Theo cơ quan điều tra, quá trình thực hiện đề tài nghiên cứu, một số lãnh đạo bộ, ngành và đơn vị đã có sai phạm trong việc phê duyệt, giao tổ chức thực hiện, ký hợp đồng, đánh giá, nghiệm thu, chuyển giao…

Trong đó, ông Chu Ngọc Anh bị cáo buộc trong việc giao, quản lý, sử dụng đề tài đã vi phạm quy định pháp luật. Việc này gây thất thoát, lãng phí tài sản Nhà nước.

Bộ trưởng Y tế Nguyễn Thanh Long bị cho là "lợi dụng chức vụ, quyền hạn làm trái các quy định trong việc cấp số đăng ký lưu hành” cũng như việc hiệp thương giá và kiểm tra giá hiệp thương.

Từ khi bắt đầu kinh doanh kit xét nghiệm Covid-19, doanh thu của Công ty Việt Á tăng vọt lên khoảng 4.000 tỷ đồng. Cơ quan điều tra cho rằng nhằm thu lợi bất chính và chi tiền ngoài hợp đồng, Việt Á đã nâng khống giá thiết bị, chi phí nguyên vật liệu đầu vào lên 45%. Mỗi bộ kit có giá công bố 470.000 đồng.

Ngoài “bắt tay” với cán bộ, lãnh đạo các CDC để thông thầu, lãnh đạo Việt Á còn chi % ngoài hợp đồng gần 800 tỷ đồng cho nhiều cá nhân, đơn vị.

Sau 6 tháng điều tra, tổng số tài sản bị cơ quan điều tra phong tỏa, kê biên, thu hồi ước tính hơn 1.600 tỷ đồng.

Liên quan vụ án, nhiều đơn vị, cá nhân đã bị kỷ luật. Trong đó, ba tướng quân đội là lãnh đạo Học viện Quân y bị cách tất cả chức vụ trong Đảng.