Trong kết luận, Thanh tra TP.Hà Nội đã chỉ ra một số tồn tại, hạn chế. Cụ thể, đối với việc giám sát, sử dụng các nhà thầu phụ tham gia thực hiện tại Dự án Đầu tư xây dựng metro Nhổn - ga Hà Nội (gói thầu CP-01, CP-02) thì tại thời điểm điều chỉnh giá 2 gói thầu, chủ đầu tư chưa thực hiện việc lập dự toán điều chỉnh theo phương pháp bù trừ trực tiếp, hệ số điều chỉnh hoặc phương pháp điều chỉnh bằng chỉ số giá xây dựng theo quy định. Từ đó dẫn tới việc thanh toán, quyết toán gói thầu CP-01, CP-02 chưa chính xác.
Ngoài ra, việc ký hợp đồng với nhà thầu khi chưa giải phóng mặt theo đúng tiến độ, chưa xác định được kế hoạch bàn giao mặt bằng, di chuyển chướng ngại vật nhưng không thương thảo để điều chỉnh kế hoạch bàn giao mặt bằng (gói thầu CP-01, CP-02, CP-03).
Bên cạnh đó, tiến độ thời gian giải phóng mặt bằng còn chậm. Cụ thể, UBND Q.Đống Đa (Hà Nội) ban hành thông báo thu hồi đất năm 2012 và bàn giao mặt bằng (ga S10, S11) từ năm 2016 - 2022 mới xong (việc chậm chủ yếu ở giai đoạn 2016 - 2020). UBND Q.Hoàn Kiếm (Hà Nội) ban hành thông báo thu hồi đất năm 2013 và bàn giao mặt bằng (ga S12) từ năm 2017 - 2019 mới xong. UBND Q.Ba Đình ban hành thông báo thu hồi đất năm 2013 và bàn giao mặt bằng (ga S9) từ năm 2016 - 2022 mới xong. Như vậy, các địa phương đã chưa thực hiện đúng về thời gian theo quy định theo luật Đất đai năm 2013 và luật Xây dựng số 50/2014/QH132; chưa thực hiện đúng tiến độ giải phóng mặt bằng theo chỉ đạo của UBND TP.Hà Nội.
Đồng thời, công tác di chuyển công trình hạ tầng kỹ thuật của dự án vẫn chưa thực hiện xong dẫn đến dự án metro Nhổn - ga Hà Nội bị kéo dài...
Thanh tra thành phố kiến nghị UBND TP.Hà Nội giao Sở Nội vụ xem xét trách nhiệm của các tổ chức và cá nhân để xảy ra các tồn tại nêu tại phần kết luận, tham mưu UBND thành phố xử lý theo quy định.
Ngoài ra, kiến nghị UBND TP.Hà Nội chỉ đạo Ban Quản lý đường sắt đô thị Hà Nội (MRB) tổ chức kiểm tra rà soát lại các đơn giá áp dụng trong việc lập, thẩm định phê duyệt dự toán ban đầu đối với gói thầu số CP-01, CP-02 làm căn cứ để thực hiện việc điều chỉnh giá theo quy định đối với nhà thầu thực hiện gói thầu CP-01 và gói thầu CP-02, trên cơ sở kiểm tra, rà soát làm căn cứ để thanh toán, quyết toán với đơn vị thực hiện gói thầu CP-01 và gói thầu CP-02 được nêu tại phần 2 kết luận; khẩn trương thực hiện di chuyển các công trình hạ tầng kỹ thuật để bàn giao mặt bằng cho nhà thầu thực hiện dự án.
Dự án metro Nhổn - ga Hà Nội dài 12,5 km, đi qua 8 ga trên cao và 4 ga ngầm. Trong đó, đoạn trên cao (Nhổn - Cầu Giấy) dài 8,5 km và đoạn đi ngầm (Cầu Giấy - ga Hà Nội) dài 4 km. Tổng vốn đầu tư dự án hơn 34.800 tỉ đồng, tăng thêm hơn 1.900 tỉ đồng; trong đó vốn đối ứng ngân sách TP tăng gần 3.900 tỉ đồng, vốn vay ODA giảm gần 2.000 tỉ đồng.
Dự án được khởi công năm 2009, dự kiến hoàn thành năm 2015 nhưng đã nhiều lần điều chỉnh tiến độ. Dự kiến dịp 30.4 - 1.5 sắp tới, metro Nhổn - ga Hà Nội sẽ vận hành đoạn trên cao.