Trước đó, năm 2023, Viện Kiểm sát đã ra cáo trạng truy tố 9 bị can trong vụ án này và chuyển hồ sơ sang tòa án. Tuy nhiên, quá trình nghiên cứu hồ sơ, TAND TP.Hà Nội đã quyết định trả hồ sơ vụ án để điều tra bổ sung, xem xét trách nhiệm của một số cá nhân có liên quan.
Sau khi tiến hành điều tra bổ sung, VKS đã ra cáo trạng mới, truy tố thêm 2 bị can, nâng tổng số bị can trong vụ án này lên 11 người. Trong đó, 9 bị can gồm: Nguyễn Thị Loan, Nguyễn Quang Hưng (SN 1983, Phó Tổng giám đốc Công ty CP Đầu tư BĐS Thanh Trì, Phó Tổng Giám đốc Công ty CP Tập đoàn Dược phẩm Vimedimex), Tạ Thị Vân (SN 1979, Tổng Giám đốc Công ty CP đầu tư BĐS Bắc Từ Liêm), Nguyễn Xuân Đức (SN 1989, Phó Tổng giám đốc Công ty CP Đầu tư BĐS Mỹ Đình, Tổng Giám đốc Công ty CP Tập đoàn Dược phẩm Vimedimex 2), Nguyễn Thị Diệu Linh (SN 1982, Tổng Giám đốc Công ty CP Tư vấn Thẩm định Giá và Đầu tư Hà Nội - viết tắt là Công ty Vvai), Nguyễn Ngọc Thắng (SN 1978, Phó Tổng giám đốc Công ty Vvai), Nguyễn Đức Phương (SN 1991, Thẩm định viên Công ty Vvai), Trần Công Tuyên (SN 1982, Trưởng Phòng Quản lý Khai thác Hạ tầng và Giải phóng Mặt bằng, thuộc Ban Quản lý Dự án huyện Đông Anh - Hà Nội), Vương Thị Thu Thủy (SN 1983, chuyên viên Ban Quản lý Dự án huyện Đông Anh) bị truy tố về tội "Vi phạm quy định về hoạt động bán đấu giá tài sản".
Hai bị can mới bị truy tố là: Bùi Thanh Huyền (Phó Chi cục trưởng Chi cục Quản lý Đất đai, Sở Tài nguyên và Môi trường Hà Nội) và Nguyễn Thị Cẩm Lê (cán bộ Sở TN-MT Hà Nội) bị truy tố về tội "Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng".
Theo cáo trạng mới ban hành, quá trình định giá đất xác định giá khởi điểm làm cơ sở tổ chức đấu giá khu đất phía Đông Nam (thôn Cổ Dương, xã Tiên Dương, huyện Đông Anh), các bị can Nguyễn Diệu Linh, Nguyễn Ngọc Thắng, Nguyễn Đức Phương là thẩm định viên có chức năng, nhiệm vụ thẩm định giá theo đúng quy định của pháp luật. Tuy nhiên, trong quá trình định giá khu đất nói trên, các bị can đã không định giá khách quan mà theo đề nghị của Trần Công Tuyên và Vương Thị Thu Thủy, thống nhất cố ý hạ giá trị khu đất để ban hành chứng thư định giá đất không đúng với giá trị thực tế (gần 285 tỷ đồng tương đương 17,6 triệu đồng/m2). Việc này đã gây hậu quả làm sai lệnh giá khởi điểm đưa vào đấu giá, tạo điều kiện cho các công ty tham gia đấu giá của Nguyễn Thị Loan thông đồng dìm giá và trúng đấu giá với giá trị thấp, gây thiệt hại cho Nhà nước hơn 135 tỷ đồng.
Viện Kiểm sát cho rằng 2 bị can bị truy tố bổ sung là Bùi Thanh Huyền và Nguyễn Thị Cẩm Lê đã thiếu trách nhiệm trong quá trình kiểm tra, thẩm định chứng thư thẩm định giá của Công ty tư vấn, không phát hiện các phiếu khảo sát được lập từ tháng 8/2020, trước thời điểm được bốc thăm lựa chọn là đơn vị tư vấn thẩm định giá tại thời điểm 9/2020. Hai bị can này chấp thuận các tài liệu trong chứng thư thẩm định giá và kết quả thẩm định giá của Công ty Vvai với giá là 17,6 triệu đồng/m2, dẫn đến việc Hội đồng định giá của thành phố xác định giá khởi điểm thấp hơn nhiều giá trị thực.
Mặt khác, quá trình tham gia đấu giá khu đất phía Đông Nam, thôn Cổ Dương, Tiên Dương, Nguyễn Thị Loan còn dùng pháp nhân của 3 công ty đều do Loan điều hành hoạt động để tham gia đấu giá, thống nhất với các bị can khác bỏ giá các vòng với số tiền như nhau để được bốc thăm và công ty nào trúng đấu giá thì dự án vẫn thuộc của bị can Loan.
Liên quan đến vụ án, cáo trạng xác định ông Vũ Xuân Tùng (Chi Cục trưởng Chi cục Quản lý Đất đai - Sở TN-MT Hà Nội) biết các đơn vị ký hợp đồng tư vấn thẩm định giá với Sở TN-MT có trích lại 35% giá trị hợp đồng cho Chi cục Quản lý Đất đai. Tuy nhiên, ông Tùng đã không chấn chỉnh, ngăn chặn mà đồng ý cho cán bộ nhận số tiền trên để dùng vào mục đích chung của Chi cục.
Kết quả điều tra cho thấy không có tài liệu, chứng cứ chứng minh việc ông Vũ Xuân Tùng chỉ đạo các nhân viên yêu cầu các đơn vị tư vấn thẩm định giá phải trích lại 35%. Đồng thời, không có tài liệu, chứng cứ xác định việc ông Tùng bàn bạc thống nhất với công ty thẩm định giá và cá nhân, đơn vị khác hạ thấp giá trị lô đất trên. Do vậy, CQĐT không có căn cứ xử lý đối với ông Tùng. Căn cứ trên chứng thư thẩm định của Công ty Vvai và dự thảo tờ trình của Chi cục Quản lý Đất đai, ông Lê Tuấn Định (khi đó là Phó Giám đốc Sở TN-MT Hà Nội, nay là Chủ tịch UBND Q.Đống Đa, Hà Nội) đã ký tờ trình gửi Hội đồng Thẩm định giá đất cụ thể của thành phố về phương án xác định giá khởi điểm để đấu giá quyền sử dụng đất khu đấu giá Đông Nam, xã Tiên Dương, trong đó xác định đơn giá đất làm căn cứ xác định giá khởi điểm là 17,6 triệu đồng/m2.
Quá trình kiểm tra, không có căn cứ xác định ông Lê Tuấn Định được đơn vị tư vấn hay các cá nhân tham gia đấu giá nhờ tạo điều kiện hạ giá khởi điểm, không biết phiếu khảo sát của Công ty Vvai bị lập khống nên CQĐT không có căn cứ để xử lý ông Định trong vụ án này.