Theo Công an tỉnh Long An, từ ngày 6-9-2019 đến ngày 3-10-2019, Đoàn kiểm tra liên ngành 389 huyện Thạnh Hóa và đoàn Thanh tra của Chi cục Trồng trọt bảo vệ thực vật và quản lý chất lượng nông nghiệp tỉnh Long An phát hiện 285 bao phân bón (50 kg/bao) do Công ty Minh Phát sản xuất tại 6 hộ dân ở xã Tân Đông và xã Tân Tây, huyện Thạnh Hóa. Cụ thể, 50 bao NPK 20-20-15+TE sản xuất ngày 14-8-2018, 135 bao NPK 20-20-15+TE sản xuất ngày 15-8-2018, 50 bao NPK 20- 20-15+TE sản xuất ngày 20-9-2018 và 50 bao DAP 18-46-0 sản xuất ngày 15-5, 15-8 và 23-8-2019.
Cơ quan kiểm tra tiến hành thu mẫu và yêu cầu cơ quan chức năng phân tích tỷ lệ hàm lượng các chất trong phân bón. Trên cơ sở kết quả phân tích, Đoàn kiểm tra liên ngành 389 huyện Thạnh Hóa và Đoàn Thanh tra của Chi cục Trồng trọt bảo vệ thực vật và quản lý chất lượng nông nghiệp tỉnh Long An đối chiếu với quy chuẩn do Công ty Minh Phát công bố hợp quy. Qua đó, hai đơn vị này xác định 285 bao phân bón (khối lượng 14.250kg, giá theo hợp đồng là 170 triệu đồng) là giả vì có thành phần dưới 70%.
Ngày 22-10-2019, vụ việc được chuyển đến Cơ quan Cảnh sát điều tra - Công an huyện Thạnh Hóa để xác minh làm rõ (theo công văn số 155/CV-ĐKTLN, ngày 30-9-2019 của Đoàn kiểm tra liên ngành 389 huyện Thạnh Hóa). Cơ quan Cảnh sát điều tra - Công an huyện Thạnh Hóa tiến hành thụ lý giải quyết tin báo theo quy định của pháp luật. Kết quả xác minh xác định 285 bao phân bón nêu trên do Công ty Minh Phát bán cho HTX Thạnh Phú do ông Võ Văn Tiếp (SN 1962) là Chủ tịch Hội đồng quản trị kiêm Giám đốc. Tuy nhiên, mọi giao dịch của HTX Thạnh Phú do Võ Thu Mộng (con gái ông Tiếp) thực hiện. Sau khi nhận phân bón của Công ty Minh Phát, HTX Thạnh Phú đã giao hết số phân bón trên cho các tổ trưởng cánh đồng liên kết trong địa bàn huyện Thạnh Hóa để bàn giao cho người dân.
Do không đủ cơ sở xác định được ý thức của ông Võ Văn Tiếp và bà Võ Thu Mộng biết số lượng phân bón mua được của Công ty Minh Phát là giả nên Cơ quan Cảnh sát điều tra - Công an huyện Thạnh Hóa ra quyết định không khởi tố vụ án hình sự số 49 ngày 29-11-2019 về tội "buôn bán hàng giả” theo quy định tại Điều 195 Bộ luật Hình sự. Tuy nhiên, kết quả xác minh vụ việc xét thấy có dấu hiệu của tội "sản xuất hàng giả”, Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an huyện Thạnh Hóa đã chuyển toàn bộ hồ sơ và 285 bao phân đến Cơ quan Cảnh sát điều tra - Công an huyện Cần Giuộc để xác minh, làm rõ.
Ngày 13-1-2020, Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an huyện Cần Giuộc thụ lý kiến nghị khởi tố của Cơ quan Cảnh sát điều tra - Công an huyện Thạnh Hóa. Quá trình giải quyết, Liên ngành cơ quan điều tra - Viện kiểm sát nhân dân - Tòa án nhân dân huyện họp, đánh giá vụ việc trên đang gặp vướng mắc trong công tác giám định. Cụ thể, kết quả phân tích thử nghiệm do Đoàn kiểm tra liên ngành 389 huyện Thạnh Hóa và đoàn Thanh tra của Chi cục Trồng trọt bảo vệ thực vật và quản lý chất lượng nông nghiệp tỉnh Long An thu thập trong giai đoạn kiểm tra hành chính. Các cơ quan trên đối chiếu kết quả phân tích thử nghiệm với quy chuẩn do Công ty Minh Phát công bố để xác định phân bón giả. Tuy nhiên, đây không phải là kết luận tư pháp nên không được sử dụng làm căn cứ xử lý vụ việc. Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an huyện Cần Giuộc đã trưng cầu giám định theo trình tự thủ tục tố tụng hình sự nhưng đến nay chưa có kết quả (Phân viện Khoa học hình sự Bộ Công an tại TPHCM từ chối giám định).
Hiện Công an tỉnh đã chỉ đạo đơn vị nghiệp vụ phối hợp với Công an huyện Cần Giuộc đánh giá lại toàn bộ quá trình sản xuất, tiêu thụ phân bón của Công ty Minh Phát cũng như việc xác định cơ quan chuyên môn giám định chất lượng phân bón (tang vật) để đảm bảo việc xử lý vụ việc khách quan, đúng quy định của pháp luật.