Tập đoàn Vạn Thịnh Phát gồm một tập hợp các Công ty con, Công ty liên kết. Để có nguồn vốn lớn phục vụ hoạt động của hệ thống Công ty trên cũng như việc liên tục đầu tư, mua các dự án bất động sản, Trương Mỹ Lan đã tìm cách thâu tóm, chi phối, điều hành toàn bộ các hoạt động của Ngân hàng SCB, trong đó có hoạt động cho vay. Từ trước thời điểm hợp nhất, Trương Mỹ Lan đã sở hữu phần lớn cổ phần của 3 ngân hàng. Sau khi hợp nhất, Trương Mỹ Lan tiếp tục nhờ 73 cổ đông đứng tên sở hữu trên 85% cổ phần của SCB, đồng thời tiếp tục mua và sử dụng cá nhân đứng tên cổ phần SCB để tăng tỷ lệ sở hữu cổ phần tại ngân hàng này lên hơn 91% vào ngày 01/01/2018.
Bằng cách thâu tóm, nắm giữ cổ phần, chi phối, điều hành hoạt động ngân hàng thông qua các đối tượng chủ chốt, Trương Mỹ Lan đã sử dụng SCB như một công cụ tài chính, huy động tiền gửi và vốn từ các nguồn khác, sau đó chỉ đạo rút tiền bằng cách tạo lập các khoản vay khống, phục vụ cho mục đích cá nhân. Để rút được tiền, Trương Mỹ Lan đã điều hành, chỉ đạo các cá nhân thân tín, giữ vai trò chủ chốt tại SCB và Tập đoàn Vạn Thịnh Phát tổ chức thành lập nhiều bộ phận, đơn vị, công ty, thuê và sử dụng hàng nghìn cá nhân, câu kết chặt chẽ với nhau, thông đồng với các Công ty Thẩm định giá, triển khai rút tiền.
Viện Kiểm sát Nhân dân Tối cao xác định, Trương Mỹ Lan đã chỉ đạo thành lập, sử dụng các công ty "ma", thuê hoặc nhờ các cá nhân để đứng tên hồ sơ vay, cổ phần, tài sản đảm bảo, ký hợp thức chứng từ rút, nộp tiền để tạo lập hồ sơ vay vốn khống, rút tiền của SCB. Kết quả điều tra xác định, có 875 khách hàng gồm 440 cá nhân, 435 pháp nhân đứng tên 1.284 khoản vay, được Trương Mỹ Lan chỉ đạo nhóm đối tượng tại Tập đoàn Vạn Thịnh Phát thành lập, thuê hoặc nhờ người đứng tên. Ngoài ra, Trương Mỹ Lan bị Viện Kiểm sát xác định đã thông đồng, câu kết với Công ty Thẩm định giá để cấp Chứng thư nâng khống giá trị tài sản bảo đảm, đưa vào hồ sơ vay vốn; đưa tài sản đảm bảo không đủ pháp lý; không đăng ký giao dịch bảo đảm; rút tài sản có giá trị lớn hoán đổi bằng tài sản có giá trị thấp hơn...
Kết quả điều tra xác định: SCB thuê 19 Công ty thẩm định giá/46 đối tượng là Giám đốc, Phó giám đốc, Thẩm định viên, nhân viên thực hiện phát hành tham gia phát hành 378 chứng thư có liên quan đến các khoản vay còn dư nợ của nhóm Trương Mỹ Lan. Để hợp thức hồ sơ, rút được tiền, Trương Mỹ Lan và các đồng phạm đã dùng nhiều tài sản chưa đủ điều kiện pháp lý, nâng khống giá để đưa vào làm tài sản bảo đảm cho các khoản vay.
Khi cần rút các tài sản có pháp lý, có giá trị để bán hoặc sử dụng cho các mục đích khác, Trương Mỹ Lan chỉ đạo các đồng phạm thực hiện việc hoán đổi, rút các tài sản đảm bảo có giá trị ra khỏi SCB, thay thế bằng các tài sản khác, hầu hết có giá trị thấp hơn tài sản đã rút ra. Để dễ dàng hoán đổi tài sản bảo đảm, Trương Mỹ Lan và các đồng phạm tại SCB không thực hiện việc đăng ký giao dịch bảo đảm theo quy định hoặc biến tướng thành "Quyền tài sản" để tránh việc đăng ký giao dịch bảo đảm.
Để hợp thức việc rút tiền đã được SCB giải ngân theo phương án khống, cắt đứt, che giấu dòng tiền, tránh sự phát hiện, xử lý của các cơ quan chức năng, Trương Mỹ Lan chỉ đạo cán bộ dưới quyền lập phương án thực hiện việc "giải quỹ” bằng việc lập hợp đồng hứa chuyển nhượng cổ phần khống để sử dụng tiền mà không bị các cơ quan chức năng kiểm tra, xử lý, đồng thời né tránh việc phải nộp thuế theo quy định của pháp luật; đồng thời cho các cá nhân được thuê đứng tên người thụ hưởng khoản vay, đứng tên cổ phần... đến Ngân hàng ký chứng từ rút, nộp tiền.
Khi các khoản vay khống quá hạn, phải hạch toán nợ xấu nhóm 5, trong khi tỷ lệ tăng trưởng tín dụng bị hạn chế theo quy định của Ngân hàng Nhà nước, Trương Mỹ Lan không trả nợ mà còn chỉ đạo đồng phạm thực hiện thủ đoạn bán nợ xấu cho Công ty Quản lý tài sản (VAMC) và bán nợ trả chậm cho chính các công ty "ma" do nhóm Vạn Thịnh Phát thành lập để che giấu một phần số nợ xấu, không phải hạch toán lãi, giảm dư nợ tín dụng nhằm tiếp tục chiếm đoạt tiền của SCB.
Kết quả điều tra xác định trong giai đoạn từ ngày 01/01/2012 - 07/10/2022, Trương Mỹ Lan và đồng phạm đã chỉ đạo các đối tượng tại SCB bán nợ xấu cho VAMC, bán nợ các khoản cấp tín dụng trả chậm, cấn trừ nợ 269 khoản vay của 216 khách hàng.
Nhằm che giấu hành vi phạm tội khi bị thanh tra, kiểm tra, Trương Mỹ Lan đã chỉ đạo các cán bộ chủ chốt của SCB mua chuộc cán bộ, lãnh đạo Cơ quan Thanh tra Giám sát ngân hàng, Lãnh đạo Ngân hàng Nhà nước Chi nhánh TPHCM, Tổ trưởng Tổ giám sát tăng cường tại SCB để các cá nhân có thẩm quyền trên bưng bít, che giấu thông tin sai phạm, báo cáo kết quả thanh, kiểm tra không trung thực, không đầy đủ.
Ngoài ra, Trương Mỹ Lan đã chỉ đạo lãnh đạo chủ chốt của SCB thực hiện việc phân bổ các khoản vay của Trương Mỹ Lan ở một số chi nhánh chính (Sài Gòn, Cống Quỳnh, Phạm Ngọc Thạch, Bến Thành) sang một số chi nhánh khác (Đông Sài Gòn, Củ Chi, Tân Định...) để làm giảm mức độ chú ý của lực lượng chức năng.
Đặc biệt là giai đoạn 2017 - 2018, Đoàn thanh tra liên ngành tập trung thanh tra tại SCB Chi nhánh Phạm Ngọc Thạch do đã phát hiện dấu hiệu sai phạm. Để che giấu, đối phó, Trương Mỹ Lan đã chỉ đạo tất toán khoản vay tại chi nhánh này bằng việc tạo lập các khoản vay mới ở các chi nhánh SCB khác, sử dụng tiền giải ngân để tất toán các khoản vay tại Chi nhánh Phạm Ngọc Thạch.
Viện Kiểm sát Nhân dân Tối cao kết luận, trong vụ án này, Trương Mỹ Lan đã thâu tóm, nắm giữ trên thực tế số lượng cổ phần gần như tuyệt đối của Ngân hàng SCB (từ 85% đến 91,5% cổ phần), qua đó trở thành cổ đông có "quyền lực" để chỉ đạo, điều hành, thực chất là thao túng toàn bộ hoạt động phục vụ cho các mục đích của mình.