Theo cáo trạng, từ tháng 4.2018 - 3.2019, Trần Khắc Hùng (cựu Chủ tịch HĐQT Đại học Đông Đô) cùng các bị can đã cấp trái quy định 429 bằng tiếng Anh hệ văn bằng 2 và 2 giấy chứng nhận giả, thu lợi bất chính hơn 7,1 tỉ đồng.
Về nguồn gốc phôi in bằng, cơ quan tố tụng xác định cuối năm 2018, bị can Trần Kim Oanh (Phó Hiệu trưởng Đại học Đông Đô) chỉ đạo Phó phòng Đào tạo Trần Ngọc Quang tự làm quyết định về việc công nhận 468 thí sinh trúng tuyển đại học hệ văn bằng 2 ngành tiếng Anh, công văn đề nghị Bộ GD&ĐT mua phôi để in bằng.
Sau đó, Dương Văn Hòa ký xác nhận lên các văn bản do Quang chuẩn bị rồi gửi đến Bộ GD&ĐT.
Tháng 4.2019, khi Bộ GD&ĐT yêu cầu giải trình về hoạt động đào tạo văn bằng 2 tiếng Anh, Trần Khắc Hùng cùng Dương Văn Hòa và các bị can khác đã che giấu sai phạm bằng việc ký hợp thức hàng loạt quyết định công nhận tốt nghiệp đại học hệ văn bằng 2 kèm danh sách của hơn 410 học viên rồi gửi email cho bà Phạm Thị Hoa, cán bộ Vụ Giáo dục - Đại học của Bộ GD&ĐT.
Trong vụ án, cơ quan tố tụng xác định Đại học Đông Đô chưa làm thủ tục đề nghị Bộ GD&ĐT cho phép tuyển sinh, đào tạo bằng đại học thứ hai. Tuy nhiên, giai đoạn 2015-2017, Vụ Kế hoạch - Tổ chức đã thông báo chỉ tiêu tuyển sinh văn bằng 2 hệ chính quy cho trường này.
Vụ Giáo dục - Đại học đã xét duyệt, đăng tải trên cổng thông tin tuyển sinh của Bộ GD&ĐT đề án tuyển sinh các năm 2017, 2018, 2019 có chỉ tiêu văn bằng 2 hệ chính quy.
Năm 2018, đoàn kiểm tra số 1 của Bộ GD&ĐT đã làm việc nhưng không phát hiện được Đại học Đông Đô chưa được phép đào tạo văn bằng 2 tiếng Anh.
Cơ quan chức năng kết luận việc làm của các đơn vị, cá nhân thuộc Bộ GD&ĐT đã vi phạm quyết định số 22/2001 của Bộ trưởng quy định về đào tạo cấp bằng đại học thứ hai và thiếu trách nhiệm trong việc kiểm tra.
Tuy nhiên, quyết định số 22/2001 được ban hành từ năm 2001. Sau đó, nhiều quy định của pháp luật được ban hành như Luật Giáo dục đại học năm 2012, Luật Đầu tư năm 2014 nhưng Bộ GD&ĐT chưa kịp thời thể chế để quản lý hoạt động tuyển sinh, đào tạo bằng đại học thứ hai.
Bộ cũng chưa thực hiện đầy đủ trách nhiệm trong quản lý việc thực hiện quy chế tuyển sinh, quy chế đào tạo, chưa chỉ đạo kịp thời công tác thanh tra, kiểm tra hoạt động đối với Đại học Đông Đô.
Do đó, Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an đã có công văn kiến nghị Bộ trưởng Bộ GD&ĐT xem xét, xử lý nghiêm đối với các cá nhân có trách nhiệm theo quy định của pháp luật và chỉ đạo khắc phục sai phạm.
Ngoài các bị can, Bộ Công an còn làm rõ bà Nguyễn Thị Hiền (Giám đốc Công ty cổ phần tư vấn đào tạo phát triển giáo dục Việt Nam) đã giới thiệu 14 học viên để Đại học Đông Đô cấp bằng trái quy định.
Nhóm cán bộ Đại học Đông Đô gồm Nguyễn Hải Yến, Vũ Bá Sinh và Trần Thị Yến cũng giới thiệu 25 học viên.
Theo cáo trạng, hành vi của bà Hiền và các cá nhân trên có dấu hiệu đồng phạm về tội Giả mạo trong công tác với vai trò giúp sức việc làm bằng giả.
Tuy nhiên, những người này không tham gia hợp thức hồ sơ, tài liệu cấp bằng giả, không được hưởng lợi và có nhân thân tốt nên cơ quan điều tra không xử lý hình sự.