Trước đó, KTNN đã kiểm toán nguồn vốn đầu tư, chi phí thực hiện Dự án Phát triển TP Cần Thơ và tăng cường khả năng thích ứng của đô thị (gọi tắt là Dự án) từ ngày 24/9/2020 đến 12/11/2020. Kết quả kiểm toán cho thấy, trong quá trình tổ chức quản lý, triển khai thực hiện Dự án, BQL dự án ODA TP Cần Thơ còn nhiều tồn tại, hạn chế.
Cụ thể, báo cáo đánh giá tác động môi trường của Dự án được phê duyệt sau khi phê duyệt báo cáo nghiên cứu khả thi. Nội dung thẩm định dự án đầu tư không đầy đủ theo quy định. Một số hạng mục đầu tư của Dự án chưa có trong quy hoạch được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt. Áp dụng định mức, đơn giá, tính toán khối lượng sai với giá trị; một số hạng mục trong tổng mức đầu xác định thiếu căn cứ, cơ sở.
Công tác lập, thẩm định thiết kế, dự toán còn một số tồn tại, hạn chế như sai đơn giá, định mức, sai khối lượng làm tăng giá trị dự toán một số gói thầu…
KTNN kiến nghị xử lý tài chính với số tiền trên 50 tỷ đồng. Trong đó, kiến nghị thu hồi nộp ngân sách nhà nước các khoản chi sai chế độ hơn 1 tỷ đồng. Giảm thanh toán hơn 2,1 tỷ đồng do nghiệm thu thanh toán sai khối lượng, đơn giá, định mức. Giảm giá trị khi nghiệm thu quyết toán (phần khối lượng hợp đồng còn lại chưa nghiệm thu thanh toán hơn 4,8 tỷ đồng). Thu hồi các khoản tạm ứng chưa thu hồi hơn đủ theo quy định là hơn 8,5 tỷ đồng.
Bên cạnh đó, KTNN cũng kiến nghị xử lý hơn 31.8 tỷ đồng do chưa đủ điều kiện xác nhận chi phí quản lý dự án đã trích vào dự án trong các năm 2016, 2017, 2018, 2019. KTNN đề nghị UBND TP Cần Thơ chỉ đạo các đơn vị được kiểm toán thực hiện nghiêm túc, kịp thời các kết luận, kiến nghị của KTNN. Đồng thời báo cáo kết quả thực hiện các kiến nghị của KTNN trước ngày 30/6/2021. Tuy nhiên, hết thời hạn nói trên, BQL dự án ODA TP Cần Thơ vẫn chưa có báo cáo gửi KTNN.