Tại bản kết luận điều tra của Bộ Công an, Cơ quan An ninh điều tra xác định các cơ quan đại diện ngoại giao Việt Nam tại nước ngoài, trong đó có Nhật Bản, đã có hành vi nhận hối lộ. 

Cơ quan chức năng kết luận, khi được doanh nghiệp đặt vấn đề nhờ hỗ trợ theo chức trách nhiệm vụ để tổ chức các chuyến bay đưa công dân Việt Nam hồi hương, Đại sứ và Tổng Lãnh sự các cơ quan ngoại giao ra điều kiện phải chia phần lợi nhuận thu được hoặc thỏa thuận chi tiền "bồi dưỡng" trên số lượng công dân trên các chuyến bay. 

Tại Nhật Bản, Đại sứ quán Việt Nam tại quốc gia này không có chức năng tổ chức chuyến bay combo nhưng Đại sứ đã ký công điện xin tổ chức, giao cho doanh nghiệp thực hiện và nhận tiền từ đại diện doanh nghiệp.

Cụ thể, ông Vũ Hồng Nam (nguyên Thứ trưởng Bộ Ngoại giao) năm 2018 được bổ nhiệm làm Đại sứ đặc mệnh toàn quyền nước CNXHCN Việt Nam tại Nhật Bản, có trách nhiệm chỉ đạo, tổ chức thực hiện các chức năng, nhiệm vụ của Đại sứ quán. Trong đó, ông Nam còn có trách nhiệm bảo hộ công dân, phối hợp tổ chức các chuyến bay giải cứu đưa công dân Việt Nam hồi hương.

Khi đó, Đại sứ quán Việt Nam tại Nhật Bản đã tổ chức 57 chuyến bay giải cứu, dù vậy, vẫn còn nhiều người bị mắc kẹt và đăng ký được về nước. Vì vậy, ông Nam đã gửi nhiều công điện, điện mật về nước đề nghị Chính phủ tăng cường các chuyến bay giải cứu, hoặc chuyến bay do công dân tự trả phí.

Kết luận điều tra chỉ ra, Lê Văn Nghĩa (Giám đốc Công ty Nhật Minh) khi đó là Đại sứ danh dự của Uzbekistan nên quen biết ông Nam. Nắm được chủ trương của Chính phủ về việc cho phép công dân Việt Nam từ nước ngoài về cách ly tại khách sạn tự nguyện trả phí và các ĐSQ Việt Nam là cơ quan tập hợp danh sách công dân, Nghĩa đã tìm cách tiếp cận ông Nam.

Tháng 10/2020, Nghĩa đặt vấn đề với Đại sứ Việt Nam tại Nhật Bản về việc giúp Công ty Nhật Minh được bán vé máy bay và đưa công dân hồi hương được cách ly y tế tại khách sạn của Nghĩa (ở Khánh Hòa). Đề nghị này được ông Nam đồng ý. 

Sau đó, ông Nam đã ký các công điện gửi UBND tỉnh Khánh Hòa, Thanh Hóa, Thái Nguyên xin cách ly cho công dân và gửi Ban chỉ đạo Quốc gia về phòng chống Covid, Bộ Y tế, Cục Lãnh sự... xin phê duyệt chuyến bay do Đại sứ quán tổ chức.

Khi được Cục Lãnh sự cấp phép, ông Nam đã giao Công ty Nhật Minh tổ chức 6 chuyến bay đưa công dân Việt Nam từ Nhật Bản về cách ly tại Khánh Hòa, Thái Nguyên và Thanh Hóa. Kết luận điều tra của Bộ Công an xác định chỉ đạo này của ông Nam là không đúng chức năng, vượt quá thẩm quyền của Đại sứ quán.

Từ tháng 11/2020 đến tháng 9/2021, cựu Đại sứ Việt Nam tại Nhật Bản đã giao Công ty Nhật Minh tổ chức, đưa 1.490 công dân về nước; chỉ đạo cung cấp danh sách công dân đăng ký về nước với Đại sứ quán của 5/6 chuyến bay cho Nghĩa, để Công ty Nhật Minh bán vé combo (gồm vé máy bay và khách sạn) và bán vé khách sạn cách ly cho công dân.

Sau khi hoàn thành việc tổ chức, thực hiện, Công ty Nhật Minh thu lời được khoảng 18 tỷ đồng. Nghĩa đã đưa 60.000 USD và 450 triệu đồng cho ông Nam.

Như vậy, Cơ quan An ninh điều tra đề nghị Viện kiểm sát truy tố ông Vũ Hồng Nam tội Nhận hối lộ, với số tiền hơn 1,8 tỷ đồng.