Về quản lý tài chính, kế toán, KTNN phát hiện Hancorp và các đơn vị thành viên đối chiếu, xác nhận nợ phải thu đến ngày 31-12-2019 chưa đầy đủ, tỉ lệ đối chiếu còn chưa cao. Trong đó, nợ phải thu khó đòi hơn 321,9 tỉ đồng, chiếm 12% tổng số nợ phải thu. Một số khoản nợ phải thu phát sinh từ các năm trước nhưng đến nay chưa thu hồi được, ảnh hưởng lớn đến hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp. Đơn cử như số nợ mà Hancorp phải thu của Công ty Thống Nhất 508 hơn 116,5 tỉ đồng, phát sinh từ năm 2010. Bên cạnh đó, một số khoản công nợ có đối chiếu nhưng chưa thống nhất về số liệu như: Công ty Tây Hồ (công ty con của Hancorp) trích lập dự phòng nợ phải thu khó đòi với mức trích lập chưa phù hợp với quy định của Bộ Tài chính, dẫn đến KTNN phải điều chỉnh tăng trích lập hơn 1,9 tỉ đồng.

Theo cơ quan kiểm toán, việc hạch toán, xác định, kê khai và nộp một số khoản thuế, khoản phải nộp khác vào ngân sách nhà nước năm 2019 còn chưa chính xác, dẫn đến sau kiểm toán phải điều chỉnh. Cụ thể, điều chỉnh hạch toán khoản phải nộp khác vào ngân sách nhà nước số tiền hơn 111,58 tỉ đồng (cổ tức được chia cho phần vốn nhà nước năm 2018 của Hancorp phải nộp ngân sách nhà nước - NSNN), tăng thuế và các khoản phải nộp khác vào NSNN số tiền hơn 25,83 tỉ đồng, trong đó có thuế GTGT, thuế thu nhập doanh nghiệp…

Về quản lý, sử dụng đất, KTNN chỉ ra những sai phạm trong dự án khu đoàn ngoại giao (quận Tây Hồ). Cụ thể, đến thời điểm kiểm toán, Hancorp chưa ký hợp đồng thuê và chưa nộp tiền thuê đất vào ngân sách đối với các lô đất thuê, gồm các lô CC2, CC3, CC4, CC5, CC5A, từ lô QT1 đến QT6, lô P1, P2. Nguyên nhân là do các cơ quan liên ngành đang phối hợp xác định giá cho thuê trình cấp có thẩm quyền phê duyệt. Đối với dự án Tổ hợp nhà ở đa năng Làng Quốc tế Thăng Long (quận Cầu Giấy, TP Hà Nội), Hancorp chưa bàn giao kịp thời khu TDTT với diện tích hơn 6.102 m2 và khu đất nhà trẻ với diện tích 408,2 m2 cho UBND TP Hà Nội theo chỉ đạo của Thủ tướng. Theo báo cáo của Hancorp, đơn vị này đang phối hợp với các cơ quan của UBND TP Hà Nội để tiến hành các thủ tục bàn giao các khu đất này.

Với dự án nhà ở kinh doanh kết hợp dịch vụ thương mại 2.6 Lê Văn Lương, Công ty Xây dựng số 1 (thuộc Hancorp) tự ý chuyển đổi mục đích sử dụng 2 tầng kỹ thuật thành tầng kinh doanh thương mại sai thiết kế, quy hoạch, buộc phải nộp bổ sung tiền sử dụng đất 10,8 tỉ đồng. Ngoài ra, dự án khu đô thị mới Quế Võ (Bắc Ninh), Công ty Tây Hồ chưa thực hiện nghĩa vụ tiền sử dụng đất đối với 9,9 ha đất nhiều năm qua. Hancorp hợp tác kinh doanh trên lô đất 5.000 m2, quận Hà Đông, TP Hà Nội từ năm 2001 nhưng chưa nộp tiền sử dụng đất.

Theo cơ quan kiểm toán, trong quá trình thực hiện đầu tư xây dựng tại các dự án nhà ở cao tầng N01-T8, khu nhà ở công vụ và thương mại N04.A, khu biệt thự thuộc đoàn ngoại giao, chủ đầu tư, các ban quản lý dự án và đơn vị liên quan cơ bản tuân thủ các quy định. Tuy nhiên, còn tồn tại một số sai phạm như lập tổng mức đầu tư dự án sai làm tăng vốn đầu tư, thiếu hồ sơ nghiệm thu, hồ sơ quản lý chất lượng công trình, bảng chấm công, chứng từ chi trả lương. Cơ quan kiểm toán phát hiện chênh lệch chi phí đầu tư các dự án hơn 61 tỉ đồng, trong đó tính sai khối lượng 10,5 tỉ đồng, áp sai đơn giá 2,5 tỉ đồng, sai khác gần 48 tỉ đồng.