Theo kết luận của Cơ quan Cảnh sát điều tra - Bộ Công an, Nguyễn Thanh Long và Nguyễn Huỳnh đã can thiệp, tác động và chỉ đạo giúp Công ty Việt Á được Bộ Y tế cấp số đăng ký lưu hành Test xét nghiệm Covid-19, hiệp thương giá và kiểm tra giá hiệp thương, trái quy định của pháp luật, không có căn cứ, để Công ty Việt Á tổ chức sản xuất, tiêu thụ Test xét nghiệm theo đơn giá đã được Phan Quốc Việt nâng khống, thu lời bất chính số tiền đặc biệt lớn.
Đồng thời, Nguyễn Thanh Long và Nguyễn Huỳnh gợi ý, đề nghị để Phan Quốc Việt đưa tiền. Cụ thể, Tổng Giám đốc Việt Á Phan Quốc Việt đã đưa cho Bộ trưởng Nguyễn Thanh Long tổng số tiền 2,25 triệu USD (trong đó, Việt đưa 2,2 triệu USD cho Nguyễn Huỳnh để Huỳnh chuyển cho Nguyễn Thanh Long và Việt đưa trực tiếp cho Nguyễn Thanh Long 50.000 USD); đưa cá nhân Nguyễn Huỳnh tổng số tiền 4 tỷ đồng.
Tại CQĐT, Phan Quốc Việt khai, Việt quen và duy trì quan hệ với ông Nguyễn Thanh Long cùng trợ lý Nguyễn Huỳnh từ năm 2017, khi cựu Bộ trưởng cùng thư ký đến dự lễ khai trương Trạm Y tế DHA-trại y tế theo hình thức xã hội hoá đầu tiên tại TP Hồ Chí Minh.
Sau khi Công ty Việt Á tham gia Đề tài nghiên cứu, chế tạo Test xét nghiệm, Việt đã nhờ ông Long tạo điều kiện giúp đỡ để Công ty của mình được cấp số lưu hành và bán được sản phẩm. Ông Long đã giao việc này cho Nguyễn Huỳnh, lúc này đã là Phó Trưởng phòng Quản lý giá, Cục Quản lý dược, Bộ Y tế là đầu mối liên hệ. Từ đây, các cá nhân có trách nhiệm trong việc này đã được giới thiệu, tác động để “xuôi chèo mát mái”.
Bộ Y tế còn trực tiếp phân bổ 200.000 Test xét nghiệm Covid-19 cho các đơn vị, địa phương, để cả nước biết đây là sản phẩm chủ lực được Bộ Y tế sử dụng trong phòng chống dịch và sẽ liên hệ mua khi có nhu cầu. Ông Long cũng chỉ đạo để Bộ Y tế sử dụng nguồn tiền của các ngân hàng tài trợ thanh toán tiền mua 200.000 Test xét nghiệm của Công ty Việt Á. Bản thân ông Long và Nguyễn Huỳnh trực tiếp giới thiệu sản phẩm của Việt Á cho lãnh đạo một số đơn vị, địa phương mua.
Để cảm ơn ông Long và Nguyễn Huỳnh đã can thiệp, tác động giúp Việt Á được cấp số lưu hành, hiệp thương giá và kiểm tra giá hiệp thương, sản xuất và tiêu thụ Test xét nghiệm theo đơn giá mà mình đã nâng khống từ tối đa 143.461 đồng/Test, đã bao gồm 5% lợi nhuận và tất cả chi phí, mức lên 470.000 đồng/Test không có căn cứ, thu lời tới 4.000 tỷ đồng, Phan Quốc Việt đã nhiều lần đưa tiền tự nguyện và theo yêu cầu của cựu Bộ trưởng Bộ Y tế và trợ lý Nguyễn Huỳnh.
Lần đầu tiên là vào khoảng cuối tháng 8/2020, trong một lần Việt đến nhà Huỳnh ăn tối. Trong bữa ăn, Huỳnh kể chuyện mình mới mua chiếc ô tô Volvo XC90 mà phải vay tiền ngân hàng, Việt nói: “Em sẽ hỗ trợ anh một phần chi phí để cảm ơn anh đã giúp đỡ em và Công ty Việt Á”. Đến ngày 21/1/2021, Việt sai Vũ Đình Hiệp, Phó TGĐ Công ty Việt Á chuyển ngay cho Huỳnh số tiền 2 tỷ đồng. Số tiền này sau đó đã được Hiệp đưa cho Huỳnh ở gần khách sạn Hà Nội.
Sau đó, đến cuối tháng 12/2020, Việt lại đến nhà Huỳnh ở phố Văn Cao, quận Ba Đình, Hà Nội, xách theo chiếc túi vải đựng 200.000 USD (gần 4,6 tỷ đồng), nhờ Huỳnh đưa cho ông Nguyễn Thanh Long.
1 tháng sau, khi đã gần dịp Tết Nguyên đán, Huỳnh gọi điện cho Việt qua ứng dụng WhatsApp nói về việc ông Long đang cần huy động số tiền lớn để xử lý công việc. Khi Việt hỏi cần số tiền cụ thể bao nhiêu, Huỳnh nói Việt “bố trí” 1 triệu USD để “đỡ phải huy động những chỗ khác và để dành cho các công việc khác”.
Đến ngày 9/2/2021, Việt đem theo vali kéo, trong đựng 1 triệu USD đến nhà Huỳnh, nhờ bị can này chuyển tiền cho Nguyễn Thanh Long, không quên “chúc tết” Huỳnh số tiền 2 tỷ đồng.
Ngày 29/6/2021, trong lần đến trụ sở Bộ Y tế gặp Bộ trưởng Nguyễn Thanh Long để nhờ Long ủng hộ chủ trương phát triển vắc xin phòng dịch Covid-19, đến khi ra về, Việt lấy bọc tiền 50.000 USD đựng trong túi vải màu xanh loại nhỏ đưa cho ông này, bảo: “Em lì xì mấy cháu!”. Nguyễn Thanh Long cầm và cười nói: “Vẽ chuyện!”.
Khoảng cuối tháng 10/2021, Huỳnh lại nhắn tin qua ứng dụng WhatsApp nói với Việt về việc ông Nguyễn Thanh Long cần huy động số tiền lớn để xử lý công việc, đề nghị Việt hỗ trợ. Lần này, không vòng vo, Huỳnh nói luôn Việt cần chuẩn bị 1 triệu USD. Việt đồng ý, hẹn 1 tuần sau. Khoảng đầu tháng 11/2021, gặp nhau tại một quán cà phê, Huỳnh nói sẽ dẫn Việt đến gặp trực tiếp Long để đưa tiền tại căn hộ 1707, toà nhà Landcaster, số 20, Núi Trúc, quận Ba Đình, Hà Nội. Tuy nhiên, khi Việt đến nơi, Huỳnh lại gọi điện qua mạng xã hội, bảo Việt lấy thẻ từ để trong hộc để đồ ở tầng 1 rồi tự vào nhà. Sau đó, Huỳnh lên phòng, báo Việt rằng ông Long có việc đột xuất nên không đến gặp được. Sau bữa ăn tối đó, trước khi ra về, Việt đưa túi tiền chứa 1 triệu USD cho Huỳnh bảo: “Nhờ anh chuyển cho sếp để lo việc giúp em!”.
Toàn bộ việc đưa, nhận tiền này, tại cơ quan điều tra, cả cựu Bộ trưởng Nguyễn Thanh Long, bị can Nguyễn Huỳnh đều có lời khai phù hợp với lời khai của Phan Quốc Việt.
Cơ quan CSĐT Bộ Công an kết luận, với những hành vi trên, cựu Bộ trưởng Bộ Y tế Nguyễn Thanh Long đã phạm vào tội “Nhận hối lộ” số tiền 2,25 triệu USD (tương đương 51,1 tỷ đồng). Cùng tội danh, bị can Nguyễn Huỳnh bị quy kết nhận hối lộ số tiền gần 54 tỷ đồng (trong đó có 2,2 triệu USD đưa cho ông Long và 4 tỷ đồng). Hành vi phạm tội của Nguyễn Huỳnh có sự chỉ đạo, cấu kết của bị can Nguyễn Thanh Long nên có yếu tố đồng phạm với bị can Long.
Với Phan Quốc Việt, Chủ tịch HĐQT kiêm Tổng Giám đốc Công ty Việt Á, CQĐT xác định đã phạm tội “Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng”, gây thiệt hại tài sản Nhà nước trên 432 tỷ đồng và tội “Đưa hối lộ” số tiền hơn 106,6 tỷ đồng.
