Thông tư được ban hành nhằm mục đích khắc phục những vướng mắc, bất cập trong quá trình thực hiện việc khai và nộp chứng từ chứng nhận xuất xứ; nộp bổ sung C/O sau khi hàng hoá đã thông quan; nộp C/O đối với trường hợp hàng hoá thay đổi mục đích sử dụng; quy định liên quan đến thời điểm nộp C/O; trừ lùi C/O cho hàng hóa gửi kho ngoại quan...; Hướng dẫn việc kiểm tra xuất xứ tại các Hiệp định thương mại tự do thế hệ mới (như CPTPP, EVFTA, UKVFTA, RCEP,…); Áp dụng các phương thức quản lý mới phù hợp với xu hướng tạo thuận lợi thương mại, sử dụng chứng từ điện tử thay thế cho chứng từ giấy, bảo  lãnh cho hàng hóa nợ, thay đổi hình thức nộp chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa (nộp qua hệ thống V5, nộp bản sao,...).

Theo Tổng cục Hải Quan, thực tế hiện nay, đối với các trường hợp chưa có chứng từ chứng nhận xuất xứ (CTCNXX)  tại thời điểm làm thủ tục hải quan thì doanh nghiệp phải tính thuế theo mức thuế suất MFN (đối với trường hợp áp dụng ưu đãi thuế quan) hoặc mức thuế suất phòng vệ thương mại cao nhất (đối với hàng hóa thuộc diện Việt Nam thông báo đang ở trong thời điểm áp dụng thuế chống bán phá giá, thuế chống trợ cấp, các biện pháp tự vệ, biện pháp hạn ngạch thuế quan, biện pháp hạn chế số lượng), để được thông quan hàng hoá và phải khai sửa đổi, bổ sung sau khi có CTCNXX và thực hiện các thủ tục hoàn thuế. Điều này cũng làm chậm quay vòng vốn của doanh nghiệp, lãng phí nguồn nhân lực của cả cơ quan quản lý (hải quan, thuế) và doanh nghiệp trong việc thực hiện các thủ tục khai bổ sung, hoàn thuế.

Do vậy, để tạo thuận lợi cho doanh nghiệp và giảm thiểu thủ tục hành chính liên quan đến hồ sơ hoàn thuế, tại Điều 12 Thông tư đã bổ sung hướng dẫn về việc cho phép áp dụng bảo lãnh thuế trong các trường hợp.

Thứ nhất, trường hợp chưa có CTCNXX tại thời điểm làm thủ tục hải quan để áp dụng thuế suất ưu đãi đặc biệt, hàng hóa nhập khẩu phải áp dụng thuế suất nhập khẩu ưu đãi (thuế suất MFN) hoặc thuế suất thông thường và được thông quan theo quy định. Trường hợp được tổ chức tín dụng bảo lãnh số tiền thuế chênh lệch thì được áp dụng thuế suất ưu đãi đặc biệt và thông quan theo quy định.

Thứ hai, trường hợp chưa có CTCNXX tại thời điểm làm thủ tục hải quan để áp dụng các biện pháp phòng vệ thương mại, hàng hóa nhập khẩu phải áp dụng mức thuế theo các biện pháp phòng vệ thương mại do Bộ Công Thương quy định. Trường hợp được tổ chức tín dụng bảo lãnh số tiền thuế phải nộp thì được áp dụng mức thuế suất theo khai báo của người khai hải quan và hàng hoá được thông quan theo quy định. Người khai hải quan nộp bổ sung chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan để áp dụng biện pháp phòng vệ thương mại.

Thứ ba, trường hợp phải tiến hành xác minh tính hợp lệ của CTCNXX để được áp dụng thuế suất ưu đãi đặc biệt hoặc biện pháp phòng vệ thương mại, trong thời gian chờ kết quả xác minh, người khai hải quan xử lý, tính thuế theo quy định tại điểm b.1 khoản 1 và điểm b.1 khoản 3 Điều 12 Thông tư này.

Ngoài ra, qua theo dõi thời gian qua, nhiều doanh nghiệp phản ánh vướng mắc trong quá trình thực hiện, nhiều trường hợp nguyên liệu sau khi sản xuất, cấu thành nên sản phẩm nhưng do không tìm được thị trường xuất khẩu, các doanh nghiệp phải chuyển tiêu thụ trong nước. Nếu căn cứ theo quy định nêu trên thì doanh nghiệp không được hưởng ưu đãi do nguyên liệu đã đưa vào sản xuất và không còn nguyên trạng so với ban đầu.

Do vậy, để tạo thuận lợi thương mại và tháo gỡ khó khăn vướng mắc cho doanh nghiệp, tại Điều 13 Thông tư không quy định điều kiện CTCNXX phải còn hiệu lực tại thời điểm nộp bổ sung và điều kiện hàng hóa phải được xác định chưa tham gia vào quá trình sản xuất, chế biến (đảm bảo tính nguyên trạng về xuất xứ) trong một số trường hợp đặc biệt.

Về phương thức nộp CTCNXX, khoản 1 Điều 4 Thông tư số 38/2018/TT-BTC quy định CTCNXX phải được nộp dưới dạng bản chính mang dòng chữ “ORIGINAL” hoặc bản chính. Trong giai đoạn dịch bệnh Covid-19, do giãn cách xã hội hoặc nằm trong các khu vực cách ly, phong tỏa, người khai hải quan không có bản chính (bản gốc) hoặc đã nhận được bản chính nhưng không thể đến nộp cho cơ quan Hải quan.

Để cắt giảm thủ tục hành chính cho doanh nghiệp, giảm rủi ro cho công chức hải quan, tiến tới hải quan phi giấy tờ, Thông tư 33/2023 không quy định người khai hải quan phải nộp bản giấy mà chỉ cần scan gửi qua hệ thống cho cơ quan hải quan và đối với văn bản thông báo xác định trước, người khai hải quan không phải nộp bản chính mà công chức hải quan sẽ kiểm tra trên hệ thống./.