Nghị định quy định về tổ chức bộ máy và hoạt động của UBND TP Thủ Đức, chế độ trách nhiệm của chủ tịch UBND TP Thủ Đức. Cụ thể:

UBND TP Thủ Đức có 13 cơ quan chuyên môn trực thuộc gồm: Văn phòng HĐND và UBND; phòng Nội vụ; phòng Tư pháp; phòng Tài chính - kế hoạch; phòng Lao động - thương binh và xã hội; phòng Văn hóa và thông tin; phòng Quản lý đô thị; phòng Tài nguyên và môi trường; phòng Giáo dục và đào tạo; Thanh tra quận; phòng Kinh tế; phòng Y tế; phòng Khoa học và công nghệ.

Các cơ quan chuyên môn gồm trưởng phòng và không quá 3 phó phòng. UBND TP Thủ Đức trình HĐND cùng cấp xem xét, quyết định việc thành lập, tổ chức lại, giải thể và quy định cụ thể chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của phòng phù hợp với yêu cầu quản lý nhà nước.

Về ngân sách, UBND TP.HCM trình HĐND cùng cấp thông qua việc phân cấp nguồn thu, nhiệm vụ chi ngân sách giữa ngân sách TP.HCM với ngân sách TP Thủ Đức.

Tỉ lệ điều tiết ngân sách để đảm bảo nguồn lực thực hiện các mục tiêu phát triển kinh tế - xã hội cho TP Thủ Đức sẽ do HĐND TP.HCM quyết định trên cơ sở tờ trình của UBND TP.

TP Thủ Đức phải thực hiện cơ chế tạo nguồn cải cách tiền lương theo quy định. Nguồn cải cách tiền lương còn dư của ngân sách TP Thủ Đức sau khi bảo đảm nguồn cải cách tiền lương và thực hiện các chính sách an sinh, xã hội cho thời kỳ ổn định ngân sách sẽ được HĐND TP Thủ Đức quyết định sử dụng chi đầu tư cơ sở hạ tầng kinh tế - xã hội của TP Thủ Đức.