Đồng thời, Cơ quan Cảnh sát điều tra, Bộ Công an đã chuyển hồ sơ vụ án sang Viện Kiểm sát nhân dân tối cao đề nghị truy tố các bị can: Trần Ngọc Hà (nguyên Chủ tịch Hội đồng quản trị, nguyên Tổng giám đốc VEAM); Lâm Chí Quang (nguyên Tổng giám đốc VEAM); Vũ Quang Tâm và Vũ Từ Công (đều là nguyên Phó Tổng giám đốc VEAM); Nguyễn Mạnh Chung (Giám đốc Công ty trách nhiệm hữu hạn Máy kéo nông nghiệp);…
Bị can Trần Ngọc Hà giữ chức vụ Tổng giám đốc VEAM từ 2015-2019, là người điều hành hoạt động hàng ngày của Tổng công ty.
Tuy nhiên, trong thời gian giữ chức vụ này, bị can Hà đã không thực hiện đúng các quyền và nghĩa vụ được giao, buông lỏng quản lý, quyết định những chủ trương, chiến lược hoạt động của VEAM không đúng các quy định pháp luật gây thất thoát tài sản Nhà nước.
Kết quả điều tra xác định các hành vi sai phạm của bị can Hà dẫn tới VEAM thất thoát tiền của Nhà nước tổng số hơn 135 tỷ đồng.
Từ năm 2007 đến 2013, VEAM đã có 6 lần bảo lãnh cho Vetranco vay tiền tại các ngân hàng, cho Vetranco vay tiền nhiều lần trái quy định để ký các hợp đồng kinh doanh mua bán hàng hóa.
Cụ thể, Tổng giám đốc của VEAM qua các thời kỳ (từ 2011-2013) đã không thực hiện theo quy trình có sự tham mưu của các bộ phận chuyên môn, ký 7 văn bản bảo lãnh thanh toán cho các hợp đồng tín dụng Vetranco vay tiền tại các ngân hàng.
Sau đó, Vetranco đã không trả được các khoản vay nên VEAM buộc phải dùng nguồn tiền của chính Tổng công ty trả các ngân hàng gần 76 tỷ đồng.
Bị can Trần Ngọc Hà đã có quyết định cá nhân về chủ trương phát triển sản phẩm xe ô tô tay lái bên phải để xuất khẩu sang Sri Lanka.
Bị can ủy quyền cho Vũ Quang Tâm (nguyên Phó Tổng giám đốc VEAM) thực hiện việc ký kết thỏa thuận với nội dung đầu tư chi phí nghiên cứu, phát triển sản phẩm mới mà không có nghị quyết của Hội đồng thành viên, không có quá trình khảo sát, đánh giá chuyên môn về thị trường và khả năng tiêu thụ sản phẩm, không nằm trong kế hoạch sản xuất kinh doanh đã được phê duyệt của Tổng công ty.
Bị can Hà là người trực tiếp ký kết biên bản ghi nhớ với đối tác, trực tiếp phê duyệt trái thẩm quyền tờ trình và ký lệnh chi, chuyển cho đối tác 200.000 USD.
Ông Hà bị cáo buộc phải chịu trách nhiệm chính về hành vi gây ra thiệt hại tài sản của Nhà nước.
Theo kết luận điều tra, hành vi của bị can Trần Ngọc Hà quyết định đầu tư số tiền 400.000 USD để phát triển sản phẩm mới (2 mẫu xe ôtô tay lái nghịch phục vụ xuất khẩu) mà không được Hội đồng thành viên VEAM phê duyệt là trái quy định pháp luật cũng như quy định của Tổng công ty. Bởi việc đầu tư phát triển 2 mẫu xe ôtô mới này phải phù hợp với chiến lược, kế hoạch đầu tư phát triển 5 năm và kế hoạch sản xuất kinh doanh hàng năm của VEAM.
Cơ quan điều tra xác định trách nhiệm để thất thoát số tiền gần 10 tỷ đồng đã đầu tư không có khả năng thu hồi trước hết thuộc về Tổng giám đốc VEAM Trần Ngọc Hà do đã quyết định vượt thẩm quyền.
Ngoài ra bị can Hà còn bị cáo buộc phê duyệt dự án đầu tư sản xuất máy kéo bốn bánh hạng trung và ký một số hợp đồng khác có nhiều sai phạm gây thất thoát hơn 56 tỷ đồng.
Cũng theo kết luận điều tra, từ các nguồn vốn vay của VEAM, vốn vay ngân hàng và vốn tự có, Vetranco đã lập các hợp đồng khống mua bán hàng hóa lòng vòng để chuyển tiền cho các doanh nghiệp vay trái quy định gây thiệt hại tài sản Nhà nước gần 183 tỷ đồng.