Ngày 16/12/2020, Cơ quan An ninh điều tra Công an Tp.HCM đã ra Quyết định khởi tố vụ án, khởi tố bị can và khám xét nơi ở, nơi làm việc đối với ông Diệp Dũng, nguyên Chủ tịch Hội đồng quản trị Liên hiệp Hợp tác xã Thương mại thành phố (Saigon Co.op) về tội "Lạm quyền trong khi thi hành công vụ" và thi hành Lệnh bắt bị can để tạm giam.

Theo Cơ quan An ninh điều tra Công an Tp. HCM, các quyết định, lệnh trên được thực hiện sau quá trình xác minh giải quyết nguồn tin về tội phạm theo Kết luận của Thanh tra Tp.HCM về việc chấp hành quy định pháp luật tại Saigon Co.op.

Quá trình khám xét, Cơ quan An ninh điều tra Công an Tp. HCM đã thu giữ một số tài liệu phục vụ công tác điều tra. Các quyết định, lệnh của Cơ quan điều tra đã được Viện Kiểm sát nhân dân Tp. HCM phê chuẩn.

Cuối tháng 7/2020, ông Diệp Dũng đã bị Ban Thường vụ Thành ủy Tp. HCM ra quyết định đình chỉ sinh hoạt cấp ủy, đình chỉ các vai trò Ban Chấp hành, Ban Thường vụ và Bí thư Đảng ủy tại Đảng bộ Saigon Co.op.

Sau đó, ông Diệp Dũng được điều động đến nhận công tác tại Đảng bộ Công ty Đầu tư Tài chính nhà nước Tp. HCM (HFIC). Đến tháng 11/2020, ông Diệp Dũng tiếp tục được điều động đến nhận nhiệm vụ mới tại Công ty TNHH MTV Xổ sổ kiến thiết Tp. HCM.

Ủy ban Kiểm tra Thành ủy xác định ông Diệp Dũng đã tổ chức chỉ đạo huy động tăng vốn trái pháp luật, tổ chức đại hội thường niên trái pháp luật, thực hiện công tác cán bộ trái quy định của Đảng và không trung thực với tổ chức khi có yêu cầu báo cáo.

Ngày 27/7/2020, Thanh tra Tp.HCM đã công bố kết luận thanh tra về các sai phạm tại Saigon Co.op. Tháng 8/2015, ông Diệp Dũng được bầu làm Chủ tịch Hội đồng quản trị của Saigon Co.op. Đến cuối năm 2019, vốn hình thành từ lợi nhuận tích lũy (lợi nhuận không chia) của Saigon Co.op gần 3.200 tỉ đồng. Đầu năm 2020, Saigon Co.op quyết định tăng vốn điều lệ lên gần 6.800 tỉ đồng (tăng hơn gấp đôi).

Tuy nhiên có nhiều dấu hiệu bất thường trong việc tăng vốn từ các hợp tác xã thành viên.

Cụ thể, hợp tác xã thương mại dịch vụ Linh Tây báo lỗ gần 49 triệu đồng nhưng số vốn góp đến hơn 950 tỉ đồng, hợp tác xã thương mại Đô Thành lỗ hơn 721 triệu đồng nhưng góp gần 250 tỉ đồng, hợp tác xã thương mại Thị Nghè lỗ hơn 163 triệu đồng nhưng góp gần 245 tỉ đồng...

Thanh tra Tp. HCM xác định có 20/26 hợp tác xã thành viên có góp vốn nhưng không hợp tác xã nào cung cấp được cho đoàn thanh tra các hồ sơ góp vốn. Lợi nhuận sau thuế của Saigon Co.op được duy trì ổn định qua các năm, dao động 800 - 1.500 tỉ đồng, tỉ suất lợi nhuận tại Saigon Co.op đạt đến 26 - 39% trên vốn góp.

Thanh tra Tp. HCM kết luận, có nhiều cá nhân, tổ chức bên ngoài, không phải là xã viên hợp tác xã thành viên nhưng "núp bóng" để đưa vốn vào Saigon Co.op. Hội đồng quản trị Saigon Co.op đã không thực hiện đầy đủ trách nhiệm, quyền hạn trong việc kiểm tra nguồn vốn huy động từ các hợp tác xã thành viên.

Kết luận của thanh tra chỉ rõ việc tăng vốn điều lệ tại Saigon Co.op không đúng quy định pháp luật, có dấu hiệu thâu tóm, chiếm đoạt vốn, xâm phạm đến quyền sở hữu tài sản chung và tài sản nhà nước, ảnh hưởng đến an ninh kinh tế của Tp. HCM nói riêng và cả nước nói chung; có dấu hiệu phạm pháp hình sự.