Bảy bị cáo bị đưa ra xét xử trong vụ án này gồm: Nguyễn Đức Chung (sinh năm 1967, cựu Chủ tịch Ủy ban nhân dân thành phố Hà Nội), Nguyễn Văn Tứ (sinh năm 1965, nguyên Chánh Văn phòng Thành ủy Hà Nội, nguyên Giám đốc Sở Kế hoạch và Đầu tư thành phố Hà Nội), Phạm Thị Kim Tuyến (sinh năm 1971, nguyên Trưởng phòng Đăng ký kinh doanh, Sở Kế hoạch và Đầu tư thành phố Hà Nội);
Phạm Thị Thu Hường (sinh năm 1974, nguyên Chánh Văn phòng Sở Kế hoạch và Đầu tư thành phố Hà Nội), Lê Duy Tuấn (sinh năm 1978, Giám đốc kinh doanh Công ty Trách nhiệm hữu hạn đầu tư và phát triển Đông Kinh), Võ Việt Hùng (sinh năm 1976, nguyên Giám đốc Công ty Trách nhiệm Hữu hạn đầu tư và Phát triển Đông Kinh), Nguyễn Tiến Học (sinh năm 1958, nguyên Phó Giám đốc Sở Kế hoạch và Đầu tư thành phố Hà Nội).
Trong số đó, 6 bị cáo: Nguyễn Văn Tứ, Phạm Thị Kim Tuyến, Phạm Thị Thu Hường, Lê Duy Tuấn, Võ Việt Hùng, Nguyễn Tiến Học bị Viện Kiểm sát Nhân dân Tối cao truy tố về tội "Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng" theo quy định tại Điều 222, khoản 3-Bộ luật Hình sự năm 2015.
Bị cáo Nguyễn Đức Chung bị truy tố về tội "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ" quy định tại Điều 281, khoản 1-Bộ luật Hình sự năm 1999.
Theo cáo trạng của Viện Kiểm sát Nhân dân Tối cao, trong thời gian từ năm 2016 đến cuối năm 2018, Sở Kế hoạch và Đầu tư Hà Nội làm chủ đầu tư thực hiện 2 gói thầu "Số hóa hồ sơ đăng ký kinh doanh trên địa bàn thành phố Hà Nội" năm 2016, 2017, tương ứng với 2 hợp đồng kinh tế được ký kết với Liên danh Nhật Cường-Đông Kinh.
Trong quá trình tổ chức, thực hiện 2 gói thầu số hóa trên, Nguyễn Văn Tứ, Nguyễn Tiến Học, Phạm Thị Kim Tuyến và Phạm Thị Thu Hường đã thực hiện hành vi can thiệp trái pháp luật vào hoạt động đấu thầu.
Cụ thể, quá trình thực hiện gói thầu số hóa năm 2016, thực hiện ý kiến chỉ đạo của bị cáo Nguyễn Đức Chung, Nguyễn Văn Tứ đã tạm dừng thầu gói thầu số hóa năm 2016, chỉ đạo các bị cáo: Nguyễn Tiến Học, Phạm Thị Kim Tuyến, Phạm Thị Thu Hường tham mưu, ban hành Văn bản số 2109 ngày 16/5/2016, về việc tạm dừng công tác lựa chọn nhà thầu gói thầu số hóa năm 2016, trái với quy định của Luật Đấu thầu, và trái với quy định của Nghị định số 63/2014/NĐ-CP ngày 26/6/2014 của Chính phủ.
Sau khi tạm dừng gói thầu, bị cáo Tứ đã chỉ đạo cho Công ty Nhật Cường vào làm thí điểm, đưa thêm yêu cầu cập nhật công nghệ số hóa đã được thực hiện trong quá trình này (mặc dù kết quả thí điểm không đạt yêu cầu), thêm yêu cầu phải cập nhật hệ thống dữ liệu dùng chung thành phố trong khi thành phố chưa có hệ thống dùng chung để sửa đổi hồ sơ mời thầu, tạo lợi thế cho Công ty Nhật Cường (Liên danh Nhật Cường-Đông Kinh tham gia gói thầu) trúng thầu gói thầu số hóa năm 2016, vi phạm quy định về lập hồ sơ mời thầu.
Quá trình điều tra, bị cáo Nguyễn Văn Tứ thừa nhận hành vi nêu trên với mục đích là để thực hiện theo chỉ đạo của Nguyễn Đức Chung, đồng thời để Công ty Nhật Cường tham gia, trúng thầu vì qua giới thiệu của Chủ tịch Ủy ban Nhân dân thành phố, Công ty Nhật Cường là đối tác tin cậy, có mối quan hệ mật thiết với Ủy ban Nhân dân thành phố. Ngoài ra, quá trình thực hiện gói thầu, bị cáo Chung còn chỉ đạo cho chỉ định thầu nhưng bị cáo Tứ không đồng ý.
Nhằm thúc đẩy nhanh chóng thực hiện dự án, dịp Tết năm 2017, Bùi Quang Huy (Tổng Giám đốc Công ty Nhật Cường, hiện đang bỏ trốn) đã đến phòng làm việc của bị cáo Tứ chúc Tết một chai rượu ngoại và 300 triệu đồng. Đồng thời, bị cáo Lê Duy Tuấn (đại diện Liên danh Nhật Cường-Đông Kinh) cũng đến chúc Tết bị cáo Nguyễn Tiến Học 100 triệu đồng, chúc Tết bị cáo Tuyến 30 triệu đồng...
Đối với bị cáo Nguyễn Đức Chung, mặc dù gói thầu số hóa năm 2016 do Sở Kế hoạch và Đầu tư thành phố Hà Nội làm chủ đầu tư và người có thẩm quyền đối với gói thầu là Giám đốc Sở, nhưng bị cáo Chung (với vai trò là Chủ tịch Ủy ban Nhân dân thành phố Hà Nội) đã chỉ đạo đình chỉ, dừng thực hiện gói thầu số hóa năm 2016 trái quy định của pháp luật.
Sau khi dừng thầu, bị cáo Chung đã yêu cầu Sở Kế hoạch và Đầu tư thành phố Hà Nội lựa chọn công nghệ số hóa cơ sở dữ liệu doanh nghiệp đảm bảo tích hợp với hệ thống dùng chung của thành phố trong khi thành phố chưa hình thành cơ sở hệ thống dữ liệu dùng chung và cho Công ty Nhật Cường thí điểm số hóa để cho Công ty Nhật Cường tham gia đấu thầu và trúng thầu.
