Ba bị can khác, trong đó có hai người là cấp dưới của Nguyễn Đức Chung bị truy tố cùng tội danh gồm: Nguyễn Anh Ngọc (46 tuổi, công tác tại Phòng Thư ký biên tập, Tổ giúp việc UBND TP.Hà Nội); Nguyễn Hoàng Trung (37 tuổi, lái xe của ông Nguyễn Đức Chung, đồng thời là chuyên viên Phòng Thư ký biên tập, Văn phòng UBND TP.Hà Nội) và Phạm Quang Dũng (37 tuổi, cán bộ Công an, Cục Cảnh sát điều tra tội phạm về tham nhũng, kinh tế, buôn lậu - C03, Bộ Công an; là người được trưng dụng tham gia hỗ trợ điều tra vụ án Công ty Nhật Cường).
Theo cáo trạng, ngày 14/5/2019, Bộ Công an khởi tố, điều tra vụ án xảy ra tại Công ty Trách nhiệm hữu hạn thương mại và dịch vụ Nhật Cường (Công ty Nhật Cường) và một số đơn vị liên quan.
Thời điểm đó, Cơ quan điều tra xác định ông Nguyễn Đức Chung và vợ là bà Nguyễn Thị Trúc Chi Hoa là người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan. Ông Nguyễn Đức Chung đã liên hệ và đề nghị Phạm Quang Dũng, cán bộ của C03 cung cấp tài liệu, thông tin về vụ án.
Trong khoảng thời gian từ tháng 7/2019 đến tháng 6/2020, thực hiện đề nghị của Nguyễn Đức Chung, Phạm Quang Dũng đã 5 lần chiếm đoạt 9 tài liệu thuộc danh mục bí mật nhà nước độ "Mật" liên quan đến vụ án Công ty Nhật Cường; trong đó đã chuyển cho Nguyễn Đức Chung 2 lần gồm 6 tài liệu thuộc danh mục bí mật nhà nước độ "Mật". Nguyễn Hoàng Trung và Nguyễn Anh Ngọc tham gia một lần in, chỉnh sửa 3 tài liệu "Mật" cho Nguyễn Đức Chung.
Viện Kiểm sát xác định đủ căn cứ để quyết định truy tố các bị can ra trước Tòa án nhân dân TP.Hà Nội để xét xử về tội "chiếm đoạt tài liệu bí mật nhà nước" theo quy định tại Điều 337 Bộ luật Hình sự.
Cũng theo cáo trạng, quá trình điều tra các bị can đã thừa nhận, khai báo hành vi phạm tội, ăn năn hối cải. Cáo trạng xác định, về tình tiết giảm nhẹ, bị can Nguyễn Đức Chung trong thời gian công tác nhiều lần được các cấp khen thưởng vì có thành tích xuất sắc, được phong tặng danh hiệu Anh hùng Lực lượng vũ trang nhân dân, có tiền sử bị bệnh ung thư, phạm tội lần đầu, được áp dụng tình tiết giảm nhẹ trách nhiệm hình sự quy định tại các điểm s,v,x khoản 1 và khoản 2 Điều 51 Bộ luật Hình sự.
Đối với trách nhiệm của một số CBCS thuộc Cục Cảnh sát điều tra tội phạm về tham nhũng, kinh tế, buôn lậu, Bộ Công an trong việc quản lý tài liệu, vật chứng, kết quả điều tra cho thấy không có căn cứ xác định một số CBCS của Cục C03 liên quan đến hành vi chiếm đoạt tài liệu vụ án Công ty Nhật Cường của Phạm Quang Dũng, nhưng có thiếu sót, sơ hở trong việc quản lý tài liệu bí mật nhà nước, vật chứng. Cơ quan An ninh điều tra, Bộ Công an sẽ có kiến nghị để xem xét, xử lý phòng ngừa theo quy định.
Lén vào phòng cấp trên chụp tài liệu chuyển cho Nguyễn Đức Chung
Để nắm thông tin, tài liệu về quá trình điều tra vụ án, Nguyễn Đức Chung đã thông qua ông Phan Huy Lệ (Chủ tịch Hội đồng thành viên, Tổng giám đốc Công ty Trách nhiệm hữu hạn Hà Thành) giới thiệu, làm quen với Phạm Quang Dũng.
Ngày 16/6/2019, Nguyễn Đức Chung đặt vấn đề và sau đó được Dũng đồng ý thu thập, cung cấp thông tin, tài liệu về kết quả điều tra vụ Nhật Cường.
Theo kết luận điều tra, Phạm Quang Dũng đã đánh trộm chìa khóa phòng làm việc của cấp trên. Từ đầu tháng 8/2019 đến đầu tháng 3/2020, Dũng đã 5 lần lẻn vào phòng làm việc riêng của chỉ huy, rồi dùng điện thoại lén chụp nhiều tài liệu điều tra.
Cơ quan chức năng xác định những tài liệu bị Phạm Quang Dũng chụp trộm, gồm: Báo cáo kết quả trích xuất dữ liệu và thanh toán tiền hàng buôn lậu cho 16 nhà cung cấp của Công ty Nhật Cường; tài liệu báo cáo về tiến độ, kết quả, kế hoạch kết luận điều tra vụ án xảy ra tại Công ty Nhật Cường và báo cáo kết quả xác minh việc Công ty Nhật Cường cung cấp dịch vụ công cho TP.Hà Nội giai đoạn 2017- 2019. Sau đó, Phạm Quang Dũng đưa thông tin, tài liệu cho Nguyễn Đức Chung thông qua ứng dụng Viber và người trung gian.
Tài liệu điều tra cũng cho thấy, cơ quan chức năng chưa có điều kiện làm rõ bản chất của việc Phạm Quang Dũng được Nguyễn Đức Chung cho 10.000 USD nên cơ quan điều tra đã tách hành vi nêu trên để xem xét, xử lý sau.
Hai bị can khác là Nguyễn Anh Ngọc (công tác tại Phòng Thư ký biên tập, tổ giúp việc UBND TP.Hà Nội), Nguyễn Hoàng Trung (chuyên viên Phòng Thư ký biên tập thuộc Văn phòng UBND TP.Hà Nội) bị cáo buộc nhận 3 tài liệu thuộc danh mục bí mật Nhà nước từ ông Nguyễn Đức Chung, sau đó, họ in ra giấy để chỉnh sửa, cắt phần chữ ký trang cuối của tài liệu mật.