HĐXX cho rằng hành vi của bị cáo đúng như cáo trạng đã truy tố, xâm phạm uy tín của cơ quan Nhà nước, ảnh hưởng an ninh trật tự. Nhưng xét bị cáo nhân thân tốt, quá trình công tác tốt nên cũng cần giảm nhẹ một phần hình phạt.
Theo cáo trạng, năm 2018, ông Nguyễn Hoài Nam lúc này là phóng viên Báo Pháp luật TP.HCM, đã có loạt bài về những sai phạm tại Cục Đường thủy nội địa Việt Nam, được Ban biên tập duyệt đăng trên Báo Pháp luật TPHCM.
Cụ thể là bài viết "Nghi vấn quỹ đen ở Cục Đường thủy nội địa" đăng ngày 1/8/2018; bài viết “Nghi vấn quỹ đen ở Cục Đường thủy: Buổi chia chác tiền tỉ" đăng ngày 2/8/2018 và bài viết “Cục trưởng Nguyễn Hồng Giang nói gì về quỹ đen?" đăng ngày 3/8/2018.
Sau loạt bài này, Bộ GTVT đã thành lập tổ công tác đến Báo Pháp luật TPHCM để xác minh. Ngày 14/8/2018, đại diện Báo Pháp luật TPHCM đã cung cấp tài liệu cho tổ xác minh của Bộ GTVT.
Ngày 8/10/2018, ông Nguyễn Hoài Nam đến Cơ quan CSĐT Bộ Công an làm việc và cung cấp các tài liệu, dữ liệu điện tử và tài liệu khác cho Cơ quan CSĐT. Tháng 10/2018, Trung tướng Trần Văn Vệ, lúc này là Chánh Văn phòng, Phó thủ trưởng thường trực Cơ quan CSĐT Bộ Công an, được phân công chỉ đạo, điều tra vụ án “lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ" xảy ra tại Cục Đường thủy nội địa Việt Nam.
Ngày 27/6/2019, Cơ quan CSĐT Bộ Công an ban hành Bản kết luận điều tra vụ án hình sự số 50/KLĐT(C01-P4) và chuyển toàn bộ hồ sơ vụ án đến Viện KSND tối cao đề nghị truy tố đối với 3 bị can Phạm Văn Thông (Giám đốc Ban quản lý dự án), Vũ Mạnh Hùng (Trưởng phòng Kế hoạch - đầu tư, cùng Cục Đường thủy nội địa Việt Nam) và Trần Đức Hải (Phó cục trưởng Cục Đường thủy nội địa Việt Nam).
Trong kết luận điều tra có nội dung: Đối với 14 cá nhân đại diện cho 16 nhà thầu, Cơ quan điều tra nhận định, các đối tượng này đều không khai nhận đã đưa tiền cho bị can Phạm Văn Thông. Nhưng căn cứ tài liệu điều tra thu thập được, trong đó có Kết luận giám định của Viện Khoa học hình sự Bộ Công an đã kết luận đúng chữ ký của 8/14 cá nhân.
Căn cứ tài liệu thu thập được, có cơ sở xác định có việc 14 cá nhân này đã đưa số tiền cho bị can Phạm Văn Thông, hành vi của họ có dấu hiệu của tội "đưa hối lộ". Cơ quan CSĐT Bộ Công an thấy rằng, việc họ khai không đưa tiền cho bị can Thông là do tâm lý chung sợ bị pháp luật xử lý. Bản thân họ chính là nạn nhân của tệ nạn tham nhũng, là đối tượng bị các công chức trong các cơ quan quản lý Nhà nước nhũng nhiễu, gây phiền hà, bản thân họ đều mong muốn có công ăn việc làm cho người lao động. Do vậy, Cơ quan CSĐT Bộ Công an không đặt vấn đề xử lý hình sự đối với 14 cá nhân này trong vụ án.
Đối với hành vi của ông Hoàng Hồng Giang, Cục trưởng Cục Đường thủy nội địa Việt Nam, không đủ yếu tố cấu thành tội phạm vì quá trình triển khai thực hiện dự án đã ủy quyền cho Trần Đức Hải, đại diện chủ đầu tư trực tiếp chỉ đạo, tổ chức triển khai thực hiện.
Đồng thời, chưa đủ tài liệu chứng minh ông Hoàng Hồng Giang biết và chỉ đạo thu, nhận tiền của 14 cá nhân đại diện 16 nhà thầu và nhận 5.000 USD do Phạm Văn Thông đưa cho. Ông Giang có dấu hiệu thiếu trách nhiệm trong quản lý, điều hành tại Cục Đường thủy nội địa Việt Nam, để xảy ra tham nhũng, tiêu cực tại đơn vị. Cơ quan CSĐT Bộ Công an đề nghị Bộ GTVT xử lý nghiêm về Đảng và chính quyền theo quy định đối với ông Giang.
Ông Nguyễn Hoài Nam không đồng tình với kết luận điều tra. Từ đây ông Nam liên tục có đơn thư gửi các cơ quan chức năng, gửi Đại biểu Quốc hội và đăng tải trên tài khoản Facebook cá nhân, tố cáo Trung tướng Trần Văn Vệ và một số điều tra viên thuộc Cơ quan CSĐT Bộ Công an có hành vi bao che, bỏ lọt tội phạm đối với ông Hoàng Hồng Giang và 14 cá nhân đại diện 16 nhà thầu trong vụ án.
Ngày 22/11/2019, Thủ trưởng Cơ quan CSĐT Bộ Công an ký Quyết định số 04/QĐ-C01(P5) phân công điều tra viên tiến hành xác minh, giải quyết đơn tố cáo và có sự kiểm sát của Vụ 12 Viện KSND tối cao.
Ngày 20/1/2020, Thủ trưởng Cơ quan CSĐT Bộ Công an đã ban hành Quyết định giải quyết tố cáo số 01/QĐ-VPCQCSĐT-P5 kết luận: Ông Nguyễn Hoài Nam tố cáo Trung tướng Trần Văn Vệ và một số điều tra viên Cơ quan CSĐT Bộ Công an là không có cơ sở.
Ngày 21/2/2020, Viện KSND tối cao có Công văn số 623/VKSTC-V12 với nội dung: Cơ quan CSĐT Bộ Công an đã thụ lý, giải quyết tố cáo của ông Nguyễn Hoài Nam đúng thẩm quyền và trình tự, thủ tục pháp luật quy định; nội dung giải quyết tố cáo có căn cứ pháp luật.
Sau khi Thủ trưởng Cơ quan CSĐT Bộ Công an ban hành Quyết định giải quyết tố cáo, Nguyễn Hoài Nam tiếp tục có đơn gửi Cơ quan Điều tra Viện KSND tối cao tố cáo Trung tướng Trần Văn Vệ, điều tra viên và kiểm sát viên Vụ 5 Viện KSND tối cao bỏ lọt tội phạm.
Ngày 14/2/2020, Cơ quan Điều tra Viện KSND tối cao có Công văn số 561/VKSTC-C1(P1) trả lời Nguyễn Hoài Nam với nội dung: “Chưa phát hiện dấu hiệu xâm phạm tư pháp như nội dung ông Nam tố cáo".
Dù đơn thư đã được các cơ quan có thẩm quyền giải quyết và có kết luận đầy đủ nhưng Nguyễn Hoài Nam vẫn tiếp tục có đơn thư, đăng tải các bài viết tố cáo ông Trần Văn Vệ và các điều tra viên thụ lý vụ án với nội dung: “Tướng Vệ cùng thuộc cấp bắt tay nhau bỏ lọt Cục trưởng Cục Đường thủy nội địa trong vụ án "lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ", xảy ra tại Cục Đường thủy nội địa Việt Nam năm 2018"....
Các bài viết trên có nhiều bình luận và chia sẻ với những từ ngữ thô tục, thiếu văn hoá, xúc phạm nghiêm trọng uy tín, danh dự, nhân phẩm của cá nhân ông Trần Văn Vệ cũng như uy tín của các cơ quan bảo vệ pháp luật.
Trước hành vi của ông Nam, Trung tướng Trần Văn Vệ và điều tra viên Trần Văn Quân lần lượt gửi đơn tố cáo Nguyễn Hoài Nam có hành vi vu khống.
Ngày 10/12/2020, Văn phòng Cơ quan CSĐT Bộ Công an đã phối hợp với Cục An ninh mạng và phòng chống tội phạm sử dụng công nghệ cao làm việc với Nguyễn Hoài Nam.
Ngày 22/1/2021, Cơ quan CSĐT Bộ Công an có văn bản gửi Thủ trưởng Cơ quan CSĐT Công an TPHCM về việc chuyển tố giác về tội phạm của ông Trần Văn Vệ và Trần Văn Quân đến Cơ quan CSĐT Công an TP.HCM thụ lý theo thẩm quyền.
Cơ quan CSĐT Công an TPHCM đã trưng cầu giám định các bài viết trên trang Facebook cá nhân của Nguyễn Hoài Nam và được Sở TT-TT kết luận là các bài viết có nội dung bịa đặt, sai sự thật, xúc phạm uy tín tổ chức, danh dự cá nhân, vi phạm luật An ninh mạng.
Ngày 2/4/2021, Cơ quan CSĐT Công an TPHCM đã khởi tố, bắt tạm giam Nguyễn Hoài Nam để điều tra tội “lợi dụng các quyền tự do dân chủ xâm phạm lợi ích của Nhà nước, quyền, lợi ích hợp pháp của tổ chức, cá nhân”. Quá trình điều tra, ông Nguyễn Hoài Nam đã nhận thức được hành vi sai trái và có đơn xin được tại ngoại vì bản thân mang nhiều bệnh.
Viện KSND TPHCM đánh giá, hành vi của bị can là nghiêm trọng và nguy hiểm cho xã hội, xâm phạm tới quyền và lợi ích của người khác được pháp luật bảo vệ.