cũng đã xác định rõ việc Công ty Tân Thuận chuyển nhượng khu dân cư Ven Sông, khu dân cư Phước Kiển cho Công ty Quốc Cường Gia Lai là trái quy định của Nhà nước về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí.
Hành vi phạm tội của các bị cáo bị VKSND TPHCM truy tố và HĐXX tuyên án về tội vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí. Điều đó khẳng định các hành vi phạm tội phải được xác định kéo dài từ khi hành vi đó xảy ra cho đến khi Nhà nước lấy lại được quyền quản lý tài sản hoặc khi tội phạm bị ngăn chặn (khi khởi tố vụ án). Vì vậy, thiệt hại phải tính đến thời điểm hai bên hủy hợp đồng ở dự án Phước Kiển và thời điểm cơ quan điều tra ra quyết định khởi tố vụ án ở dự án Ven Sông.
Kháng nghị cũng nêu, chính HĐXX cũng xác định hành vi phạm tội của các bị cáo đã gây thiệt hại thực tế cho Nhà nước tính tới ngày khởi tố vụ án chưa được khắc phục là 283 tỉ đồng. Từ đó cho thấy việc HĐXX nhận định và quyết định thời điểm xác định tài sản Nhà nước bị thất thoát, lãng phí khi hành vi phạm tội xảy ra là không có căn cứ. Vì vậy, Viện trưởng VKSND TPHCM đã kháng nghị một phần bản án sơ thẩm của TAND TPHCM về phần xác định thời điểm thất thoát tài sản Nhà nước trong vụ án.
Đồng thời, VKSND TPHCM đề nghị TAND cấp cao tại TPHCM xét xử phúc thẩm vụ án theo hướng xác định thời điểm thất thoát tài sản Nhà nước trong vụ án thực tế là số tiền Nhà nước bị thất thoát cho đến khi được ngăn chặn (tức thời điểm Cơ quan An ninh điều tra Công an TPHCM ra quyết định khởi tố vụ án).
Vụ án bán rẻ đất công gây thất thoát đặc biệt nghiêm trọng xảy ra tại Công ty Tân Thuận hồ sơ vụ án thể hiện Công ty Tân Thuận có vốn nhà nước. Tháng 11-2000, công ty này được UBND huyện Nhà Bè giao nhiệm vụ đầu tư xây dựng dự án Phước Kiển (xã Phước Kiển) và được Văn phòng Thành ủy chấp thuận chủ trương đầu tư.
Tháng 8-2016, Công ty Quốc Cường Gia Lai có văn bản đề nghị hợp tác đầu tư với tỉ lệ 75:25, hoặc xin nhận chuyển nhượng 100% dự án. Ông Tất Thành Cang và các đồng phạm là những người giữ vị trí lãnh đạo chủ chốt của Thành ủy TPHCM và Công ty xây dựng Tân Thuận. Các bị can đều là những người có trình độ chuyên môn, có hiểu biết và và kinh nghiệm trong lĩnh vực công tác được phân công đảm nhiệm, được giao trực tiếp quản lý tài sản Nhà nước, thực hiện quy định về quyền và nghĩa vụ của Cơ quan đại diện chủ sở hữu tài sản Nhà nước đối với các dự án Phước Kiến, dự án Khu dân cư Ven Sông của Công ty xây dựng Tân Thuận.
Tuy nhiên, vì những động cơ, mục đích khác nhau, bị can Tất Thành Cang, Trần Công Thiện và các đồng phạm đã cố ý thực hiện những hành vi vi phạm các quy định của pháp luật về quản lý, sử dụng vốn Nhà nước đầu tư vào sản xuất kinh doanh tại doanh nghiệp, pháp luật về kinh doanh bất động sản, pháp luật về đất đai và Luật Doanh nghiệp; thực hiện các thủ tục chuyển nhượng phần đất đã đền bù tại dự án khu dân cư Phước Kiển và dự án khu dân cư Ven Sông là tài sản Nhà nước do Công ty Tân Thuận quản lý sang Công ty Quốc Cường Gia Lai mà không thẩm định giá và không đưa ra đấu giá, trái quy định của pháp luật.
Theo đó, Thiện với tư cách Tổng giám đốc Công ty Tân Thuận đã chỉ đạo cấp dưới thuê Công ty Kiểm toán và dịch vụ tin học TPHCM ban hành chứng thư thẩm định giá xác định diện tích 32 ha đất tại dự án trên có giá bình quân là 1,05 triệu đồng/m2. Hội đồng xây dựng giá bất động sản kinh doanh của Công ty Tân Thuận họp và chỉ căn cứ duy nhất vào giá trong chứng thư thẩm định giá để xây dựng đơn giá chuyển nhượng là 1,25 triệu đồng/m2.
Tháng 6-2017, Công ty Tân Thuận đã chuyển nhượng 32 ha đất Phước Kiển cho Công ty Quốc Cường Gia Lai với giá 1,29 triệu đồng/m2. Công ty Tân Thuận nhận của Quốc Cường Gia Lai 374 tỉ đồng cùng tiền thuế VAT là 23 tỉ đồng. Sau khi vụ việc vỡ lở, hợp đồng bị hủy bỏ, Công ty Tân Thuận đã trả lại cho Công ty Quốc Cường Gia Lai cả tiền chuyển nhượng, tiền thuế VAT, thêm tiền lãi suất là 21 tỉ đồng. Cáo trạng xác định số tiền Nhà nước thiệt hại ở dự án này là 202,6 tỉ đồng.
Cũng chiêu thức này, tháng 11-2017, Công ty Tân Thuận đã chuyển nhượng toàn bộ 32.967 m2 đất thuộc khu 4 dự án khu dân cư Ven Sông cho Công ty Quốc Cường Gia Lai với giá 20 triệu đồng/m², gây thiệt hại cho Nhà nước hơn 532,6 tỉ đồng.
Trong đó, cáo trạng xác định Trần Công Thiện có vai trò chủ mưu, xuyên suốt toàn bộ các hành vi phạm tội. Với chức vụ Tổng Giám đốc Công ty xây dựng Tân Thuận, bị can có trách nhiệm quản lý toàn bộ tài sản của Công ty xây dựng Tân Thuận, bảo toàn vốn Nhà nước thuộc Cơ quan đại diện chủ sở hữu là TPHCM.
Nhưng bị can Thiện đã lợi dụng chức vụ, quyền hạn là Tổng Giám đốc để thực hiện và chỉ đạo cán bộ trong công ty thực hiện các hành vi trái pháp luật. Cụ thể, bị can Thiện đã chỉ đạo cán bộ cấp dưới hoàn thiện các thủ tục để chuyển nhượng dự án; ký văn bản đề nghị TPHCM chấp thuận chuyển nhượng toàn bộ phần diện tích đã đền bù tại dự án khu dân cư Phước Kiển, một phần dự án khu dân cư Ven Sông; ký hợp đồng và các văn bản khác hoàn tất việc chuyển nhượng 2 dự án này, gây thiệt hại cho Nhà nước theo VKS xác định là 735 tỷ đồng.
Bị can Tất Thành Cang có bút phê "đồng ý” vào Tờ trình số 1206 ngày 25/5/2015 của Văn phòng Thành ủy về xin chủ trương cho Công ty xây dựng Tân Thuận chuyển nhượng phần đất đã đền bù, công trình đã đầu tư tại dự án khu dân cư Phước Kiển với giá chuyển nhượng là 1.290.000 đồng/m2 mà không báo cáo Ban Thường vụ Thành ủy quyết định, vi phạm hàng loạt quy định của pháp luật.
Trong vụ án này, Cơ quan An ninh điều tra Công an TPHCM đã ra Quyết định tách hành vi và tài liệu liên quan để tiếp tục điều tra, làm rõ trách nhiệm của các cá nhân thuộc UBND TPHCM trong việc ban hành Quyết định 6171 ngày 23/11/2017 cho phép Công ty xây dựng Tân Thuận chuyển nhượng một phần dự án khu dân cư Ven Sông sang Công ty Quốc Cường Gia Lai và trách nhiệm của Công ty Quốc Cường Gia Lai trong việc nhận chuyển nhượng các dự án Phước Kiển và dự án Khu dân cư Ven Sông.
Quá trình xét xử sơ thẩm, HĐXX cho rằng cách tính thiệt hại của cáo trạng là chưa phù hợp với quy định pháp luật cũng như chưa đảm bảo việc xem xét vụ án một cách đầy đủ, toàn diện, chưa xem xét giá trị các khoản hợp tác giữa hai bên có khoản góp vốn đã thực hiện từ rất lâu và được thực hiện trong nhiều giai đoạn khác nhau, chưa xem xét việc chuyển nhượng dự án trên cơ sở Công ty Tân Thuận không đủ khả năng tiếp tục thực hiện dự án…
HĐXX cấp sơ thẩm xác định số tiền thất thoát của vụ án, cụ thể đối với dự án khu dân cư Ven Sông là 52,5 tỉ đồng, dự án khu dân cư Phước Kiển là 154,8 tỉ đồng. Tổng thất thoát ở 2 dự án là 207,4 tỉ đồng.
Trong vụ án này, ngày 19-10 bản án sơ thẩm tuyên ông Tất Thành Cang mức án 6 năm tù cộng với án cũ 8 năm 6 tháng tù, tổng hợp ông Cang phải chịu mức án 14 năm 6 tháng tù; Trần Công Thiện 13 năm tù, cộng với án cũ 13 năm tù, tổng hợp Thiện phải chịu mức án 26 năm tù, các bị cáo còn lại chịu mức án từ 3 năm đến 11 năm tù.