Công ty Tân Hải do ông Nguyễn Xuân Phượng làm Giám đốc, được UBND tỉnh Thanh Hóa cấp giấy phép khai thác khoáng sản và thuê đất khai thác đá vôi làm vật liệu xây dựng thông thường, với diện tích mỏ là 30.480m2, trữ lượng khai thác 355,200m3, công suất khai thác 12.000m3/năm, thời hạn khai thác 30 năm.
Quá trình khai thác, do nhu cầu mở rộng mỏ nên, Công ty Tân Hải có văn bản đề nghị UBND tỉnh Thanh Hóa cấp phép. UBND tỉnh này cấp giấy phép thăm dò khoáng sản, cho phép Công ty Tân Hải thăm dò khoáng sản trên diện tích 2,76ha tại hang Lòn, xã Hà Tân.
Sau khi thăm dò trữ lượng khoáng sản, mặc dù chưa được UBND tỉnh chấp thuận chủ trương đầu tư dự án khai thác mở rộng, nhưng Công ty Tân Hải vẫn tổ chức khai thác đá tại khu vực này.
Trong quá trình khai thác mỏ, ông Nguyễn Xuân Phượng đã chỉ đạo con trai là Nguyễn Minh Hải chỉ huy nổ mìn cùng với công nhân khai thác đá vôi tại khu mỏ mở rộng chưa được cấp phép với tổng khối lượng 480.617m3, trị giá khoảng sản hơn 33 tỷ đồng.
Trước đó, Nguyễn Minh Hải (con trai ông Phượng) cũng đã bị khởi tố và áp dụng biện pháp cấm đi khỏi nơi cư trú cùng tội danh trên.