Sau khi được kết nạp vào Đảng, từ năm 1968 - 1971, ông Nguyễn Văn Phùng công tác tại xã Diên Thọ và huyện Điện Bàn.

Từ tháng 2-1971 đến tháng 1-1975, ông vượt Trường Sơn ra Bắc chữa bệnh, an dưỡng, học tập văn hóa.

Từ tháng 2-1975 đến tháng 6-1979, ông học báo chí và lý luận chính trị tại Trường Tuyên huấn trung ương khóa 2 (nay là Học viện Báo chí tuyên truyền).

Từ tháng 7-1979 đến tháng 1-1988, ông làm giảng viên báo chí, tuyên truyền tại Trường Tuyên huấn trung ương 3 (Thủ Đức, TP.HCM). Sau đó ông được biệt phái, làm việc tại Ban Tuyên huấn Thành ủy TP.HCM (phòng báo chí - xuất bản) từ năm 1987 - 1988.

Tháng 2-1988 đến năm 1998, ông là bí thư chi bộ cơ quan Hội Nhà báo, ủy viên Ban chấp hành Đảng ủy khối tư tưởng văn hóa, chánh văn phòng Hội Nhà báo TP.HCM, ủy viên thường trực Ban chấp hành Hội Nhà báo TP khóa IV (1998 - 2003).

Tháng 12-1998 đến năm 2015, ông là bí thư chi bộ cơ quan hội, ủy viên thường trực, phó chủ tịch thường trực Hội Nhà báo TP.HCM.